Una nueva amenaza se cierne sobre el mundo con el despertar del espíritu tortuga y sus efectos pueden ser igual de destructivos o más que las Olas

Naofumi se lanza al ataque con sus compañeras y la ayuda de Ost, pero el enemigo es extremadamente poderoso. ¿Quién controla al espíritu tortuga?

La Tortuga Espiritual comienza su marcha una vez más, apareciendo en la frontera del reino que lleva su nombre. Naofumi se ofrece como voluntario para atraer a sus familiares mientras el ejército intenta llevarlo a las montañas. El familiar de la Tortuga Espiritual, Ost, lucha junto a los humanos...

Naofumi y su grupo, junto con Ost, suben al espíritu tortuga buscando la forma de detenerlo, pero la conclusión es clara: han de entrar en su cuerpo.

El grupo de Naofumi se encuentra con unos viejos conocidos, concretamente con Arc, Therese y Glass. ¿Qué buscan en su mundo estos héroes de otro mundo? ¿Qué interés tienen en el espíritu tortuga? Pronto descubrirán algo más sobre quién es el responsable de lo que está sucediendo.

El interior del espíritu tortuga se convierte en un campo de batalla y parece que acabar con él no va a ser tan sencillo, pero ahora que el grupo de Naofumi ha descubierto la verdad sobre Ost...

Naofumi y su grupo han acabado al otro lado del portal y parece un mundo diferente. Allí encuentran a alguien encerrado que parece conocer a L'Arc y compañía.

Naofumi, Kizuna, Raphtalia y Liscia regresan finalmente al mundo al que fueron transportados. Naofumi quiere continuar la búsqueda de Filo, pero primero el grupo tiene que equiparse y ponerse a salvo.

Naofumi, Liscia y Kizuna han sido teletransportados, dejando a Raphtalia en manos del enemigo contra su voluntad. El héroe con el escudo ahora no quiere perder ni un minuto para encontrar a sus compañeros.

Raphtalia está recluida en prisión, en Rayble. Allí encuentra a Lark, Glass y Tellis, también encerrados. Los antiguos enemigos tendrán que cooperar si esperan escapar de este lugar maldito.

El grupo se une a Lark, Tellis y Glass, que por fin se reúnen con Kizuna tras años de separación. La siguiente ola se acerca, pero los héroes de cada mundo aún deben enfrentarse a Kyo.

Una Ola ocurre mucho antes de lo previsto y todo indica que Kyo es el responsable. Ahora, Naofumi y sus compañeros deben acudir al Héroe del Libro, mientras Kizuna y los demás héroes de este mundo luchan por salvar su hogar.