В центре истории увлекающийся наукой юноша со сверхчеловеческим мозгом, Сэнку, и его близкий друг, Тайдзю, который гордится своей физической силой. Тайдзю решается рассказать о своих истинных чувствах Юдзурихе, которую он любил с самого детства.друг происходит что-то невероятное, и все люди на свете мгновенно превращаются в камень...!!!

Затем действие переносится на 3700 лет вперед. В каменном мире, где цивилизации исчезли, Сэнку и Тайдзу выходят из состояния окаменения, воссоединяются и решают построить цивилизацию с нуля!

Перед лицом непосредственной опасности со стороны диких животных Сенку и Тайдзю вынуждены возродить Цукасу Шишио - "самого сильного примата старшей школы". Несмотря на то, что Цукаса обладает огромными боевыми способностями и обеспечивает им обильную пищу в качестве охотника, их новый союзник придерживается противоположных взглядов на восстановление человечества.

Сенку не доверяет мотивации Шишио, поэтому он попытается скрыть свои планы от нового и непредвиденного врага ради своего плана по возрождению цивилизации.

У Сенку возникает идея создать порох, чтобы уравновесить чашу весов и получить шанс победить Шишио. Производство пороха приводит к пожару. Вскоре после этого Сенку и остальные обнаруживают на горизонте дымовые сигналы. Несчастный случай? Вряд ли. Очевидно, в каменном мире есть и другие люди...

Шишио намерен покончить с жизнью Сенку, если тот в тот же момент не пообещает отказаться от своей идеи восстановить цивилизацию в том виде, в каком она была до инцидента.

Тайдзю и Юдзуриха разгадывают секрет Сенку и оживляют его. Но теперь, когда он вернулся, им нужно разобраться с Цукасой.

Кохаку проводит Сенку в свою деревню, но его придется убедить, прежде чем его впустят. Тем временем он заводит дружбу с единомышленником, подающим надежды "колдуном".

Сестра Кохаку, деревенская жрица Рури, тяжело больна. Сенку, Хром и Кохаку начинают работу над антибиотаками, чтобы спасти ее жизнь.

Сенку открывает ларек с раменом в надежде заручиться поддержкой своего царства науки, но некоторые люди слишком принципиальны, чтобы принять такую взятку. Менталист Асагири Ген не из их числа.

Сенку и его царство науки успешно испытывают первую лампочку со времен коллапса. Тем временем Асагири Ген, шпион из империи Цукаса, убит неизвестным злоумышленником.

Развитие стекольного производства, важный этап для производства препаратов сульфата и для химии в целом, оказывается неожиданно полезным для Суйки.

Чтобы сделать антибиотики, Сенку и его королевство должны добыть серную кислоту из фонтана, где она содержится. Команда отправляется на поиски, но нет никакой гарантии, что они вернутся живыми.

После серии трюков, проведенных Магмой, чтобы дойти до финального матча, Хром показывает свой собственный трюк! С небольшой помощью от Гена, Хром, возможно, сможет провернуть этот трюк!

После маловероятной победы Сенку, быстрого брака и еще более скоропалительного развода, царство науки возвращается к работе, чтобы наконец-то закончить лекарство Рури!

Рури раскрывает происхождение названия деревни, а Сенку узнает о судьбе своего отца!

История Бякуи и астронавтов продолжается, а связь Сенку с деревней Исигами и "Сотней сказок" наконец-то раскрывается.

Армия Цукасы наступает! Кинро пытается удержать мост против смертоносного копьеносца Хёги и его ударных войск, но Сенку и жители деревни готовы со смертоносным новым научным оружием!

Хёга обезоружен, но царство науки по-прежнему в опасности - деревня Исигами охвачена пламенем! И Цукаса скоро узнает, что Сенку все еще жив... Как жители деревни будут бороться с грядущим вторжением?

Начинается работа по созданию компонентов для мобильного телефона Сенку, но вращение золотой проволоки оказывается довольно сложной задачей! К счастью, Хром и Касеки "изобретают" водяное колесо и радикально улучшают процесс!

С завершением строительства водяного колеса Хрома и Касэки деревня Исигами вступает в эпоху электричества! Но сможет ли Сенку с имеющимися в его распоряжении примитивными материалами создать нить, которая выдержит сильное нагревание при работе вакуумной трубки?

Сенку, Хром и Магма отправляются в пещеру в поисках Вольфрама, но там происходит подозрительный несчастный случай, в результате которого Сенку и Хром оказываются на дне ямы! Что задумал Магма?!

Сенку и остальные жители деревни приступают к работе по изготовлению компонентов для мобильного телефона. Это тяжелая работа, но все в восторге!

После успешного испытания нового мобильного телефона Сенку узнает загадочную историю о пчеле по имени Спикер, которая может воспроизводить голоса мертвых.