같은 학교에 다니는 후배이자 애인인 미야시타 토우카를 기다리는 중인 타케다 케이지. 하지만 약속 시간이 지나도 토우카의 모습은 보이지 않았고 연락도 닿지 않았다. 결국 집에 가기로 한 타케다의 눈에 눈물을 흘리며 비틀비틀 걷는 남자의 모습이 들어왔다. 누가 봐도 남자의 상태는 이상했기에 타케다도 주위 사람들도 보고만 있던 그때, 낯선 복장을 한 사람이 나타났다. 커다란 망토로 몸을 가리고, 이상한 모자를 쓴 사람. 그 사람은 타케다를 바람 맞힌 미야시타 토우카와 똑같은 얼굴이었는데.

스에마에게 집에 같이 가자고 한 쿄코. 스에마를 뒤따라가듯 강변길을 걷던 쿄코는 갑자기 평소와는 다른 길로 가자고 말한다. 누군가에게 살해당할 수 있기 때문이라는 이유를 대고는 더 이상 입을 열지 않는 쿄코에게 사정을 물으려던 그 찰나. 키리마 나기가 두 사람을 덮치는데.

입시 학원에서 미술을 가르치면서 학생들의 진로 상담도 병행하는 강사, 아스카이 진. 하지만 아스카이에게는 아무도 모르는 능력이 있었다. 그것은 바로 인간의 마음에 결여된 것을 보는 힘. 아스카이의 눈에는 사람마다 가슴에 식물이 보였는데, 모든 사람들이 그 식물의 뿌리라든가 꽃 같은 무언가가 꼭 결여되어있었다. 하지만 결여된 것을 볼 수만 있을 뿐, 해결해줄 수 있는 것은 없어서 아스카이에겐 그저 말로 격려해주는 방법밖에 없었다. 그러던 어느 날, 아스카이는 퇴근길에 이미지네이터인 미나호시 스이코와 마주치게 되는데.

일본 고등학교에 가기 위해 해외에서 일본으로 돌아온 키리마 나기의 동생, 타니구치 마사키. 누나의 조언대로 학교에선 눈에 띄지 않는 학창 생활을 보내려던 마사키였지만 같은 반 남학생들에게 원한을 사게 된다. 마사키가 골목길에서 같은 반 남학생들에게 시비 걸려 둘러싸인 그때, 그들에게 어느 한 여자아이가 다가왔는데.

함께 공부하던 미야시타 토우카와 스에마 카즈코를 찾아온 키누카와 코토에. 코토에는 스에마에게 학원 강사이자 자신의 사촌 오빠인 아스카이 진을 도와달라는 부탁을 한다. 요즘 진이 부쩍 고민이 없어진데다 외박이 잦아졌고, 돌아올 때면 어김없이 혈흔을 묻히고 돌아와 걱정이 된다는 것이었다. 이야기를 들은 스에마는 자신에게 맡겨달라고 대답하는데.

오리하타의 부탁으로 검은 모자와 망토를 둘러 부기팝 행세를 하는 마사키. 약에 빠질 뻔한 사람을 구한다, 나쁜 사람들을 물리친다는 명목이 있기 때문이었다. 하지만 언제까지고 계속할 수 없다는 생각이 든 마사키가 슬슬 그만두자는 의사를 내비치자, 오리하타는 자신이 해줬으면 하는 게 있으면 다 해주겠다는 말을 하는데.

아스카이 진에 대해 고민을 털어놓았던 키누카와 코토에가 최근에 갑자기 변해버린 것을 알게 된 스에마. 코토에와 직접 만났을 때 받은 인상도 있고, 앞뒤가 맞지 않다고 느낀 스에마는 진과 얘기를 나누기 위해 학원에 찾아가는데.

오리하타가 숨겨온 비밀을 알게 되었지만 그럼에도 오리하타를 필사적으로 찾아다니는 마사키. 그러던 중, 드디어 오리하타와 전화가 연결된 마사키는 도움이 되어주겠다고 말하지만 오리하타는 이를 단박에 거절한다. 서로가 서로를 원하지만 엇갈리기만 하는 두 사람이었는데.

탐정인 쿠로다 신페이의 정체는 거대한 비밀 조직인 통화기구가 만들어낸 합성인간으로, 이름은 스케어크로우였다. 그에게 주어진 본 임무는 MPLS 탐색. MLPS란 인류를 초월한 능력을 가진 존재를 말했다. 그런 쿠로다에게 또 다른 합성인간인 피전이 찾아와 새로운 임무를 건네는데.

나기가 입원했던 병원의 정신과 의사인 키스기 마키코. 기적적으로 병이 완치된 나기를 우연히 병원에서 마주친 키스기는 나기의 병이 완치된 이유를 화제로 이야기한다. 이유를 정확하게 추측할 수 없다고 말한 키스기였지만 사실 쿠로다가 나기에게 투여하고 남은 약물을 발견한 사람이 바로 키스기였는데.

키리마 세이이치 앞으로 날아온 한 통의 편지. 편지 내용은 키리마 세이이치의 책을 읽고 용기를 얻어 자신의 말 못할 재능을 남들에게 조금씩 드러냈지만 되려 사회의 적이 되어버렸고, 살해당하기 전 마지막으로 감사 인사를 전하기 위해 보낸다는 것이었는데.

키스기 마키코와 싸우기 위한 준비에 여념이 없는 나기. 더 이상 인간이 아니게 된 키스기와 싸우게 되면 나기는 살해당할 게 분명했다. 이를 지켜보던 모 머더는 자신이 절대 하지 않았을 선택을 하게 되는데.

다양한 업종에서 성공을 거두며 종합기업 MCE의 오너 겸 사장이었던 테라츠키 쿄이치로. 그런 그가 마지막으로 남긴 바빌론의 탑인 문 템플이 완공되어 개장 이벤트가 열렸다. 우연인지 그 기이한 모양의 그 건물의 앞에 미야시타 토우카를 비롯한 타케다 케이지, 니이토키 케이, 타나카 시로 등 '그 사건'의 관련자들이 모여들었는데.

문 템플 안에서 진동하듯 울리는 음악, 그리고 내려간 셔터. 문 템플 안에 갇혀버린 사람들은 문득 정신차려 보니 문 템플이 아닌 어느 기억 속의 장소에 있었다. 사람마다 서로 장소는 달랐지만 왜인지 과거 기억의 연장선이라는 사실은 전부 같았는데.

문 템플 안에서 부기팝과 만난 니이토키 케이. 부기팝은 세계의 위기를 감지해 나타난다고 했지만 어떤 식의 위기인지는 부기팝도 정확하게 파악하지 못한다고 한다. 왜곡왕이라는 자를 찾아내 해치우면 되지 않냐는 케이의 질문에는 그런 단순한 문제가 아닌 데다 왜곡왕과 대적할 필요성이 없을지도 모른다는 답변을 하는 부기팝이었는데

다른 입구를 찾아낸 타나카 시로와 하바라 켄타로. 하지만 그 입구 근처엔 미치모토 사키코가 쓰러져있었다. 사키코를 깨운 두 사람은 입구를 통해 밑으로 내려갔지만, 왜곡왕과 관련된 단서는 찾지 못했는데.

모니터 속 테라츠키 쿄이치로에게서 듣게 된 진실. 그것은, 문 템플에서 발생한 현상이 테라츠키와 왜곡왕의 '합작'이며 테라츠키는 이 정도로 무대를 꾸며준 왜곡왕에게 감탄을 금치 못한다는 사실이었다. 한편, 옥상으로 향하던 니이토키와 부기팝은 왜곡왕의 '본체'와 마주하게 되는데.