I 25. århundrede bliver Dr. Beverly Crusher og hendes søn angrebet ombord på SS Eleos. Hun sender en nødbesked til Jean-Luc Picard, hendes tidligere Starfleet-kaptajn. Picard og hans kærlighed Laris tager afsted til Chaltok IV. Beverly bad Picard om ikke at involvere Starfleet, så han kontakter sin tidligere førstebetjent, kaptajn William Riker. Riker bruger sin status til at overtage USS Titan og tage skibet til Beverlys placering. På M'talas Prime søger Raffi Musiker efter en stjålet kvantetunnel-enhed, som frygtes at blive brugt i et terrorangreb, men formår ikke at finde den, før den bliver brugt til at ødelægge en Starfleet-facilitet. Picard og Riker finder Beverly og Jack, lige da et stort skib dukker op.

Picard er hjulpet af Seven of Nine og besætningen på U.S.S. Titan i hans søgen efter sandheden, der fører ham til en chokerende opdagelse, der vil ændre hans liv for evigt. Men hans mission sætter ham på en direkte kollision med hans mest formidable modstander til dato.

Samtidig er Raffi i fuld gang med at lede efter en ødelæggende våben, der truer med at skabe kaos i hele galaksen. Hendes jagt bringer hende på tværs af en velkendt allieret, men også en farlig fjende, som hun må navigere omhyggeligt for at opnå succes.

Mens Picard og Raffi kæmper for at nå deres mål, udforsker de også de komplekse relationer mellem dem og deres respektive besætninger. De er tvunget til at tage risici og træffe valg, der vil have konsekvenser for alle omkring dem.

Alt i alt er deres eventyr fyldt med spænding, farer og overraskelser, og det er kun ved at arbejde sammen, at de kan håbe på at overvinde deres udfordringer og opnå deres mål.

Vadic, en Changeling, bliver beordret af sin overordnede til at forfølge Titanen for enhver pris. For at gøre det opgiver hun den besværlige portalteknologi. Titanen er for beskadiget til at kunne køre fremdrift og livsstøtte i længere tid. Riker er enig med Picard i, at han bør binde bånd med Jack, inden de dør. De deler historier i holodækket, hvor de får selskab af Shaw, der fortæller om sine traumatiske oplevelser som ingeniør.

Jack's uhyggelige syn intensiveres og får ham til at frygte for besætningens sikkerhed. Riker overlader kommandoen på Titan til Shaw, og Starfleet sender Intrepid for at anholde Picard og Riker. Ro Laren, en tidligere forræder, leder sikkerhedsteamet og opdager en mulig Changeling-konspiration. Samtidig fortsætter Worf og Raffi deres efterforskning af angrebet på M'Talas Prime og finder den kriminelle Krinn. Efter en kamp mod Krinns håndlangere giver han vigtig information. Under en undersøgelse af en impostør opdager Beverly, at Changelings kan undgå kropsscannere. Ro ofrer sig selv for at redde Intrepid, og Jack erkender, at der er noget galt med ham. Worf kontakter Picard og Riker via Ro's ørering, og Titan flygter, mens besætningen fortsætter deres farlige mission.

Worf og Raffi infiltrerer Daystrom Station med Titanen og teamet møder en bevidst holodeck-version af Professor Moriarty. De opdager, at en Soong-type android indeholder minderne om Data, B-4, Lal, Lore og Altan Soong, samt den database, de søger. Udstyret med en klingonsk usynlighedsanordning stjålet af Jack og La Forges døtre, vender besætningen tilbage til Daystrom for at hente holdet, og opdager at Changelings har stjålet Jean-Luc Picards oprindelige døde krop. Riker og Deanna Troi bliver genforenet om bord på Shrike, hvor de begge blev kidnappet.

Titan skjuler sig i Chin'toka-slagsområdet mellem skibsvrag. Geordi kæmper mod Lore's personlighed for at gendanne Data's dominans over androidens sind. Worf og Raffi tager La Sirena på endnu en efterretningsmission, og Seven prøver at kontakte sin tidligere besætningsmedlem, Tuvok. En respondent består Sevens første tillidstest, men afslører sig som en Changeling, og Tuvoks skæbne forbliver uvist. Picard mistænker, at Changelings bruger hans lig til at angribe Starfleets jubilæumsfest og fanger Vadic og hendes besætning på Titanen med kraftfelter. Jack og Sidney bruges som agn, mens Picard og Beverly afhører Vadic. Beverly bekræfter eksistensen af ​​eksperimenterne, og Picard indser, at han må dræbe Vadic. Desværre når Geordi ikke at vække Data i tide, og Lore overtager Titanens computere og deaktiverer kraftfelterne. Dette giver Vadic mulighed for at flygte og storme Titanens bro, hvor hun afslører, at hun kender Jacks sande natur.

Vadic låser alle systemerne ombord på Titan fra besætningen. Hun truer med at henrette besætningen, hvis Jack ikke overgiver sig, hvilket han gør efter hun har dræbt en løjtnant. Datas persona bryder partitionen fra Lores persona, og da han indser, at han ikke kan overmande Lore, overgiver han sine minder, som optager Lore og tillader Data fuld kontrol over androiden. Resten af ​​besætningen skynder sig til computerens kerne for at tilslutte Data til Titans systemer, som han manipulerer for at beskytte Jack og udlufte broen og dræbe Vadic. Worf og Raffi redder Riker og Troi, bringer dem ombord på Titan og genforener besætningen på Enterprise -D. Worf finder Picards originale lig (med hans isselap fjernet for forskning) på Shrike og vender derefter tilbage til Titan. Shaw beordrer Seven til at sprænge Shrike i luften. Troi opfordrer Jack til at konfrontere sin fortid og afsløre sine kræfter.

Troi opdager, at Jack er forbundet med Borg og tager afsted for at håndtere dem, men bliver fanget. Imens opdager Data, Geordi og Beverly, at Changelings arbejdede med Borg for at kopiere Picards DNA og ændre alle brugere under 25 år. Borg assimilerer hele flåden, undtagen Enterprise-D, som Geordi genopbyggede. Det gamle mandskab vender tilbage for at redde Federationen fra Borg.

Picard og Enterprise-besætningen opdager en Borg-kube skjult i skyerne på Jupiter. De opdager, at Borg har assimileret besætningen på Titan, men Seven lykkes med at befri dem og bekæmper flåden. Worf og Riker infiltrerer kuben for at ødelægge den, mens Picard tilslutter sig Borgs kollektiv for at redde Jack fra Dronningens kontrol.

Efter en dramatisk kamp lykkes det besætningen at ødelægge kuben og befri Jack. Dronningen afslører, at Kathryn Janeways patogener har svækket Borgs evne til at assimilere. Men de kompromitterede Borg-flåder ødelægger Jordens forsvar og angriber byer. Enterprise finder og ødelægger signalet, der kontrollerer de assimilerede besætningsmedlemmer.

På Shaw's anbefaling forfremmer Tuvok Seven til kaptajn på Titan, som bliver omdøbt til USS Enterprise-G. Raffi bliver hendes førsteofficer, og Jack, nu en Starfleet-kadet, bliver rådgiver.