千空一行人为了救助陷入冷冻睡眠的司，挑战人类石化的黑幕。欢迎航海时必备的能力超强船长・龙水成为同伴，并乘坐着热气球去寻宝。一边寻找着船只所需要的燃料・石油，一边根据空中的情报制作科学王国周边的地图。此时，村人们面临了最直接的问题──食粮；千空和大树等人开始了某件事。人类因谜样的光芒被石化后数千年──，千空一行人终于开始迈向未知的新世界！ ！

因为有大树等人的努力工作，科学王国才有有了大片的小麦田；但烤出来的面包却是焦黑状态。面临绝望的千空一行人，决定唤醒专业厨师！让石化前曾担任龙水的执事兼厨师的法兰索瓦觉醒。千空现在需要保存食物面包，法兰索瓦回应他的「欲望」而开始行动！另一方面，千空回应了记者南的「欲望」，动手开始制作某个科学物品。

千空得到了相机，从热气球上拍摄航空照片；可是，从照片上仍然找不到油田的情况下，季节来到丰收的秋天。法兰索瓦为了收集食材，跟西瓜一同寻找野猪和松露；千空见状后，想到或许能利用野猪寻找油田……。此时，千空一行人正在尝试制作新的科学物品，但不知为何通讯系统受到阻碍……。

有人突然地向千空等人发送了令人毛骨悚然的信息。为了查明真相，千空、龙水、铬、玄、羽京五人召开了科学王国的战略会议。为了对抗看不见身影的敌人，千空打算制造科学之眼——雷达&声呐，将人逼出来。得知雷达的特性后，克罗姆想到了什么……。​

因库洛姆的活动而发现矿山的科学王国。 为了运送造船所需的大量矿石和石油，我们建造了矿车和沥青路面，并获得了配送网络！ 然而，建造大型机动帆船在技术上非常困难，千空被迫改变计划。 就在这时，对机动船比谁都热衷的龙水提出了建议。 造船出海达到高潮！

科学船英仙座终于完成了。 被选中的成员登上并跳出人类未曾探索过的海洋！ 目标是百物语的“起点之地”，百夜等人留下的宇宙飞船联盟号沉睡于此。 临行前，千空从琉璃口中听说了代代相传给巫女的百物语。 与此同时，船上的某位村民揭开了一个一直隐藏至今的重要秘密！

千空和其他人到达了金银岛，据说那里沉睡着白金。 随即，我们将与来自该岛的联盟号一起开始探索。 同样，舰上待命组也对岛屿周边和海底进行了勘察。 半京对曾经无人居住的岛上的大量石像产生了怀疑。 与此同时，船上的龙水感觉到有人的目光…… 另一方面，千空和他的朋友们充分利用科学调查来发现第一批岛民。 我试图获取信息，但是...

千空和他的朋友们在岛上有一个美丽的女孩 阿玛莉莉丝。 自从五年前阿玛莉莉丝看到侍奉岛主的两只顶级伯劳鸟和雾雨使用石化武器后，她就暗中寻机偷走了他们。 千空一听，立刻展开潜入行动，探查头部周围！

然而，该项目所需的科学实验室位于被占领的英仙座内。 我从远处听到了船的状况，但是......

西瓜和银狼共同努力从英仙座手中拯救移动实验室。与千空等人重聚，一行人致力于帮助小白进行通过美女选拔的物品。

阿玛莉莉斯、银狼和琥珀被选中加入内宫。现在所剩团队分为科学组和间谍组，科学团队需要一种与间谍组秘密沟通的方式。

琥珀潜入敌人的根据地，在那里，发现了沉睡着超级稀有物品“铂金”的宝箱·联盟！

但是铂金被厚厚的水泥块覆盖，很难轻易取出。千空和琥珀联手，在敌人不注意的情况下夺取铂金，挑战宝箱开封任务!曾经在这座岛上度过一生的百夜，能为千空留下的重要宝物，能得到吗……⁉

