警視庁内の資料を完全データ化することになり、紙の資料は倉庫で一元管理することが決まった。倉庫への移送に同行することになったのは、資料係と専従捜査班の刑事を兼務する野々村拓海（白洲迅）。拓海は庶務係の加山一彦（笠原秀幸）、河本春夫（難波圭一）とともにトラックに乗り込み、倉庫に向けて出発する。走行中、路上で倒れている男を発見し、トラックが急停車。心配した拓海が急いで駆け寄ると、倒れていた男が突然起き上がり、催涙スプレーを浴びせる。さらに突然現れたもうひとりの男に、加山と河本も襲われ…。催涙スプレーの男がおもむろに取り出した拳銃で河本が被弾する。

法務大臣・高木慎一郎（金子昇）の隠し子、教育委員会の元教育長・小林孝之（不破万作）の孫の誘拐事件が解決しないまま、3件目の誘拐事件が発生する。さらわれたのは、過去に殺人事件の被疑者の精神鑑定を手掛けていた大学教授・木下幸二（藤田宗久）の孫。しかし、今回の現場には、前2件のように白い塗料で書き殴られた不可解な数字は残されていなかった…。一方、殺害された小林の解剖を手掛けた法医学教授・堂本俊太郎（北大路欣也）は、胃の中からプラスチック容器に入った黒い紙を発見。そこには白いペンで数字が書かれていた。専従捜査班の天樹悠（東山紀之）らは、この数字が木下の孫を誘拐する犯行予告だったのか…!?と、首を傾げる。

5歳の娘・凛（鈴木結和）と2人で暮らす柴田茜（中島菜穂）が自宅で刺殺され、専従捜査班が臨場する。部屋の壁には被害者の血液で描かれた「×」印が…。さらに、凶器のナイフを持った被疑者と思われる男によって、凛が連れ去られていた…！クローゼットの中に、血のついたぬいぐるみが残されていたことから、凛は母を殺した犯人を見ている可能性が高く、天樹悠（東山紀之）らは彼女の行方を案じる。

日々、事件に追われている専従捜査班に訪れたつかの間の休日…にも関わらず、なんだかんだと資料係にメンバーが集まってくる。忘れ物を取りに来た野々村拓海（白洲迅）の発案で、天樹悠（東山紀之）、海老沢芳樹（田辺誠一）、水田環（倉科カナ）、青山新（塚本高史）は、急きょキャンプ場へ…！到着した天樹らは、そこで出会った野上康二（勝部演之）、悦世（田岡美也子）夫妻、ミステリー研究会の仲間だという大学生・山波智喜（深澤嵐）らと、一緒に食事をすることに。楽しいひと時を過ごす一行だが、温泉水をくみに行った川崎慶吾（安田啓人）が青ざめた顔で戻って来るなり、倒れてしまう。天樹らは救急車を呼ぼうとするが、なんと圏外、さらに管理人の戸沢博之（村松利史）らと事務所に駆け込んだところ、電話線が切られていた…。

スナックで働く女性・一色朱子（野波麻帆）が、自宅で腹部を刺され死亡。天樹悠（東山紀之）ら専従捜査班が臨場し、室内を調べていると、血相を変えた野々村拓海（白洲迅）が飛び込んでくる。拓海が防犯カメラの映像を再生すると、慌てて立ち去る血まみれの青山新（塚本高史）が映し出される！しかも、現場には青山のスマホが落ちており、凶器の包丁に残っていたのは彼の指紋だけ。さらに、ほかにこの部屋を訪れた人物はいない…と、すべての状況が青山の犯行を指し示していることに、コンビを組む水田環（倉科カナ）をはじめ、専従捜査班のメンバーはぼう然…。追い打ちをかけるように、突然現れた捜査一課の今野誠司（大浦龍宇一）に、捜査から外れるよう命令されてしまう。

深い溝にはまって死亡しているホームレスの老人（斉木しげる）が見つかった。被害者の老人が現場近くのタワーマンションの庭にあるベンチに一日中座っていたという目撃情報を得た専従捜査班の天樹悠（東山紀之）、水田環（倉科カナ）、青山新（塚本高史）は、タワーマンションの住人に聞き込みを開始する。佐藤和子（赤間麻里子）という主婦が、マンションの過去の騒動について語りだした。それによると元大学准教授の田中実（六角慎司）が未成年の女子学生を自宅に連れ込む写真をSNSに投稿されてクビになり、マンションを出て行かざるをえなくなったというのだが…。天樹は、その画像が被害者の老人が座っていたベンチから撮影されたものだと気づく。さらに、会社経営者の高橋清（増田修一朗）が老人ともめていたという証言も出てきて…。SNSを使って住人の弱みを握っていた老人が、その報復で殺されたのではないか、という見方が強まる。

検察側の証人として、法廷に立っている専従捜査班の天樹悠（東山紀之）――。ピエロの面を着けた犯人が男女2人を射殺、さらにどちらの遺体にも左頬にひどい陥没骨折の跡が残るなど、半年前にその残虐極まりない犯行で世間を震撼させた連続殺人事件で、天樹が実況見分を行ったことから証人として召喚されたのだ。被告人は元警察官の谷内田浩司（大和田獏）。自首して以降、容疑を全面的に認めているため、極刑を望む検事・片瀬壌（渡辺大）優勢で裁判が進むはずだったが、天樹が突然、別の事件について語り始める。天樹は、証人尋問の要請を受け、密かにこの事件を再捜査していたのだ――。

刺殺された男性の遺体が見つかり、天樹悠（東山紀之）ら専従捜査班が臨場する。被害者は暴力団の構成員・八代正（小橋川建）で、白い塗料で目の上に殴り書きされていた…。法医学教授・堂本俊太郎（北大路欣也）の解剖で、八代は睡眠導入剤で眠らされたうえで刺殺されたことが判明。不可解なことに、目には数字《1748》が刻まれた青いコンタクトレンズが入れられていた。しかも、昨夜青山新（塚本高史）に、その数字を告げる電話がかかってきていたのだ。一方、天樹は数字が示す日付に起きた事件の資料が「ゼロA」に入っていたことを思い出す。さらに、使用された塗料も「ゼロA」に関連する事件と同じものだということがわかる。事件はまだ終わっていなかったのだ――！