그레이스 필드 하우스는 고아원이다. 그와 동시에 그곳은 엄마와 서른 여덟 명의 아이들이 소소한 행복을 느끼며 살아가는 집이었다. 11살인 엠마와 노먼, 레이는 하우스에서도 언니 오빠들인데다 매일 치러지는 시험에서도 항상 만점을 받는 우수한 아이들이었다. 그리고 입양이 결정된 코니를 배웅하던 밤, 코니가 놓고 간 물건을 전해주러 서둘러 뛰어간 엠마와 노먼은 보아서는 안될 것을 보고 마는데.

괴물의 식량으로 길러지는 아이들, 하우스는 농원, 다정한 엄마는 적. 하우스의 숨겨진 비밀을 알게 된 엠마와 노먼은 탈출을 계획한다. 하지만 이자벨라는 두 아이가 문에 왔었다는 사실을 눈치챈 모양이었는데.

새로운 어른, 시스터 크로네의 등장으로 감시자가 늘어나버린 하우스. 하지만 엠마와 노먼의 탈출 작전에 레이도 가담하면서, 발신기가 자신들의 몸 어디에 있는지 확인에 나섰다. 한편, 모두 다 함께 탈출할 날을 대비해 술래잡기를 가장한 훈련을 하던 아이들의 앞에 크로네가 술래를 자처하며 나섰는데.

아이들 중 스파이가 있다. 그게 누구인지 알아내기 위해 가족들의 움직임을 살펴보는 엠마와, 함정을 파놓는 노먼. 그런 와중에 세 사람은 원활하게 탈출하기 위해 돈과 길다에게도 하우스의 진실을 고하기로 하는데.

스파이의 정체가 레이인 것을 알아낸 노먼은 동요 없이 레이에게 이중 스파이가 되라는 제안을 한다. 이에 레이는 탈출하기 위해 스스로 스파이가 되었다는 사실을 밝힌다. 그리고 노먼의 스파이가 되는 대신 다 함께 탈출하는 것은 포기하고, 이를 엠마에게는 숨기라는 조건을 내거는데.

윌리엄 미네르바라는 사람의 책에서 모스 부호를 발견해낸 엠마와 노먼, 레이. 이에 아이들은 하우스 밖에 자신들의 편이 있을 거라는 추측을 하게 된다. 한편, 이자벨라의 비밀의 방에 들어가는 것에 성공한 길다와 돈. 하지만 그곳에서 코니와 관련된 엠마와 노먼의 거짓말을 알아버리고 마는데.

이자벨라를 엄마 자리에서 쫓아내고 그 지위를 차지하려는 자신의 목적과 함께 하우스의 관리 시스템에 대해 아이들에게 알려주며 협력을 제안한 시스터 크로네. 아이들은 더 많은 정보를 얻기 위해 그날 밤, 크로네의 방에 찾아가는데.

이자벨라의 배웅을 받으며 그랜마를 만나게 된 시스터 크로네. 위기에 내몰린 크로네는 이자벨라의 실수와 부정들을 그랜마에게 말한다. 하지만 그랜마는 이자벨라의 그 모든 것을 용인하며 되려 크로네를 나무라는데.

노먼의 출하가 결정되었다. 출하되기 전에 노먼을 먼저 탈출시키려는 엠마와 레이. 자신이 도망치면 둘이 더 위험해질 거라며 거절하는 노먼이지만 엠마와 레이는 열심히 설득에 나선다. 결국 노먼은 출하 날, 혼자 숲속을 달려갔고 로프를 이용해 담장에 올라서는 것에 성공하는데.

담장 위에 올라서서 벽 바깥의 풍경을 내다본 노먼. 농원의 구조를 파악한 노먼은 다시 하우스로 돌아와 출하될 각오를 한다. 레이와 엠마가 필사적으로 말렸지만, 그럼에도 실 전화기만 챙겨 가방을 싸는 노먼이었는데.

포기한 척하며 탈출 준비를 해온 엠마와 레이. 때는 레이의 출하 전날 밤, 하우스에 불을 지르고 도망칠 예정이었으나 사실 레이는 하우스와 함께 분신할 생각이었다. 그런 레이를 막아선 엠마는 노먼의 편지에 써있던 내용을 전달하는데.

하우스에 남게 될 4세 이하의 아이들에게 반드시 돌아오겠노라 맹세한 엠마. 그리고 5세 이상 아이들은 전부 벽으로 향했다. 한편 이자벨라는 본부에 연락해 탈주 경보를 울린다. 유일한 탈출로인 다리 주변의 경비가 강화되었지만 아이들의 모습은 좀처럼 나타나지 않았는데.

