オタク文化の聖地と言われたアキハバラも今ではオフィス街となり、アニメや漫画の記憶も忘れさられ、専門ショップも閉店していき数少なくなってしまった。人々の心にある作品の『思い出』はウイルスに作品世界を破壊され、思い出の作品の記憶が消えてしまう。みんなが好きな作品との『大切な思い出』を守るためウイルスを退治して、この世界を守るために、泉水たちが頑張る！

みんなの思い出、大切な作品をウイルスから守る為、ゲートをくぐり作品世界へと向かった泉水・イリーナ・亜矢香とねじウサ。作品世界のカフェに向かった泉水たちが見たのは、ブラックエリートの摩耶とウイルスにより壊された作品世界だった。泉水たちは大切な作品をとり戻せるのか？

ドールの洋服を作るのが得意な美智。そのドールの原作アニメが思い出せないメンバーたち。ねじウサから作品世界でウイルスが暴れている事を知り、結衣奈・薫子・美智とねじウサは作品世界へ向かう。美智の前に現れたドールたちだが、おかしな姿に変わっていた。作品世界を元の姿へ戻すため3人とドール達は摩耶と戦う！

またしても摩耶たちによって、作品世界がウイルスに破壊されてしまった。ウイルス退治に作品世界へ向かった、小町・怜・沙織とねじウサたちは、小学生のバスケット少女と出会う。「ちっちゃくて、かわいい女の子が許せない」摩耶は、ウイルスたちと、小町・怜・沙織のバスケット勝負を持ち掛ける！はたして小学生を守ることはできるのか？

日頃からみんなの足を引っ張っているんじゃないかと、内気なちまりは常にまわりを気にしていた。ゲートをくぐった世界でも気にしすぎて大切な所でも助けてもらう。そんなちまりを気遣う南海・渚央たち。はたしてちまりは自分の強い気持ちでウイルスに立ち向かえるのか？

プラモデル作りが好きな怜は、変わらない毎日を過ごしていた。クールな一面を見せつつも実は、ぬいぐるみなど「可愛いもの」が大好きであった。そんな一面を摩耶に見られてしまい落ち込む怜だったが・・・。

ゲートをくぐったイリーナ、結衣奈、沙織はゲームの世界へ。魔王を倒す為、3人は協力しあうが友情が壊れたりセーブデータが消えて落ち込んだり。そんな中、沙織が月に一回のネガティブの日になってしまい、イリーナと結衣奈は2人で魔王と戦う事ができるのか？

ボーイッシュな渚央は、お料理が上手など女の子扱いをされる事に慣れていない反面、褒められると「乙女モード」に可愛くなってしまう。そんな彼女の変貌を知った摩耶はバトルの挑戦を、渚央に指名する。はたして渚央は摩耶との直接対決に勝つことができるのだろうか？

薫子の積みゲー攻略の日々が続き、遂に完全攻略にたどり着くもゲームがウイルスに感染し作品世界へ向かう。ゲーム世界で薫子は摩耶の乙女心を攻略すべく、あの手この手を尽くし徐々に摩耶を攻略していくのだが・・・。

コミックスの物議が亜矢香を本気にさせる。作品世界へ向かった、亜矢香・美智・渚央とねじウサ。数々の番長たちを倒していくのだが亜矢香と渚央の前に立ちはかだる敵。二人をかばい、ねじウサは満身創痍の中、最後のドリルパンチを打ち込むのだが・・・。

泉水・薫子・小町とねじウサはゲートをくぐり、アニメや漫画、ゲームで盛り上がっていた全盛期の聖地、アキハバラを体験する。そこに摩耶のコントロールを失ったウイルスちゃんが、アキハバラの街を次々と破壊してしまう。泉水たちはウイルスの暴走を止められるのか？

摩耶のコントロールを失ったウイルスの暴走によって、街が壊滅してしまったアキハバラ。これ以上の被害を出さないために、アキハバラのお店が協力し、みんなの力を合わせてウイルスに立ち向かうが…。