Přibližně tři měsíce po událostech z finále první sezóny je USS Cerritos vyslána na misi, kde skončí ve sci-fi události, jejímž výsledkem je „podivná energie“, kterou velitel Ransom neúmyslně absorbuje.

Naši nižší paluba mají potíže s návazností na praporčíka Jeta Manhavera, kterému byly přiděleny Boimlerovy lůžka a směny. Mezitím nahlédneme do Boimlerova života na USS Titan, který je intenzivnější, než si myslel, že bude.

Tendi, který dostal od Dr. T'Any zvláštní úkol, požádá o pomoc Marinera. Na USS Cerritos je Rutherford pohlcen záhadou posádky mostu.

USS Cerritos je vyslána na planetu, aby prozkoumala nevysvětlitelné pozorování nebezpečného Mugata.

Mariner a Boimler se snaží vystopovat místo konání legendární party Hvězdné flotily, zatímco posádka můstku jedná s nejistým mimozemským diplomatem.

Den konsolidace anomálií na USS Cerritos zanechává v Lower Deckers smíšené emoce. Kapitán Freeman se pokouší vyjednat mír na domovském světě Pakledů.

Mariner a Boimler uvízli na neobydlené planetě s vnímajícím počítačem. Na Cerritosu musí poručík Billups prokázat své technické schopnosti starému protivníkovi.

Boimler se snaží najít přítele z můstku, zatímco posádka USS Cerritos má volný čas během dlouhé warpové cesty.

Ve finále druhé sezóny má USS Cerritos za úkol pomoci jiné hvězdné lodi třídy na misi prvního kontaktu.