The Lightman Group onderzoekt een zaak waarin een vrouw met meerdere persoonlijkheden (gastrol Christensen) getuige van een moord is, ofwel is ze de moordenaar. Intussen huurt de president van de Verenigde Staten het bedrijf in om een mogelijke kandidaat voor het Hooggerechtshof te ondervragen.

Zoe roept de hulp van The Lightman Group in, om onderzoek te doen naar een beroemde footballspeler die beschuldigd wordt van seks met een minderjarige. Foster en Loker bezoeken een religieus complex om te bepalen of het hier gaat om een misdadige religeuze sekte.

Terwijl ze op vakantie zijn in Mexico, raken Cal en Emily betrokken bij een zaak over de verdwijning van een Amerikaanse vrouw. In Washington onderzoeken Foster en Cals rivaal Jack Rader (Marc Blucas) besmet bloed in de lokale ziekenhuizen.

Eric Matheson, een man die verdacht wordt van de moord op zijn vrouw, neemt The Lightman Group over en gijzelt iedereen in het bedrijf tot ze de echte dader hebben gevonden. Cals beslissing om in te stemmen met zijn voorwaarden en niet de politie te bellen, zou hem weleens het leven kunnen kosten.

Een gezicht uit Lightmans verleden sleept hem mee in een gevaarlijk misdadig complot en stelt zijn vriendschap en loyaliteit op de proef. The Lightman Group onderzoekt intussen moordbedreigingen van een leerling op de middelbare school.

Na de moord op een getuige huurt de FBI The Lightman Group in om uit te zoeken wie de locatie van de getuige heeft verraden aan de moordenaars, en om agent Reynolds te beschermen, de kroongetuige van de zaak. Wanneer Reynolds weigert te getuigen, ontdekken Lightman en Foster dat hij iets uit zijn verleden wil verbergen.

Een gekwelde tiener die gelooft dat hij als baby werd ontvoerd, klopt aan bij The Lightman Group voor hulp bij het ontrafelen van zijn verleden. Loker gaat op zoek naar de oorzaak van een dodelijke stormloop op een megawinkel de dag na Thanksgiving.

Cal is tijdens de kerstvakantie in Afghanistan om te helpen met de redding van twee verdwenen mariniers. De enige hulp waar hij in deze missie op kan rekenen, is een Amerikaanse expat.

Lightman, Foster en Reynolds gaan naar Las Vegas om te helpen zoeken naar een vermiste finalist bij het wereldkampioenschap Poker. Lightman gebruikt zijn kennis op het vlak van gelaatsexpressies om vast te stellen wie er meer weet over de verdwijning. Loker en Torres analyseren Lokers nieuwe relatie en groeien daardoor naar elkaar toe.

Harold Clark, een boer wiens boerderij kort geleden in beslag genomen is, kampeert met zijn tractor op de stoep van het Witte Huis en eist een gesprek met de president. In een anonieme noodoproep beweert iemand dat hij genoeg explosieven heeft om de hele stad op te blazen. Doordat Cal en de andere leden van het team in een lockdown zitten, omdat ze zich dicht bij de explosiezone bevinden, moet Torres al het speurwerk doen. Via videobeelden en telefoon moet Cal als onderhandelaar optreden. De FBI wil weten of een sluipschutter Harold moet uitschakelen, of dat het hier gaat om een ongevaarlijke gek. Cal moet zo snel mogelijk bepalen of Harold echt een bom heeft, of hij die zal gebruiken, en of hij onderdeel is van een groter, dodelijker complot.

Lightman speelt een gevaarlijk kat-en-muisspel met een briljante, charmante psychologiestudent, die door Lightman wordt bestempeld als psychopaat. Wanneer niemand hem echter gelooft, wil hij bewijzen dat de twijfelaars het bij het foute eind hebben en wil hij de psychopaat te pakken krijgen voordat hij opnieuw toeslaat. Deze zaak wordt bemoeilijkt door Lightmans voormalige mentor, een beroemde psycholoog die ook misleid wordt door de charismatische jongeman, en die hem om professionele en persoonlijke redenen de hand boven het hoofd houdt. Loker en Torres reizen intussen naar een klein stadje om een ufo-waarneming te onderzoeken.

