胤禛力逼康熙逊位未果，竟决意勒死康熙，又着隆科多篡改遗诏内容。众皇子惊闻康熙驾崩后齐集大殿，隆科多当众宣读遗诏，立胤禛为新君。胤禩起疑，胤禛为怕事出端倪，将康熙遗体先行入棺，拒让德妃及众皇子瞻仰遗容。

性音、巴汉格隆答应和睦共处辅助胤禛。德妃、恭蕙格格合计引开守卫，成功让文觉出城往找胤祯。胤禛速发密旨予年羹尧，命其刺杀胤祯。苗欣闻得胤禛弑父夺位的传言，遂夜闯干清宫查探却被擒，胤禛为苗欣开棺以证清白。

年羹尧施计赶走穆旦天后，派人夜袭胤祯等，众人逃往山洞暂避。年翠玉向羹尧发出血书以死相胁，但羹尧仍下令炸毁山洞，翠玉为救胤祯被炸伤眼睛。胤祯平安返营后，得悉康熙死讯，速领大军班师回朝，惟被胤禛拒于城外。

胤祯大军驻扎城外，因顾及手足之情，对起兵攻城之事迟疑未决。年羹尧率大军欲对胤祯作前后包抄；裕亲王亦领军前来襄助胤祯，更道出康熙立诏真相。胤禛见形势不妙，提出以弘历作人质，以保裕亲王、胤祯等入城的安全。

胤禛怯于裕亲王城外大军，答应三天后开棺验尸。苗欣爱子情切，竟擅闯敌营救子却被擒，幸得年羹尧相救。裕亲王、胤祯施计引走性音、巴汉格隆后，与德妃、文觉等人会合，挟胤禛入灵堂并开棺，胤禛直认不讳将康熙勒毙。

胤祯欲杀胤禛，胤禛趁众人不备抢去胤祯之剑，反挟胤祯逃出灵堂；胤祯等众人荒忙逃去，却先后被擒。年羹尧软硬兼施说服鄂尔泰背叛裕亲王，裕亲王终在乱箭中惨死。胤禛下令将胤禩、胤禟、胤䄉释放回府；胤祯则被囚禁。

纳兰飘雪欲为蓝如风杀穆旦天，文觉及时制止，适时巴汉格隆杀至，如风为救旦天惨死。胤禛允许德妃探望胤祯，却偷听到德妃鼓励胤祯卷土重来；德妃自缢求胤禛放过胤祯。胤禛登基改元为雍正，并将众皇子的胤字，改为允。

允祥、亚诗玛求拉藏汗出兵推翻雍正，却未料拉藏汗为势所迫反捉拿允祥。大殿上，雍正晋升年羹尧为军机大臣；命允禩等辅助隆科多，又赦免被软禁多年的允禔。羹尧不顾隆科多情面私斩仇人，被隆科多上告，雍正陷入两难。

隆科多欲借年羹尧滥杀官员一事打倒羹尧，惟雍正偏袒羹尧。允祥得库尔格答应起兵造反，后回京假意归降。雍正与羹尧前往避暑山庄，允禩、允祥等即兵分多路控制皇城，怎料一切原来是雍正所设之陷阱，允禩等被允禔所擒。

性音为救文觉、恭蕙格格，左臂遭巴汉格隆斩断。雍正判处允禩、允禟游街示众，允禔奉命派人煽动民愤，二人被乱石击毙。亚诗玛迷晕允祥后代其行刺雍正，却事败自尽。允祯从隆科多处得悉德妃之死有可疑，愤然质问雍正。

文觉誓在五年之期想出破解血滴子的方法。年羹尧求雍正让年翠玉照顾允祯，雍正允之。雍正为立苗欣为妃，让隆科多收苗欣为干女儿。羹尧重遇秋梦月欲重修旧好，惟梦月已嫁为人妻。羹尧回京领过帅印后，率大军出征青海。

雍正勤政爱民，国内百姓安居乐业；外有年羹尧在青海节节胜利，即将平定战乱。隆科多权倾朝野，野心勃勃，暗中勾结多旗旗主。允祯染上顽疾，舒兰私自前往探望，更为允祯向雍正求情，雍正盛怒本欲废后，却被苗欣劝阻。

在苗欣等的连番哀求下，雍正终于心软，批准允祯南下庐山养病。隆科多夜访允祯，说出当年迫不得已跟雍正合作的因由，允祯盛怒答应与隆科多合谋造反。雍正欲召吉图、曷森回京问罪，惟隆科多已密告二人称病拒绝回京。

吉图遭神秘人斩首后，襄亲王为求自保答应助允祯等起兵。眼见隆科多及多旗兵马皆有动静，雍正加紧布防。隆科多派人掳走舒兰，却反被巴汉格隆派人跟踪。文觉、恭蕙、穆旦天、纳兰飘雪联手对抗巴汉格隆，惜仍处于下风。

隆科多被赐毒酒；舒兰回宫与允祯共赴黄泉。苗欣听得舒兰被奸污及血滴子之事，对雍正添疑心。雍正允许戴铎辞官回乡，却又命性音杀之。苗欣收到戴铎遗书，终寻回先父骸骨；苗欣欲杀雍正却下不了手，与雍正割袖断义。

苗欣向文觉忏悔，又跪求文觉将其手刃，惟遭拒绝。年羹尧凯旋而回，却得知雍正因苗欣之事终日饮至宿醉，羹尧胆敢直谏，获雍正盛赞为良臣并赏赐黄马褂。文觉与恭蕙遭官兵伏击，双双掉下山崖，竟因而寻获绝世魔功秘笈。

为打败性音，文觉愿以剩三个月寿命为代价，修练绝世魔功。雍正为求苗欣踪影，命官兵大肆搜掠民居，滥杀无辜；沈再宽、曾静不屑雍正暴行，图起兵造反，却遭出卖。雍正到太庙祭祖，苗欣趁机刺杀雍正，却被年羹尧被擒。

年羹尧未有答应与秋梦月归隐田园，还执意入宫，将苗欣打至昏迷不醒。雍正盛怒将羹尧贬为守城兵。羹尧旧部苦劝他造反，怎料羹尧将旧部的首级呈上雍正；后喝下雍正所赐毒酒。文觉练成绝世魔功后杀入宫中，与性音相遇。

（大结局）性音醒觉后与文觉联手刺杀雍正，惟事败而亡。雍正十三年，苗欣奇迹苏醒，雍正一偿心愿与弘历、苗欣共聚天伦。雍正早料到苗欣会来报仇，终死在苗欣之手。雍正死后，苗欣削发为尼；弘历继任皇位，改元干隆。