하우스 탈옥에 성공하고 노먼이 남긴 펜이 가리키는 목적지로 향하는 엠마 일행. 하지만, 도중 거대한 괴물과 조우한다. 레이는 괴물을 유인해서 함정에 빠뜨리기 위해 엠마 일행과 떨어지지만 더 큰 궁지에 몰리게 된다. 한편, 괴물에게서 도망친 엠마 일행이었지만 치료했던 엠마의 상처가 터지면서 엠마는 출혈과 고열로 의식을 잃는다. 일행을 위기에서 구해준 전신을 두건과 망토로 가린 인간으로 추정되는 소녀와 덩치 큰 남자였는데.

엠마 일행을 구해준 것은 괴물이었다. 그들의 이름은 '무지카'와 '송 쥐'. 둘은 신앙 때문에 인간을 먹지 않는다고 말한다. 엠마와 레이는 다른 아이들이 잠들어있는 동안 송 쥬르 찾아가서 30년 전 인간들에게 무슨 일이 일어났는지, 이 세계는 지금 어떤 상황인지를 묻는다. 그리고 송 쥐는 이 세계에 대한 것, 그리고 '옛날이야기'라고 부르는 괴물과 인간의 세계에서 맺어진 어떤 '약속'에 대해서 이야기하기 시작한다. 그리고, 이 세계의 진실을 알게 된 엠마와 레이는 '괴물의 세계'에서 탈출하기로 결심하는데.

이 세계에서 살아가는 법을 가르쳐주고 펜이 가리키는 목적지까지 길 안내를 해준 무지카, 송쥬와 헤어진 엠마 일행은 윌리엄 미네르바가 있을 것으로 예상되는 'B06-32'를 목표로 황야를 나아간다. 목적지인 'B06-32'에 도착하지만 그곳은 아무것도 없는 황야였다. 하지만 펜에 새로운 패스워드를 입력하자 지도가 표시되면서 지하 셸터로 이어지는 입구가 나타난다. 셸터 안에는 충분한 설비가 있었고 아이들은 오랜만에 휴식을 취하지만 생활하던 중 몇 가지 불가사의한 일을 겪게 되는데.

갑자기 울려 퍼지는 전화벨 소리. 엠마는 두려워하면서 수화기를 든다. 그것은 윌리엄 미네르바로부터의 연락이었다. 하지만, 그 음성은 녹음된 것이었고 일행은 미네르바가 말해준 사실을 곱씹는다. 아이들은 인간 세계로 가기 위해 미네르바가 준비한 셸터에서 생활기반을 다진 뒤 하우스로 돌아가 필과 동생들을 구출할 계획을 세운다. 한편, 농원 본부의 지하실에는 감금된 이자벨라가 있었다. 탈주자들을 모두 데리고 돌아오는 것을 조건으로 농원에서 해방해 주겠다는 제안을 들은 그녀는 결의에 찬 얼굴로 '반드시 데리고 오겠습니다'라고 답하는데.

셸터를 습격한 추적자들로부터 도망친 엠마 일행은 괴물들의 마을에서 조금 떨어진 폐허가 된 신전을 거점으로 삼는다. 하지만 셸터와 하우스에 있었을 때와 달리 식량을 구하기가 힘들어서 살아남는 게 고작인 상태였다. 엠마는 잠든 아이들의 얼굴을 보면서 이 상태를 벗어나야 한다고 생각하지만 마땅한 방법이 생각나지 않아 자책하게 된다. 그러던 중 엠마 일행과 함께 식량을 조달하러 갔던 토마와 라니온이 돌아오던 길에 괴물의 마을에서 인간임을 들키게 되는데.

우연한 계기로 비밀을 알게 된 뒤 그레이스 필드 하우스를 탈출하고 1년이 흐른 지금까지의 이야기를 엠마, 노먼, 레이의 내레이션을 통해 돌아보는 특별편.

엠마와 레이의 눈앞에 출하당했던 노먼이 있었다. 이제 다시 만나지 못할 줄 알았기에 눈물을 흘리며 노먼을 끌어안는 엠마와 레이. 거점인 신전으로 돌아와서 다른 아이들과도 재회하는 노먼. 그 후 노먼은 출하된 날부터 지금까지 어떤 일을 겪었는지 이야기한다. 자신이 보내진 '람다 7214'에 대한 것과 그곳에서 알게 된 '어째서 괴물은 인간을 먹을 필요가 있는가' 그 진실에 대해서. 그리고 엠마가 바란 '식용아들이 웃으며 살 수 있는 미래'를 만들기 위해 노먼은 괴물을 몰살시키고 '괴물의 세계에서 식용아들이 안전하게 살 수 있는 세계를 만든다' 라고 아이들에게 말한다. 노먼의 작전을 듣고 기뻐하는 아이들 속에서 엠마만이 내키지 않는 표정을 짓고 있었는데.

