Black Canary scopre che il suo mentore e maestro Wildcat partecipa ad incontri superumani clandestini per conto della spietata Roulette. Il vecchio pugile lo fa in quanto si sente vecchio e inutile accanto agli altri membri della lega, e vorrebbe tornare a valere qualcosa. La bomba bionda decide allora di reclutare Freccia Verde per portare via Wildcat dalle grinfie di Roulette. È in questo episodio che Freccia Verde e Black Canary si innamorano.

Mister Miracle e la moglie Big Barda chiedono aiuto alla lega per liberare il vecchio Oberon dalla sua prigionia su Apokolips. Nonostante J'onn si rifiuti in quanto non vuole immischiarsi negli affari tra Nuova Genesi ed Apokolips, Flash accetta immediatamente (infatuatosi della bella Big Barda, che scoprirà poi sposata).

Mentre la lega è impegnata a evacuare un'isola vulcanica prima di un'eruzione, Superman è bloccato nel vulcano per affrontare Doomsday (che si rivela essere un suo clone imperfetto creato dal progetto Cadmus). Intanto Batman prova la cospirazione di Cadmus contro la Justice League.

Felix Faust, inganna la strega Tala e con il suo aiuto prende possesso dell'armatura Annihilator per poi andare nel Tartaro a spodestare Ade. Per evitare l'avvento del caos, Wonder Woman interviene; la guerriera amazzone è però costretta a collaborare con l'Alata, che odia dagli eventi di Viaggiatori stellari e la cui ostilità ha reso reciproca l'antipatia, ma che è l'unica a poter allontanare i demoni del tartaro grazie alla sua mazza. Durante l'episodio le due donne riescono finalmente a fare pace ed a diventare amiche; inoltre Hyppolita attiva i pieni poteri dell'armatura e del lazo della figlia.

La Cacciatrice viene espulsa dalla lega per aver tentato di uccidere il boss mafioso Steve Mandragola (l'uomo che ha ucciso i suoi genitori) prima del suo processo. La donna allora chiede aiuto a The Question per "finire il lavoro", tuttavia a guardia dell'uomo sono stati messi Black Canary e Freccia Verde.

Lex Luthor si candida a presidente degli Stati Uniti ed è fortemente appoggiato da Capitan Marvel; il quale è convinto della sua redenzione, di tutt'altra idea è invece Superman, il quale attacca Luthor credendo abbia posizionato una bomba nel parco cittadino ed è Marvel a cercare di fermarlo; dopo lo scontro tra i due titani, Superman è pubblicamente umiliato da Luthor quando scopre la suddetta bomba essere solo un generatore. In realtà tutto ciò era un piano precedentemente orchestrato dallo stesso Lex e da Amanda Waller.

La lega riceve una misteriosa richiesta di soccorso dalle profondità dello spazio; nonostante la rivalità derivata dall'amare lo stesso uomo, l'Alata e Vixen si imbarcano assieme nella missione accompagnate solo del rude Vigilante. Arrivati sul pianeta da cui proveniva il segnale però, gli eroi si trovano bloccati in una trappola dei Thanagariani, desiderosi di vendicarsi dell'Alata per il tradimento contro il suo pianeta.

Dopo aver aiutato Superman a sconfiggere Mantis, Capitan Atom viene richiamato in servizio nell'esercito e lascia la lega. Nel frattempo, The Question investigando riesce a scoprire i complotti di Luthor per impadronirsi della Casa Bianca ed i fatti avvenuti nell'universo dei Justice Lords, che stanno per avvenire anche in questo universo. Per impedirlo assale Luthor, il quale è guarito dall'avvelenamento da Kryptonite e si trova ora in possesso di una forza sovrumana; dunque Question viene catturato e quando Superman e la Cacciatrice corrono al suo salvataggio vengono ostacolati da Capitan Atom, che ha ricevuto l'ordine di fermarli.

Dopo il loro scontro, sia Capitan Atom che Superman vengono trasportati alla Torre di Controllo assieme alla Cacciatrice e ad un malconcio The Question (che vediamo per la prima volta smascherato). Sulla Terra, intanto, Lex Luthor si impadronisce del cannone principale della Torre di Controllo per fare fuoco sulla base della Cadmus, causando un ingente danno collaterale alla città e facendo ricadere la colpa sulla Justice League. In questo modo l'uomo convince Amanda Waller che si tratta di un atto di vendetta e la scienziata, per opporvisi, sfodera il suo esercito di Ultimen clonati, capeggiati dall'asso nella manica di Cadmus: Galatea.

Mentre i membri fondatori della lega (con l'eccezione di Batman) si arrendono al governo nel tentativo di giustificare l'attacco a Cadmus, Supergirl e Acciaio, assieme agli altri membri della Justice League, devono respingere l'attacco degli Ultimen e di Galatea direttamente alla Torre di Controllo; durante la battaglia la ragazza d'acciaio riesce finalmente a disfarsi del suo clone sconfiggendola una volta per tutte. Intanto sulla terra i piani di Luthor vengono scoperti e i sette membri fondatori della lega, con il supporto di Amanda Waller procedono per arrestarlo, nal momento culminante però, l'uomo rivela di avere Brainiac all'interno del suo corpo.

Brainiac rivela di aver messo una parte di sé all'interno di Luthor anni prima (in Le avventure di Superman), i due quindi si fondono assieme e combattono contro i sette membri fondatori della Justice League, di nuovo tutti assieme come agli albori; durante l'apocalittica lotta senza quartiere il miliardario ed il computer alieno hanno la meglio e Flash, in un atto disperato si fonde con la Forza della velocità, distruggendo il potente nemico pezzo per pezzo scomparendo però poco dopo nel nulla, Superman infuriato si scaglia contro Luthor minacciando di ucciderlo ma si trattiene all'ultimo minuto; fortunatamente Martian Manhunter, scopre che Flash è ancora vivo e, con la sua telepatia riesce a separarlo dalla potente entità.

Gotham City, anno 2056; Bruce Wayne cagionevole di salute necessita del trapianto di un rene per sopravvivere; Terry McGinnis si offre per la donazione, e l'esame rivela non solo che è compatibile per il trapianto, ma anche che possiede esattamente lo stesso corredo genetico di Wayne, il che fa di lui un clone dell'uomo. Arrabbiato per la scoperta, il giovane accusa il vecchio mentore di averlo sempre saputo e di non averglielo mai detto per poterlo così "intrappolare" nel ruolo di Batman; nonostante l'uomo neghi, Terry sente che la sua vita è sempre stata programmata. Lascia dunque la Justice League, i panni di Batman e l'amata Dana. Disilluso e desideroso di risposte si reca poi dalla massima autorità mondiale in fatto di genetica: Amanda Waller. L'anziana signora gli rivela di averlo clonato da Bruce per far sì che al mondo ci fosse sempre un uomo come Batman.