Gracefield 農莊是一群沒有父母的孩子的居所。儘管沒有血緣關係，但和媽媽還有38位兄弟姐妹一起度過的每一天都充滿了幸福。11歲的艾瑪，諾曼和雷是孤兒院中最年長的孩子，他們三個人都非常優秀，每天早上的考試都能夠考取滿分。某天晚上，被人收養的柯妮將要離開孤兒院，孩子們紛紛為她送別，但是諾曼和艾瑪發現她忘帶了東西，於是便前往了被禁止靠近的大門那邊。在那裡，他們倆親眼目睹了令人震撼的真相……

被精心撫養的孩子們原來是提供給鬼享用的食物。他們最喜歡的孤兒院是一座農場。那位溫柔的媽媽是他們的敵人。艾瑪和諾曼得知了孤兒院中所隱藏的真相，並開始計畫越獄。但是，伊莎貝拉似乎發現了柯妮出貨的那天晚上，有兩個孩子來到了門附近……

新的大人，修女・克洛涅出現了，House 中監視的人增多了。雷也加入了，3人摸索著越獄的方法。艾瑪確定了自己身體裡所埋的發信器的位置。為了進行全體人員的越獄訓練，開始全力的「捉迷藏」。不過，克洛涅作為鬼角色參加了捉迷藏。

孩子們當中有內奸存在。為了弄清楚是誰，艾瑪等人開始留意孩子們的動向。為了確定內奸者，諾曼開始偷偷行動。另一方面，考慮到外出之後的事情，決定向冬和吉爾達說明情況。過於殘酷的真實。雖然無法將這一切如實說出來，但也依然成功地引入了兩位新的協助者，並且越獄計畫也在進行中。

諾曼發現了內奸是雷，向雷提議成為雙重間諜。雷表示因為了越獄做準備而自願成為了內奸，提出騙艾瑪並放棄全體人員越獄作為合作的條件。第二天，艾瑪得知雷是內奸後，依然決定全體越獄。艾瑪告訴了大夥關於伊莎貝拉的隱藏房間的事，冬和吉爾達未告知艾瑪等人、偷偷侵入了那個房間。

威廉·密涅瓦送往孤兒院的書籍上用摩斯電碼隱藏著對孩子們的信息，艾瑪等人認為房子外面可能有夥伴。而另一方面，成功侵入伊莎貝拉隱藏房間的冬和吉爾達，注意到了艾瑪等人的謊言。面對說出了真相的艾瑪等人，冬憤怒了，但是只能哀嘆於自己的弱小，艾瑪也打算重新相信兄弟們。但是第二天，看到了五個人的對話的克洛涅提議一起合作？

為了奪取伊莎貝拉的媽媽的寶座，艾瑪們從克洛涅那裡聽到了關於 House 管理系統的事情，並決定和她聯手。當晚，艾瑪和諾曼為了收集情報來到了克洛涅的房間，但是卻反被克洛涅瞭解到、艾瑪等人已經知道了發信器的地方和壞掉的方法。為了向本部控告孩子們的越獄計畫，克洛涅開始尋找破壞發信器的工具。而此時，伊莎貝拉卻向克洛涅發佈了來自本部的通知。

為了阻止諾曼的出貨，艾瑪和雷建議諾曼裝作逃跑的樣子、隱藏在 House 內。諾曼卻因為擔心自己的逃跑會致使艾瑪等人越獄失敗而拒絕了，但面對兩人的拚命勸說，諾曼還是接受了這一提議。到了第二天出貨當天，本應該為了逃跑而奔向圍牆的諾曼，卻與計畫相反，傍晚回到了孤兒院。歸來的諾曼說出了牆外的真相，艾瑪和雷聽聞後非常震驚。

諾曼從圍牆上看到的景象使得整個農場的結構明朗了。但諾曼已經做好了出貨的覺悟，並不打算逃跑。儘管艾瑪和雷拚命挽留，但是諾曼依然將紙杯提線電話裝進行李箱出發了。艾瑪和雷因為失去了諾曼而絕望，看起來他們終於放棄了越獄計畫？

一邊假裝死心，一邊推進越獄的準備的艾瑪和蕾。雷提出在出貨前夜，用準備的道具引起火災，逃出那個間隙的事,不過，那個是連在火中留下雷自己的事也編入了的計劃。但是在最後阻止了雷的艾瑪，說出了預期雷的行動的諾曼的信的事，並且與住宅的孩子們推進了的準備的事。艾瑪他們逃出伊莎貝拉，背對著被火焰包圍的房子。越獄能成功嗎 ——？

艾瑪答應一定會來接她，決定留下4歲以下的孩子們。並且5歲以上的孩子們發揮訓練的成果，陸陸續續渡過懸崖。另一方面，伊莎貝拉向總部通報，想要阻止越獄，但是看到懸崖對面的艾瑪們，終於放棄了追趕。伊莎貝拉是曾經在家長大的孩子，靜靜地目送著遠去的孩子們的背影 ——。越獄成功渡過懸崖的艾瑪們在對岸的森林中奔跑。懷著獲得自由的喜悅和決心今後要活下去的艾瑪穿過森林，在那裡閃耀著為他們祝福的朝陽。