胤禛力逼康熙遜位未果，竟決意勒死康熙，又著隆科多篡改遺詔內容。眾皇子驚聞康熙駕崩後齊集大殿，隆科多當眾宣讀遺詔，立胤禛為新君。胤禩起疑，胤禛為怕事出端倪，將康熙遺體先行入棺，拒讓德妃及眾皇子瞻仰遺容。

性音、巴漢格隆答應和睦共處輔助胤禛。德妃、恭蕙格格合計引開守衛，成功讓文覺出城往找胤禎。胤禛速發密旨予年羹堯，命其刺殺胤禎。苗欣聞得胤禛弒父奪位的傳言，遂夜闖乾清宮查探卻被擒，胤禛為苗欣開棺以證清白。

年羹堯施計趕走穆旦天後，派人夜襲胤禎等，眾人逃往山洞暫避。年翠玉向羹堯發出血書以死相脅，但羹堯仍下令炸毀山洞，翠玉為救胤禎被炸傷眼睛。胤禎平安返營後，得悉康熙死訊，速領大軍班師回朝，惟被胤禛拒於城外。

胤禎大軍駐紮城外，因顧及手足之情，對起兵攻城之事遲疑未決。年羹堯率大軍欲對胤禎作前後包抄；裕親王亦領軍前來襄助胤禎，更道出康熙立詔真相。胤禛見形勢不妙，提出以弘曆作人質，以保裕親王、胤禎等入城的安全。

胤禛怯於裕親王城外大軍，答應三天後開棺驗屍。苗欣愛子情切，竟擅闖敵營救子卻被擒，幸得年羹堯相救。裕親王、胤禎施計引走性音、巴漢格隆後，與德妃、文覺等人會合，挾胤禛入靈堂並開棺，胤禛直認不諱將康熙勒斃。

胤禎欲殺胤禛，胤禛趁眾人不備搶去胤禎之劍，反挾胤禎逃出靈堂；胤禎等眾人荒忙逃去，卻先後被擒。年羹堯軟硬兼施說服鄂爾泰背叛裕親王，裕親王終在亂箭中慘死。胤禛下令將胤禩、胤禟、胤䄉釋放回府；胤禎則被囚禁。

納蘭飄雪欲為藍如風殺穆旦天，文覺及時制止，適時巴漢格隆殺至，如風為救旦天慘死。胤禛允許德妃探望胤禎，卻偷聽到德妃鼓勵胤禎捲土重來；德妃自縊求胤禛放過胤禎。胤禛登基改元為雍正，並將眾皇子的胤字，改為允。

允祥、亞詩瑪求拉藏汗出兵推翻雍正，卻未料拉藏汗為勢所迫反捉拿允祥。大殿上，雍正晉升年羹堯為軍機大臣；命允禩等輔助隆科多，又赦免被軟禁多年的允禔。羹堯不顧隆科多情面私斬仇人，被隆科多上告，雍正陷入兩難。

隆科多欲借年羹堯濫殺官員一事打倒羹堯，惟雍正偏袒羹堯。允祥得庫爾格答應起兵造反，後回京假意歸降。雍正與羹堯前往避暑山莊，允禩、允祥等即兵分多路控制皇城，怎料一切原來是雍正所設之陷阱，允禩等被允禔所擒。

性音為救文覺、恭蕙格格，左臂遭巴漢格隆斬斷。雍正判處允禩、允禟遊街示眾，允禔奉命派人煽動民憤，二人被亂石擊斃。亞詩瑪迷暈允祥後代其行刺雍正，卻事敗自盡。允禎從隆科多處得悉德妃之死有可疑，憤然質問雍正。

雍正勤政愛民，國內百姓安居樂業；外有年羹堯在青海節節勝利，即將平定戰亂。隆科多權傾朝野，野心勃勃，暗中勾結多旗旗主。允禎染上頑疾，舒蘭私自前往探望，更為允禎向雍正求情，雍正盛怒本欲廢后，卻被苗欣勸阻。

在苗欣等的連番哀求下，雍正終於心軟，批准允禎南下廬山養病。隆科多夜訪允禎，說出當年迫不得已跟雍正合作的因由，允禎盛怒答應與隆科多合謀造反。雍正欲召吉圖、曷森回京問罪，惟隆科多已密告二人稱病拒絕回京。

吉圖遭神秘人斬首後，襄親王為求自保答應助允禎等起兵。眼見隆科多及多旗兵馬皆有動靜，雍正加緊佈防。隆科多派人擄走舒蘭，卻反被巴漢格隆派人跟蹤。文覺、恭蕙、穆旦天、納蘭飄雪聯手對抗巴漢格隆，惜仍處於下風。

合文覺等四人之力，終把巴漢擊斃。允禎等潛入京城籌組戰事，又派人擾亂民心。雍正酒醉後到大殿懺悔，未料被苗欣、文覺聽到。苗欣盛怒答應文覺倒戈，獲文覺帶到允禎的據點，此時性音等殺至，苗欣竟反過來捉住允禎……

隆科多被賜毒酒；舒蘭回宮與允禎共赴黃泉。苗欣聽得舒蘭被姦污及血滴子之事，對雍正添疑心。雍正允許戴鐸辭官回鄉，卻又命性音殺之。苗欣收到戴鐸遺書，終尋回先父骸骨；苗欣欲殺雍正卻下不了手，與雍正割袖斷義。

苗欣向文覺懺悔，又跪求文覺將其手刃，惟遭拒絕。年羹堯凱旋而回，卻得知雍正因苗欣之事終日飲至宿醉，羹堯膽敢直諫，獲雍正盛讚為良臣並賞賜黃馬褂。文覺與恭蕙遭官兵伏擊，雙雙掉下山崖，竟因而尋獲絕世魔功秘笈。

為打敗性音，文覺願以剩三個月壽命為代價，修練絕世魔功。雍正為求苗欣蹤影，命官兵大肆搜掠民居，濫殺無辜；沈再寬、曾靜不屑雍正暴行，圖起兵造反，卻遭出賣。雍正到太廟祭祖，苗欣趁機刺殺雍正，卻被年羹堯被擒。

年羹堯未有答應與秋夢月歸隱田園，還執意入宮，將苗欣打至昏迷不醒。雍正盛怒將羹堯貶為守城兵。羹堯舊部苦勸他造反，怎料羹堯將舊部的首級呈上雍正；後喝下雍正所賜毒酒。文覺練成絕世魔功後殺入宮中，與性音相遇。

（大結局）性音醒覺後與文覺聯手刺殺雍正，惟事敗而亡。雍正十三年，苗欣奇蹟甦醒，雍正一償心願與弘曆、苗欣共聚天倫。雍正早料到苗欣會來報仇，終死在苗欣之手。雍正死後，苗欣削髮為尼；弘曆繼任皇位，改元乾隆。