노먼에게서 '사혈의 소녀'인 무지카에 대한 이야기를 들은 엠마와 레이. 무지카가 가진 힘에 놀라워하면서 엠마는 그 힘에 희망을 품는다. 하지만 노먼은 그 힘을 자신의 작전에 있어서 위험요소라고 판단하여 무지카와 송쥬를 죽이겠다고 말한다. 엠마는 '괴물들을 몰살시키고 싶지 않아'라고 노먼에게 말하지만 노먼도 물러서지 않고 담담히 엠마를 설득한다. 완전히 대립하게 된 두 사람이었지만 엠마는 노먼에게 어떤 거래를 제안하는데.

발작을 하면 피를 토하는 노먼. 노먼이 람다에서 실험당하지 않았다고 말한 것은 거짓말이었다. 노먼은 자신에게 남아있는 시간 동안 살아서 엠마와 재회하고 엠마와 동생들이 안심하고 살 수 있는 세계를 만들기를 바라며 싸우고 있었다. 한편, 엠마, 레이, 돈, 길다는 무지카, 송쥬와 재회하고 둘에게 도움을 요청하지만 갑자기 마을 쪽에서 폭발음이 들려온다. 노먼의 작전이 시작됐다는 것을 알게 된 엠마 일행은 서둘러서 괴물의 마을로 향하는데.

엠마 일행이 돌아오는 것을 기다리지 않고 작전을 실행한 노먼. 비루크와 그의 손녀를 죽기를 주저하고 있을 때, 노먼의 앞에 엠마와 레이가 송쥬를 데리고 나타난다. 노먼은 '작전은 이미 실행됐어, 이미 늦었어'라고 엠마 일행에게 말한다. 엠마는, 지금부터라도 괴물의 멸종을 막자고 노먼을 설득하지만 노먼은 엠마의 말을 듣지 않는다. 그런 노먼에게 엠마는 노먼의 본심을 들여다본 것처럼 말한다. 한편, 농원 본부에서는 아이들이 셸터의 무전기를 사용해서 농원의 정시 연락을 도청하고 있다는 것을 눈치챈다. 이에 이자벨라는 엠마 일행을 유인하기 위해 그레이스 필드 하우스의 식용아 전원을 출하하겠다는 정보를 흘리는데.

기구를 사용해 상공에서 농원에 침입하려는 작전을 농원 측에 흘리는 빈센트. 그 보고를 받은 피터도 경비 태세를 변경하고 탈주자들의 침입에 대비한다. 하지만 빈센트의 배신도 엠마 일행의 작전 중 하나였고 기구를 양동으로 써서 농원 침입 작전을 개시한다. 한편, 하우스에서는 식용아들의 출하 작업이 진행되어서 필은 이미 문에 도착해있었다. 그곳에 제미마가 나타나 필에게 엠마의 말을 전한다. 엠마는 하우스의 아이들과 신호를 보내 아이들을 시스터들과 떨어뜨려놓는데 성공한다. 아이들과 합류해서 인간 세계로 가는 엘리베이터에 탔지만 그랜마가 된 이자벨라가 이끄는 무장한 다수의 시스터와 피터에게 저지당하는데.

피터 러트리는 러트리 가문의 당주였던 형 제임스를 어렸을 적부터 존경했다. 하지만 약속을 지키는 것이 일족의 사명이라 믿었던 피터는 제임스가 스스로를 '윌리엄 미네르바'라고 칭하며 식용아를 구하기 위해 그들을 지원하는 것을 이해하지 못했고 형을 희생시켜서라도 세계의 질서를 유지하는 길을 선택한다. 자신의 운명에 대해서 말한 피터는 '자유로워지자'라고 말하며 그에게 손을 내민 엠마를 향해 온화한 표정을 지으며 스스로 목숨을 끊었다. 그리고 드디어 인간 세계로 이어지는 문에 도착한 일행은 미네르바의 펜을 사용해서 문을 열고 앞으로 나아간다. 하지만 엠마, 노먼, 레이, 시슬로, 바바라는 괴물의 세계에 남아 다른 식용아들을 구출하기로 하는데.