USSエンタープライズの艦長として名を馳せたジャン＝リュック・ピカードは、ロミュラン人のジャバンとラリスに身の回りの世話をされながらシャトー・ピカードで引退生活をしていたが、20年以上前に彼を救って死んだ人工生命であるデータ少佐の夢を見るようになる。

2385年、火星のユートピア平原造船所で人工生命たちが突然暴走し、火星は火の海と化す。それから14年後、ピカードはロミュランの諜報組織の一員だったジャバンとラリスの協力でダージを暗殺した部隊のことを調べ、極端に人工生命を嫌うロミュランの極秘組織、ジャット・ヴァッシュの仕業ではないかと疑う。

14年前、ピカードはラフィ・ムジカーの協力でロミュラン救出計画を立てて宇宙艦隊に提案したが却下され、そのためピカードは辞職し、ラフィも艦隊を追われる。そして現在、ピカードは荒野で隠遁生活を送るラフィを訪ね、かつて人工生命の権威だったブルース・マドックスの捜索とロミュランに追われるシンスの保護を頼む。

14年前、ピカードはロミュランの難民たちをクワト・ミラットと呼ばれるロミュランの戦闘的修道女たちの協力を得て惑星ヴァシュティへ移住させ、惑星連邦と宇宙艦隊の支援を約束した。そのクワト・ミラットの長であるザニは、エルノアという難民の子を引き取って育てており、ピカードはザニやエルノアと会えるのを楽しみにしていた。

ピカードたちの乗るシレーナ号はフリークラウドに到着する。ピカードたちが捜すブルース・マドックスは、シンスの研究をしていたためタル・シアーに追われる身となり、このフリークラウドに隠れていたのだ。ところが、フリークラウドの実力者であるブジェイズルは、マドックスをタル・シアーに売り渡そうとしていた。

再生キューブに近づくにつれ、ピカードはボーグに同化された過去を思い出し、落ち着かなくなる。ラフィの働きで、ピカードひとりが再生キューブに入ることが許されたものの、ピカードはトラウマに苦しめられる。それを救ったのは再生プロジェクトの責任者であるブルーだった。

ピカードとソージはシレーナ号に乗り込むが、ソージを見たリオスは動揺する。ピカードはタル・シアーに対抗するため宇宙艦隊と合流する手はずを整えるが、リオスは「合流地点までは行くが、その先は行かない」と言って部屋に閉じこもる。リオスの態度を不審に思ったラフィはホログラムたちやリオス本人に事情を聞く。

シレーナ号はボーグのトランスワープ・コンジットを無事通過して、ソージの故郷に着く。しかし追跡してきたナレクの船に攻撃を受け、窮地に陥る。さらに再生施設のあったボーグ・キューブも出現して混乱を極めるが、船もキューブも惑星の防衛システムによって強制的に着陸させられる。

コッペリウス拠点ではソージたちが警告者を召喚する信号塔の建設を進めていた。拘束を逃れたナレクはボーグ・キューブへ戻り、ナリッサとの再会を果たしたあと、信号塔を破壊するための爆弾を手にシレーナ号を訪れる。