Ongeveer drie maanden na de gebeurtenissen van de laatste aflevering van het eerste seizoen wordt de Cerritos op een missie gestuurd die uitloopt op een scifi-gebeurtenis die “vreemde energie” oplevert.

Onze lageredekkers kunnen moeilijk een band smeden met vaandrig Jet Manhaver, die de kooi en werkverplichtingen van Boimler toegewezen heeft gekregen. Intussen vangen we een glimp op van het leven van Boimler aan boord van de USS Titan. En dat heeft hij schromelijk onderschat.

De USS Cerritos wordt naar een planeet gestuurd om de onopgehelderde waarneming van een gevaarlijke mugato te onderzoeken.

Mariner en Boimler proberen achter de locatie te komen van een legendarisch Starfleet-feest, terwijl de brugcrew met een onzekere buitenaardse diplomaat te kampen heeft.

De lageredekkers houden gemengde gevoelens over aan anomalieverzamelingdag op de Cerritos. Kapitein Freeman probeert vredesonderhandelingen te voeren op de thuisplaneet van de Pakleds.

Mariner en Boimler zijn gestrand op een onbewoonde planeet met een computer met bewustzijn. Op de Cerritos moet luitenant-commandant Billups zijn technische vaardigheden bewijzen aan een oude tegenstandster.

Er komt een instructrice aan boord van de Cerritos om testen te doen waarbij lageredekkers en brugcrew de rollen moeten omdraaien.

Boimler zoekt een brugbuddy als de crew van de USS Cerritos tijd over heeft op een lange warpreis.

In de laatste aflevering van het tweede seizoen krijgt de USS Cerritos de opdracht een sterrenschip in de Excelsior-klasse te helpen bij een eerstecontactmissie.