千空招募了工匠卡塞基，并在科学王国建立了一个实验室。为了获取制造磺胺类药物最难的原料硫酸，他与银狼等人一起深入森林进行实地考察。然而，当银狼目睹硫酸喷泉附近积聚的恐怖毒气时，他吓坏了。千空和克罗姆厌倦了，准备了手工制作的防毒面具，冒着生命危险收集硫酸，尽管他们仍然处于危险和焦虑之中！

在银狼的拼死营救下，千空他们总算拿到了最难的素材硫酸。所需的材料几乎都得到了，实验室里的磺胺制剂制作也一口气进行下去。在这种情况下，千空得知，在御前比赛中获胜的人，可以得到磺胺剂所需的最后一种材料——酒。急忙，和银狼计划胜负胜负比赛，参加了。然而，依赖运气的淘汰赛，却出现了意想不到的结果!

宝岛上的首领石像曝光后，银狼因荆棘而受了重伤，琥珀立刻做出决断，让两人被石化，等待千空的救助。另一方面，千空陆续复活伙伴，并得到了反击的王牌无人机。孤挺花从混乱中逃脱出来，想从她口中探询敌方内部的情报，此时，石化王国最强战士・伯劳在千空等人的面前……！！

伯劳找到千空等人的隐匿之地，让千空一行人陷入危机；然而，幻立刻跟他进行了一场交易，为了彼此的利益，订定了一场协议。伯劳与千空一行人策划的阴谋大作战就这样开始了！千空一行人与假装是入侵者的伯劳，暗中攻击石化王国的同时，也偷偷强化了战斗武器！准备好科学装备，终于要跟石化王国展开最终决战！

科学王国VS石化王国的最终决战终于开始了！获胜条件为夺走敌方的石化装置，千空一行人打扮成戴着帽子的战士先发制人；金狼打前锋，龙水一行人拿着无人机躲在阴暗处伺机而动，等待着雾雨投掷石化装置的时机……。另一方面，敌方司令官荆棘警戒着伯劳的行动，以卑劣的手段追杀千空一行人！

千空一行人发现，雾雨持有的石化装置，被荆棘动了手脚，其实是假的！就算他们紧急坐上实验室车退回，但荆棘却想让石化光线覆盖整座岛屿！为了阻止荆棘，千空等人搭上帕尔修斯号，此时无视协定的伯劳出现了！千空被伯劳的连续攻击持续打压，最后只能让那个男人甦醒……！

因荆棘的阴谋，石化之光覆盖了整座宝岛，科学王国的同伴们和岛民们一一被石化，只有留在船上的荆棘免于被石化而存活下来。荆棘以为自己大获全胜而回到宝岛上，此时千空因以科学胜过石化装置，独自一人站在岛上！在宝岛上寻找石化装置的战斗，以千空VS荆棘主将战的方式，迎来最高潮……！！

利用无人机展开立体战斗，千空终于赢了荆棘！千空立刻用复活液让阿铬复活，并且一一复活其他同伴。因潜入而身受重伤的银狼，和跟他一同石化的琥珀，也平安无事地甦醒，重新与千空相逢。千空一行人透过无线电与留在科学王国的琉璃通话时，通讯突然中断，并收到一则令人冲击的讯息！

松风从数百年的石化中苏醒，千空从他口中得知某天石化装置突然大量从天而降的情报，也因此确定操纵神秘通信的WHY MAN就躲在月球表面！为了揪出WHY MAN的庐山真面目，千空宣布要前往月球！而现在为了先回到科学王国，必须准备再次出航；但索育兹身为首领的儿子，陷入复杂的情绪中……。

千空一行人跟留在宝岛的索育兹一行人道别，返回科学王国。与琉璃和未来等人重逢后，千空立刻拿着石化装置，试着让陷入冷冻睡眠的司甦醒。然而，石化装置似乎已经失去了能量……接着！千空一行人决定展开新的冒险！为了找出掌握所有关键的WHY MAN，前往新世界月球旅行的计划就此开始！