突然出現在的神祕飛翔體「災」，壓倒了人類的航空戰力。為了與之對抗而開發的，便是對現有機體進行改造，被稱為「子體」的兵器。負責操控的則是名為「阿尼瑪」的操縱機構。

它──竟擁有少女的外表。與鳴谷慧相遇的是閃耀鮮紅光輝的戰鬥機，以及駕駛它的阿尼瑪·格里芬。作為人類王牌的少女，還有一心嚮往天空的少年，兩人的故事就此展開。

突如出現した謎の飛翔体、ザイ。それは、人類の航空戦力を圧倒した。彼らに対抗すべく開発されたのが、既存の機体に改造を施したドーターと呼ばれる武器。操るのは、アニマという操縦機構。それは――少女の姿をしていた。鳴谷慧が出会ったのは真紅に輝く戦闘機、そしてそれを駆るアニマ、グリペンだった。人類の切り札の少女と、空に焦がれる少年の物語が始まる。