Una nueva amenaza se cierne sobre el mundo con el despertar del espíritu tortuga y sus efectos pueden ser igual de destructivos o más que las Olas.

Naofumi y los suyos lideran un ataque al espíritu tortuga con la ayuda de Ost, pero la enorme criatura demuestra ser un enemigo incluso más duro de lo que imaginaban.

Naofumi y su grupo, junto con Ost, suben al espíritu tortuga buscando la forma de detenerlo, pero la conclusión es clara: han de entrar en su cuerpo.

El grupo de Naofumi se encuentra con unos viejos conocidos, concretamente con Arc, Therese y Glass. ¿Qué buscan en su mundo estos héroes de otro mundo? ¿Qué interés tienen en el espíritu tortuga? Pronto descubrirán algo más sobre quién es el responsable de lo que está sucediendo.

El interior del espíritu tortuga se convierte en un campo de batalla y parece que acabar con él no va a ser tan sencillo, pero ahora que el grupo de Naofumi ha descubierto la verdad sobre Ost...

Naofumi y su grupo han acabado al otro lado del portal y parece un mundo diferente. Allí encuentran a alguien encerrado que parece conocer a L'Arc y compañía.

Naofumi y los suyos intentan sobrevivir como pueden en el nuevo mundo en el que están a la vez que intentan descubrir cómo regresar y encontrar a Filo.

Kyo ha separado a Raphtalia de Naofumi, para desesperación de este. Tendrán que arreglárselas con los aliados de Kizuna para intentar encontrar a su compañera perdida antes de que sea demasiado tarde.

Raphtalia, separada de Naofumi y el resto, es presa de Kyo, pero se encuentra con L'Arc, Glass y Therese, con quienes huirá. En su camino se encontrarán con Kazuki, quien va a heredar la katana vasalla.

Ahora que Raphtalia ha heredado la katana vasalla van con L'Arc a su castillo donde planifican el siguiente paso.

Naofumi está frente a Kyo y ambos se disponen a luchar por sus convicciones y deseos, pero mientras tanto, la Ola llega con fuerza y Kizuna y el resto intentan detenerla.

Tras los últimos acontecimientos, el grupo recuerda lo vivido y regresa a su mundo.