ミロとの再会を果たした大介は、彼だけの力――強化服（パワードスーツ）“ストリング・パペット”を授かる。それを使って戦う相手は未来人リヴィジョンズと彼らが操る機械の化け物たち。生き残りを賭けた渋谷時空難民の死闘が始まる…！

大介を中心にパペット部隊“S．D．S．（シブヤ・ディフェンス・サービス）”が結成された。戦力アップのため、かれらは渋谷外の廃墟へ向かう。そこにはミロが属する未来人組織アーヴが用意した残りのパペット二体が隠されていて――

渋谷臨時政府総理・牟田は、リヴィジョンズとの秘密交渉により、元の時代への帰還計画をぶち上げる。その帰還者リストには大介の親友・慶作の名もあった。さらにはパペットを敵に引き渡す計画も…。揺れる渋谷。仲間の絆が試される――

S．D．S．は渋谷のヒーローとなった。大介の運命は、やはりミロの予言どおりだったのだ。仲間たちの絆もふたたび昔に戻ったかにみえた。が、ガイと黒岩は大介の不安定さを危ぶんでいた。一方、マリマリとルウは大介の誕生日祝いを企画するのだが…。

リヴィジョンズが操る化け物・シビリアンも人間だった。知らぬ間に人を殺していたことにS．D．S．の仲間たちは動揺する。そんなおり、捕らわれていた大介の叔父・幹夫が生還した。叔父から情報を得た大介は、親友の慶作とともに、彼の母を救うため勝手に捜索に出るが――

謎の敵“ゲシュペンスト”との戦闘でパペットを大破させた大介は、住民を巻き込んだ罪を問われることに。一方リヴィジョンズは、渋谷転送を確定させる計画を着々と進めていた。このままでは元の時代へ戻れなくなる。S．D．S．は、みんなの未来を守れるのか…？

起死回生の特攻作戦“オペレーション・ネフィリム”が決行された。S．D．S．はリヴィジョンズ拠点へ向かう。狙うは人工量子脳。それを破壊すれば、渋谷は元の時代へ戻れるはずだ。が、大介たちの侵入を受け、リヴィジョンズは残酷なもてなしで出迎える――

みんなを守る運命は敗北した。打ちのめされる大介。仲間の間にも険悪な空気が流れる。そんな中、渋谷民の一部が反乱を起こした。彼らはルウと泉海を人質に取り、パペットの引き渡しを求める。人間同士の争いの前に、無力さを噛み締める大介だったが――

リヴィジョンズが渋谷民の無差別捕獲を宣言。支柱を失った渋谷は、悲しみにくれる暇もなく対処を迫られる。だがパペットの動力は残り少ない。しかも、ミロの2010年への時間跳躍が迫っていた。追い詰められた渋谷を、S．D．S．は守れるのか…？

ミロは行ってしまった。パペットも動かなくなった。渋谷には、もはや希望は残されていないのか。だが大介は、諦めてはいなかった。渋谷民たちも抗っていた。ばらばらだった人々の心がひとつになってゆく。彼らは力を合わせ、最後の決戦に挑む――！

驚愕の再会を果たした“友”を追い、時空のゲートへ飛び込んだ大介。そこは2010年。彼に運命の予言がもたらされた、あの誘拐事件の夜だった。今、入り組んだ過去と現在が解きほぐされ、真相が明かされる。確定していない過去。その先に、未来はあるのか――？