Als Taiju seiner angebeteten Yuzuriha nach fünf Jahren endlich seine Gefühle gestehen will, wird die Welt von einem seltsamen Licht eingehüllt und die gesamte Menschheit erstarrt zu Stein. 3700 Jahre später wacht Taiju wieder auf – allein und in einer Welt ohne Menschen und Zivilisation.

Als Taiju und Senkū vor einem Rudel Löwen fliehen, sehen sie sich gezwungen, Shishiō Tsukasa wiederzubeleben, der sich als wertvolles Teammitglied herausstellt. Taiju ist von seiner bedachten Lebensweise beeindruckt, doch Senkū zeigt sich misstrauisch …

Senkū weiß nun, dass er Tsukasa von nun an als Feind gegenüberstehen wird und weiht auch Taiju ein. Doch zuerst beschließen die beiden, Yuzuriha wiederzuerwecken. Dann spitzt sich der Konflikt mit Tsukasa zu...

Bei der Schießpulverherstellung kommt es zu einem Brand. Kurz darauf entdecken Senkū und die anderen Rauchzeichen am Horizont. Ein Zufall? Wohl kaum. Scheinbar gibt es noch andere Menschen in der Steinwelt...

Vor Taijus und Yuzurihas Augen tötet Tsukasa Senkū. Doch die beiden wollen das nicht glauben und hoffen, dass Senkū irgendeinen Plan hatte. Doch welchen? Verzweifelt überlegen sie, was Senkū vorgehabt haben könnte.

Kohaku, das Mädchen, das Senkū getroffen hat, führt ihn in ihr Dorf und Senkū sieht mit eigenen Augen, wie viele Menschen in der Steinwelt leben. Während er sich fragt, wann und wie ihre Vorfahren aus der Versteinerung erwacht sind, fordert ein junger Mann, der behauptet, Magie zu beherrschen, Senkū zu einem Duell heraus.

Um die Gunst der Dorfbewohner zu gewinnen, beschließt Senkū, Ruri zu retten und ein Antibiotikum herzustellen. Doch schnell stoßen er und die anderen an ihre Grenzen und merken, dass sie mehr Leute brauchen.

Senkū und die anderen suchen nach Leuten, um mit der Eisenproduktion zu beginnen, doch plötzlich taucht ein Handlanger Tsukasas auf. Dieser Mann mit dem Namen Asagiri Gen bietet Senkū einen Handel an. Ist er ein Feind oder kann Senkū ihn für seine Seite gewinnen?

Magma greift Gen an und verletzt ihn schwer. Es stellt sich heraus, dass ein Wettstreit um Ruris Hand und das Amt des Dorfältesten abgehalten wird, den er gewinnen will. Doch Kohaku will Ruri Magma um keinen Preis überlassen und hat einen Plan...

Es stellt sich heraus, dass sowohl Suika als auch Kinrō unter eine Sehschwäche leiden, also nimmt Senkū das nächste Projekt in Angriff: die Glasherstellung. Doch auch damit fehlt noch die problematischste Zutat zur Herstellung des Allheilmittels...

Die Suche nach der Gefahrenzutat Nr. 1 führt Senkū und die anderen an einen Kratersee. Doch Senkū hatte recht: Ein falscher Schritt hier würde zum sicheren Tod führen. Zurück im Lager baut Senkū eine Gasmaske, doch Lebensgefahr besteht weiterhin...

Der Große Wettstreit beginnt! Senkū und Ginrō haben sich eine ganze Menge Tricks ausgedacht, um ihre Chancen auf einen Sieg zu erhöhen, die nicht ganz ehrlich erscheinen. Als Senkū zum ersten Mal das Dorf betritt, trifft er Ruri, die ihn irgendwoher zu kennen scheint. Doch woher?

Ginrō schlägt sich gegen Magma wacker, doch dieser hat nicht vor, mit fairen Mitteln zu gewinnen. Nun lastet die Hoffnung auf einer raschen Rückkehr Kohakus, doch Magma ist entschlossen, es dazu nicht kommen zu lassen... Wer wird sich Magma am Ende stellen müssen?

Der Wettstreit ist vorbei und endlich können Senkū und die anderen die Sulfa-Medizin herstellen. Nach einem äußerst komplizierten Prozess ist es so weit. Ein halbes Jahr arbeiten sie nun an der Medizin. Doch ist sie wirklich in der Lage, Ruri zu heilen?

Senkū findet die Wahrheit hinter dem Namen des Dorfes heraus. Sein Vater war es, der das Dorf Ishigami gegründet hat. Doch wie ist das möglich, wenn alle Menschen auf der Erde zu Stein geworden sein sollen?

Senkū erfährt, was mit seinem Vater und den anderen Leuten von der ISS passiert ist, nachdem sie auf die Erde zurückgekehrt sind. Als die anderen im Anschluss zu den Feierlichkeiten zurückkehren, ruft Ruri ihn allein zu sich. Sie führt ihn an einen besonderen Ort und erzählt ihm die letzte der hundert Geschichten...

Tsukasas Leute greifen das Dorf Ishigami an, angeführt von einem Mann namens Hyōga, vor dem Gen die anderen eindringlich warnt. Es gelingt Senkū und den anderen, ihre Gegner vorerst in die Flucht zu schlagen, doch sie werden wiederkommen und bis dahin muss das Dorf kriegsbereit sein...

Der Angriff von Tsukasas Leuten nimmt ein neues Ausmaß an und das Dorf steht in Flammen. Suika rennt los, um die Feinde abzulenken und steuert geradewegs aufs Giftgas zu. Nach dem Ende der Auseinandersetzungen ist klar, dass das Wissenschafts-Königreich nicht länger in der Defensive bleiben kann. Eine neue Waffe muss her!

Das Wissenschafts-Königreich setzt alles daran, Handys zu bauen, bevor Tsukasa angreift. Doch dazu sind viele Zwischenschritte erforderlich. Senkū weiß schon, womit es anfangen soll: der Herstellung von Zuckerwatte...

Mit dem Wasserrad kann das Wissenschafts-Königreich nun diverse andere Dinge herstellen. Der nächste Schritt ist die Glühbirne. Doch obwohl Senkū die Theorie hinter der Herstellung kennt, will es nicht gelingen. Dann steht der Jahreswechsel an - ein guter Zeitpunkt, um eine dringend benötigte Pause einzulegen.

Senkū, Chrome und Magma begeben sich in die Höhle, um Wolfram und andere Mineralien zu suchen. Magma jedoch hat Hintergedanken. Noch immer hat er Senkū seinen Sieg beim großen Wettstreit nicht verziehen. Derweil nutzt auch Gen Senkūs Abwesenheit zur Umsetzung eines perfiden Plans...

Die letzten Schritte zur Herstellung der Handys stehen an und alle Dorfbewohner helfen mit. Während Senkū sich an die Plastikherstellung macht, entwickeln Kaseki und Chrome ein Gerät zur Punkterhitzung. Auch Gen und Suika legen sich ins Zeug. All diese Schritte sind kompliziert, doch gemeinsam scheint es nicht unmöglich, bis zum Frühling damit fertig zu werden.

Zwar ist ein Handy fertiggestellt, doch wird zur Kommunikation noch ein zweites benötigt. Bevor die Arbeit daran beginnt, finden Senkū und die anderen in einer der hundert Geschichten eine Nachricht. Die letzte Nachricht Byakuyas an seinen Sohn...