竹田啓司在等著同校的學妹兼戀人宮下藤花。但是過了約定的時間她沒有現身，也聯繫不上。天也開始黑了，竹田放棄等待準備回家，一個步履蹣跚並流著淚的男人出現在他的眼前。那人不管怎麼看都不像是正常人，在周圍的人們，包括竹田自己都假裝事不關己的時候，一個不可思議的人趕來那個男人的身邊。那是個身披大斗篷，戴著奇怪帽子的不可思議的人物。她和讓竹田白等一場的宮下藤花長著一樣的臉……

放學後，木下京子跟準備回去的末真和子説想一起回家。在河邊道路上走的時候，京子膽怯地跟在末真的背後，並提議走別的路回去。末真單刀直入地問京子，“怕被人襲擊殺掉嗎”。當末真對沉默的京子説：“雖然我不清楚情況，但你想太多了”的時候，身穿騎手服的霧間凪來到了兩人的身邊。凪不容分説地抓住京子的手臂並將她摁在地上，用粗暴的語氣説：“要不要我直接把你的手摺了”。

在補習學校一邊教美術，一邊給學生們進行升學諮詢的飛鳥井仁有著與生俱來的不可思議的能力。那就是能看見人心的缺陷。飛鳥井的眼睛能看到人們內心裡的植物。無論是怎樣的人也好，其植物的根和花等，必定會缺少什麼。但是對於只能看到缺少的東西的飛鳥井別無他法，他能做到的只有用話語來彌補。一天，飛鳥井在下班回家的路上，遇到了一個自稱幻想者的少女·水乃星透子。

為了讀日本的高中，霧間凪同父異母的弟弟谷口正樹從海外回到日本。聽從姐姐的建議，正樹在學校儘量保持不太引人注目，然而某天，他被同級生們找茬。忽然一個少女在街道的巷子裡對包圍正樹的同級生們打招呼。似乎要主動做正樹的替身一樣打算獻身的這位少女名叫織機綺。正樹以這次相遇為契機，逐漸縮小和織機的距離……

衣川琴絵來到了一起在補習學校學習的宮下藤花和末真和子的身邊。由於木下京子曾經向末真討論過自己可能會被殺害的事情，得知此事的琴絵找末真，希望末真能拯救她的表哥飛鳥井仁。變得不再像以前一樣煩惱，經常夜不歸宿，衣服上還站上了血跡般的汙漬，考慮過去找員警的琴絵，怕事情變大而猶豫不決。聽了這番話後末真説這件事交給她來解決……

正樹傾聽了織機的願望，穿戴黑色的帽子和斗篷，扮演著不吉波普。自從讓織機做誘餌，開始效仿懲治壞人的正義夥伴，已經過去兩週了，但正樹至今還未清楚織機的本意。“不能一直這樣吧”正樹對織機説道，而織機卻回答道“你有什麼想要我做的話可以告訴我”。對於這樣的織機，正樹按耐不住地説：“那麼再扮演不吉波普一段時間吧”……

衣川琴絵之前來找末真和子商量飛鳥井仁的事情，然而她最近突然發生變化的事被末真察覺到了。末真有和衣川直接見面的印象，對於衣川發生改變這件事，有著無論如何也抹不掉的違和感。為了查明真相，她決定去見飛鳥井。“你是不是真的知道衣川變了的理由？”飛鳥井對於末真的提問不為所動，並開始淡淡地講起自己的目的。

“至今為止你到底都看到了什麼？”正樹得知了織機隱藏的真相後，那份後悔在內心中揮之不去，於是他開始拼命尋找她的行蹤。正樹好不容易才打通了電話，並告訴織機自己想成為她的力量，然而織機拒絕了他。由於互相為對方著想，所以兩人無法走在一塊。但是，無論怎麼説也無法放棄的正樹依靠電話傳來的聲音，到達了織機被囚禁的地方——建設中的佩斯利遊樂園，然而……

做私家偵探的黒田慎平的真實身份，是被名為統合機構的巨大秘密組織所創造的合成人·稻草人。他的任務是MPLS搜索。MPLS是擁有超越人類的能力的存在。同樣是合成人的鴿子帶著任務來到了黑田的身邊。其任務是調查以絕代實業家而聞名的寺月恭一郎的周圍。對於已經做了幾次的任務，黑田一邊抱著疑問，一邊開始調查寺月，他盯上了寺月曾經捐贈過的某家醫院，然而……

