警察庁より県警の捜査一課に赴任した 清家真代 (剛力彩芽)。彼女は県会議員・郷田 (石丸謙二郎) の愛人マンションで起きた殺人事件を担当することに。その現場に現れたのは捜査二課の警部補・黒河内圭太 (長瀬智也) ――黒河内は捜査を通じて多くの政財界人のスキャンダルを握る、「 県警の怪物 」 と恐れられる人物だった。清家はそんな汚れた刑事を嫌悪するが、捜査を進めていくうちに黒河内が巨大にして崇高な目的を抱えていることを知り… !?

土砂降りの雨の日。県警捜査一課と所轄の捜査員たちが物々しい警戒態勢で沢渡の別荘を見つめる中、沢渡前知事 (渡部篤郎) の別荘で立てこもりをしているのはなんと 黒河内 (長瀬智也)。彼の元へ、清家 (剛力彩芽) が説得のため一人で向かった。別荘の中に入った清家は、なぜ沢渡の別荘に立てこもりをしているのかと問うと、黒河内は、不起訴処分となった沢渡から始末されることを恐れて裏取引を持ちかけたことを話し始める…。一方、同じく別荘で立てこもりを見つめる中に、元鑑識班で監察官の 薬師寺 (大地康雄) がいた。彼は昔の部下たちに五島と嶋の遺体発見現場から黒河内が2人を殺したという証拠をさらに調べさせていたのだが…。

衆議院議員・伊地知伝助 (名高達男) の公設秘書・浅沼兼次 (矢柴俊博) が、伊地知の後援会事務所の屋上から飛び降りて亡くなった。その事件現場のやじ馬の中には、無表情で浅沼を見つめる 黒河内 (長瀬智也) の姿があった。翌日、現場に向かった捜査一課布袋班は、状況から考えても浅沼は自殺だと考えていた。しかし、兼次の父・浅沼兼男 (志賀廣太郎) が強引に事件現場に入り込み、「 息子は伊地知に殺された 」 と訴える。一方、黒河内は、柿崎(利重剛) から来月付けで留置管理課への異動を命ぜられる。それを受けて 清家 (剛力彩芽) も、牛井 (小市慢太郎) から黒河内とのコンビを解消していいと告げられる。そんな黒河内は、自分が異動になったことを清家に伝えるとともに、浅沼の自殺をもっと捜査したほうがいいと助言をするのだが…。

神奈川県内の山中で白骨化した遺体が発見される。白骨化した遺体は、醜聞をネタに金をゆする脅迫屋 (ゆすりや) で行方不明の 灰谷竜次 (隈部洋平) であり、死後10年が経過していると判明。その傍には凶器であるジュラルミンケースがあった。同じ頃、10年前に県内で起きたパチンコ店の現金5千万円強奪事件の実行犯として服役していた赤刃組の元構成員・高宮健太 (須田邦裕) が出所した。黒河内 (長瀬智也) は高宮を待ち構え、強奪した5千万円の行方について聞くも高宮は知らないと主張する。しかし捜査の末、灰谷を殺した凶器であるジュラルミンケースは、パチンコ店の現金強奪事件で強奪されたものと一致していたことが分かる。灰谷を殺したのは高宮なのであろうか？そして、高宮が盗んだ５千万円の行方は !?やがてその謎の奥には、ある一人の有名大物 IT 起業家と大物地検検事が浮かび上がる…。

拳銃で襲撃された 黒河内 (長瀬智也)。銃弾摘出手術が終わるのを 清家 (剛力彩芽) が、一人でじっと待っていた。警察官銃撃事件捜査本部が設けられ、柿崎(利重剛) や 牛井 (小市慢太郎) を中心に黒河内を銃撃した犯人の捜査をすることに。その頃、桜吹雪会の存在を 沢渡 (渡部篤郎) から知らされた 越後 (板尾創路) は、沢渡からの嶋・五島殺害に使われた拳銃の再鑑定の要求を受ける。黒河内を銃撃した本当の黒幕とは？黒河内は意識を取り戻すことが出来るのか？沢渡が動き出した今、三億円事件の真相にいよいよ迫る！

10年目の命日のため父親の墓地を訪れた 清家 (剛力彩芽) は、墓前で手を合わせている初老の男と出会う。司法研究所の所長をしているという その男 (山本學) は、元警察官で45年前に清家の父とともに同じ捜査班にいたこともあったと話す。男は 「遠藤」 と名乗った。何故かその場で話を聞いていた 黒河内 (長瀬智也) が、その男が45年前に三億円事件の捜査をしていた可能性があったのではと、当時のことを聞きだしてくるよう清家に話す。遠藤に接触した清家は、当時の三億円事件の捜査の話をすると、初めて自分の父親が生前に三億円事件の捜査に参加していた事実を知る。一方、拘置所にいる 沢渡 (渡部篤郎) に拳銃の再鑑定の依頼をされていた 越後 (板尾創路) は、再鑑定の手続きに踏み出す。三億円事件の真相に近づき、桜吹雪会創立の全貌が明らかになるとき、黒河内の身に何かが起こる…。

黒河内 (長瀬智也) は、桜吹雪会の創立者の1人である 遠藤 (山本學) の死で、三億円事件に関する情報入手先をなくしたため、元赤刃組の組員・高宮 (須田邦裕) に再び接触、先代の赤刃組組長が赤刃組の人間に殺された事を伝え、死んだ先代の組長のためにも力を貸して欲しいと話す。ともに訪れたのは 「首都綜合警備保障」 という警備会社であった。一方、自宅に銃弾が撃ち込まれた 清家 (剛力彩芽) の元に、また同じ声の不穏な電話がかかってくる。そして撃ち込まれた銃弾が SAT (特殊急襲部隊) で使われている狙撃用ライフルの弾だと知った矢先、同じ管内の猟奇殺人事件の知らせを受ける。その犠牲者が元警察官で SAT の 杉隆太郎 (阿部亮平) だと知る…。

首都綜合警備保障の受付・井手 (白羽ゆり) に襲撃された 黒河内 (長瀬智也) は、公安の 高橋 (森本レオ) に監禁されていた。 そんな中で、黒河内は45年前の三億円事件の当時の話を教えてもらう代わりに、沢渡 (渡部篤郎) が知っているある情報の取引を持ちかける。一方、越後検事(板尾創路)の自殺を知らされた 清家 (剛力彩芽) は、実は彼が他殺されたのではと疑念を抱いていた。そんな清家を見て 牛井 (小市慢太郎) は、黒河内と内密に追っている事件は何なのかと問い詰める。すると、清家のもとに黒河内から連絡が来る。久々に会った黒河内は清家に 「三億円事件の捜査は終了する」 と告げるが…。

高橋 (森本レオ) が護送中に 清家 (剛力彩芽) と 牛井 (小市慢太郎) を襲撃。彼が逃げたことが、黒河内 (長瀬智也) と 沢渡 (渡部篤郎) に伝えられた。高橋が向かった先には、思いがけない人物の姿があった…。何が善で何が悪か…。黒河内の本当の目的は何か？そして… 最後に三億円を掴むのは誰か… !?