After a devastating earthquake strikes Makuhara the northern part of Chiba, 18 year-old Yamato, leaves to Makuhara to find his friend Kiichi who lives in the area. On his way Yamato meets Takeru, who is also traveling to Makuhara as a volunteer in the relief effort. However, when the two arrive at Makuhara they are shocked to find that the city, which is under government lock down, is intact and is managed solely by children after a mysterious virus results in the deaths of all the adults. Forced to survive on their own, the child leaders must save the city and also fight the government, which tries to hide the truth.

千葉県幕原市で大地震があったとのニュースが流れる。幕原市に引っ越していた友人・キイチを探しに旅立ったヤマトと、自称災害ボランティア志望のタケルは幕原地区に乗り込む。だが、地震というのは政府による情報操作で、実際には微生物「T幕原型」に汚染されてしまうというバイオハザードが発生、幕原市は大人が死に絶えた未成年だけの街になっており、感染拡大とパニックを防ぐためとして街全体が封鎖されていた。その後、ヤマトやタケルは、様々な問題や事件を乗り越えながら、大人の不在によって治安が悪化し暴力に支配された子供だけの街に秩序を築いていく。