所有的開端都是從那時開始。患上不治之症而住院的凪的病房裡發現了裝有藥劑的安瓿。精神科醫生來生真希子不斷重複實驗，得知了使用藥物的人會獲得如同不死之身般的驚奇的再生能力。對於可謂是宛如人類進化般的效果，來生猶豫著給患者使用會怎麼樣。此時，電視播放著發現了連續殺人事件的被害者的新聞。被害者已經增加至五人，犯人至今還沒被逮捕……

霧間誠一收到了死亡預告的同時，還收到了別人的感謝。某個男人與霧間誠一的書相遇後，打算將一直隱藏的與生俱來的能力一點點公之於眾，其結果是，他成為了社會之敵，在最後為了表示謝意而寄了一封信。對這封信感到在意的霧間誠一，拜託朋友榊原弦去調查，然後發現寄信人在寄信的第二天就死了，並且那個人還真的有著不可思議的能力。

凪為了和來生真希子戰鬥而做好了準備。已經不是人類的來生真希子一旦和凪打起來，恐怕凪會被殺死。摩·馬達看見凪確實想挑起無謀的戰鬥，採取了至今為止的自己絕不可能選擇的行動。另一方面，和來生真希子對峙的凪為了避免把醫院作為戰場，騎著自行車全力跑起來，然而她被來生真希子那壓倒性的身體能力追了上來，並被摁倒在地。來生真希子一邊毆打著凪，一邊叫她感受恐懼……

靠一代就築起了鉅額財富，在各個領域裡帶來了巨大的貢獻和進步的傳説級創業家寺月恭一郎，在人生的最後留下了奇形怪狀的建築物·MOON TEMPLE。其參觀活動一召開，就有許多人排著隊焦急地等待入場。準備和宮下藤花見面的竹田啓司、從補課學校拿申請書出來的新刻敬、曾經與紙木城直子約定過在MOON TEMPLE完成後一起來看的田中志郎，以及這個事件的關係者們都偶然齊聚在那裡……

在MOON TEMPLE裡響起了音樂，然後緊急捲簾門啓動，似乎要把人們關起來一樣，並且館內變得昏暗。由於停電的昏暗，人們陷入了恐慌。但是一旦有人冷靜下來，就發現自己來到了非MOON TEMPLE的另一個地方。每個人所在的地方都不一樣，相同的是他們在繼續著曾經經歷過的過去。在那裡有著自稱歪曲王的存在，還對人説：“你渴望從內心消除的痛苦，必須反過來變成黃金”……

新刻敬和不吉波普來到了MOON TEMPLE裡面。按照不吉波普所説的，世界確實面臨著危機，但那究竟是個怎樣的危機，尚未知曉。“只要打倒自稱歪曲王的人就好了嗎”敬如此問道，不吉波普回答道：“事態並沒有這麼簡單，連是否要與歪曲王戰鬥也不知道”。此時敬的肚子無意間餓得直叫，對此不吉波普拿出可愛的便當給她，説：“空腹會擾亂神經”。

羽原健太郎和田中志郎一起發現了好像能通往地下的入口，並來到了那個地方。但是，道元咲子倒在了入口上方。羽原和志郎支開了醒過來的咲子，並前往了地下。那裡是換氣用的空間，似乎沒有任何跟歪曲王有關的東西。突然入口的門關上了，他們聽到了咲子的聲音，“不管有什麼目的都不會讓你們妨礙歪曲王的”。入口的門被緊緊關上，他們沒有了退路。然後又有什麼關閉的聲音在迴響……

螢幕上出現的寺月恭一郎道出了事實。他説MOON TEMPLE裡所發生的現像是在寺月和歪曲王的合作下的產物，並稱讚了創造這個舞臺的歪曲王。然後來到最上層的新刻敬和不吉波普一起，與歪曲王的本體對峙。看到終於現身的歪曲王的正體，不吉波普理解了他為什麼瞭解自己。歪曲王告訴他們：“這終究是個實驗，本來就沒打算傷害誰”……