Wanneer Lightmans voormalige collega in het Pentagon wordt gedood door een autobom, moeten Lightman en Foster een reeks gebeurtenissen uit het verleden oprakelen, waaronder de therapiesessies die hen samenbrachten.

Cal heeft toegezegd om te getuigen voor de aanklager, maar ontdekt dan dat zijn ex-vrouw de onschuldige beklaagde verdedigt: een mooie, jonge vrouw die beschuldigd wordt van moord op haar veel oudere, schatrijke man.

Bij een onderzoek naar de moord op een politieagent ontdekt Cal een complot dat zijn dochter in gevaar kan brengen. Cal moet The Lightman Group redden van een financiële crisis.

Torres' halfzus Ava, die in een jeugdgevangenis zit, verschijnt op een vreemde manier weer in Torres' leven wanneer een van haar medegevangenen verdwijnt. Tegelijkertijd raakt The Lightman Group betrokken in een zaak die de twee zussen dwingt om hun moeilijke jeugd weer op te rakelen.

Cal en Gillian onderzoeken een poging tot moord op de gouverneur van Virginia. De gouverneur kwam er zonder kleerscheuren vanaf, maar een van zijn stafleden overleefde het niet. Cal leidt daar al snel uit af dat zij eigenlijk het beoogde doelwit was en gaat ervan uit dat iemand in het entourage van de gouverneur (of de gouverneur zelf) de hele zaak in scène heeft gezet als dekmantel voor de moord. Cal en Gillian krijgen de taak om de moordenaar op te sporen op de avond van de herverkiezing van de gouverneur.

Cal loopt het risico te worden ontmaskerd als gokker in een illegale vechtclub, wanneer een van de vechters er dood wordt aangetroffen. Fosters relatie met Burns (een gastrol van Max Martini) loopt vast nadat ze een verontrustend geheim ontdekte.

Na te hebben gezien hoe de eerste man die hij heeft helpen veroordelen geëxecuteerd is, denkt Cal dat hij zich misschien heeft vergist en gaat hij op zoek naar de waarheid. Zijn vrees wordt werkelijkheid als een andere jongen verdwijnt onder dezelfde omstandigheden als het eerste slachtoffer.

Gillian houdt haar relatie met haar nieuwe vriend al maanden verborgen en Cal wil weten wat ze te verbergen heeft. Cal volgt Burns en gaat uiteindelijk Burns' huis observeren. Wanneer Burns ontvoerd wordt, moet Lightman hem opsporen met de hulp van Burns' mysterieuze ex-partner.

Cal aanvaardt een pro-Deozaak rondom de weggelopen tiener Molly Dawkins, die in de porno-industrie is terechtgekomen. Toevallig heeft Emily deze week uitgekozen voor haar eindproject voor journalistiek, waarvoor ze haar vader een week lang op het werk moet volgen. Cal en Gillian komen erachter dat Molly onverwacht vertrokken is bij het bedrijf dat de pornofilm maakt waarin ze meespeelde, en dat niemand nog iets van haar gehoord heeft. Wanneer Reynolds Molly opspoort dankzij een medische rekening, vinden ze haar terug in een erbarmelijke toestand. Cal en Gillian komen uiteindelijk achter de reden waarom ze wegliep: een 12 jaar oude verdrongen herinnering aan de moord op haar moeder door haar vader. Maar het is het geheim dat ze aan Emily toevertrouwt, wat het onderzoek op het goede spoor zet.

The Lightman Group onderzoekt de moord op een bevriende journalist die een corrupte politicus wilde ontmaskeren. Deze zaak stelt Lightmans relatie met Reynolds en de FBI op de proef. Ondertussen voelt Lightman zich niet prettig bij Emily's vernieuwde interesse in jongens.