図書館で『四聖武器書』という本を読んでいたところ、突如として異世界へ召喚された大学生・岩谷尚文。伝説の勇者の一人「盾の勇者」として世界を救うことになるが、ある朝、金と装備が盗まれてしまう。

奴隷商に案内され、自らの剣となるパートナーを探す尚文。だが、手持ちの少ない尚文が買えるのは、病を患った亜人の少女のみだった。尚文はラフタリアと名乗る生気のない少女に、過酷な戦いを強いる

様々なスキルと技能を習得し、ラフタリアとの連携も抜群によくなった尚文。迫りくる波に対抗して武器と防具を新調し、波の刻限を示すという龍刻の砂時計へ向かう。すると、そこへ元康たちがやってきて……。

波が去ったのも束の間、メルロマルク城での祝宴のさなか尚文は元康から決闘を挑まれてしまう。奴隷を使役するのは勇者にあるまじき行為であり、即刻、ラフタリアを解放せよというのが元康の言い分なのだが……。

オルトクレイからなけなしの報酬を渡された尚文は、ラフタリアの要望で再び奴隷紋を入れ直した。数日後、奴隷商から購入した魔物の卵くじも孵化。新たな仲間を加えるが、滞在中のリユート村にマインが現れ……。

謎の少女の正体はフィーロだった。フィーロは変身能力を持つフィロリアル・クイーンであり、人間の姿にもなれるという。しかし、変身のたびに服が破けるため魔法の服が必要に。尚文は素材を求め、新たな冒険に出発する。

除草剤を必要としている村があると聞き、行商に向かう尚文たち。村は魔物化した植物に飲み込まれ、住民は避難を余儀なくされていた。人間にも寄生するこの植物、どうやら原因を作ったのは元康のようで……。

疫病に苦しむ東方の村の話を聞き、薬を届けに行く尚文たち。疫病の原因は、1ヶ月前に退治されたドラゴンの死骸が適切に処理されぬまま腐敗してしまったためだった。死骸処理の依頼を受け、尚文たちは山を目指す。

東方の村で、尚文はメルティと名乗る少女に出会う。フィーロとすぐに打ち解けた彼女は、一緒に王都に行きたいという。どうやら護衛とはぐれてしまったらしい。しぶしぶ同行させるのだが、王都で待っていたのは……!?

メルティを拒絶した尚文は、粛々と次の「波」に備える。協力したいという少年兵を条件付きで受け入れ、加えてレベルアップしたラフタリアをクラスアップさせようとするが……そこに王の嫌がらせが待ち受けていた。

辺境の村で新たな「波」を迎え撃つ尚文。志願兵の協力もあって村人の安全は確保したが、「波」はいつまで経っても収まる気配がない。尚文がほかの勇者の援護に向かうと、そこには巨大な幽霊船が浮かんでいて……。

ソウルイーターを一撃で仕留めた謎の少女、グラス。「真の波の戦い」を始めると告げ、最初に攻撃を仕掛けた錬、元康、樹を圧倒する。尚文たちの連携技も通用せず、満身創痍の中、尚文は再び憤怒の盾を使おうとする……。

メルティへの攻撃を防ぎ、騎士団を追い返した尚文。しかし、メルティ誘拐と騎士殺害の濡れ衣を着せられ、逃避行を余儀なくされる。各地に厳戒態勢が敷かれる中、尚文たちに追い打ちを掛けるような事態が発生する。

山火事を起こすというマインの暴挙により、麓の村まで逃げてきた尚文。しかし、騎士団の包囲網を突破するのは簡単ではない。メルティは知己の貴族を頼ろうとするが、ラフタリアにとってここは因縁の地域で……。

イドルを追い詰めるラフタリア。その瞳には復讐の炎が灯り、殺意を帯びた切っ先がイドルののど元に突きつけられる。尚文の言葉で一度は怒りを飲み込むが、イドルが再びラフタリアに襲いかかろうしたそのとき……。

四聖勇者が和解しなければ皆殺しにするというフィトリア。さらにメルティを人質にするという強硬手段に出るが、それでも尚文は和解を拒絶。その想いを汲み取ったフィトリアは、代わりにフィーロとの一騎打ちを提案する。

勇者たちと話し合うため、尚文は正面から関所を抜けようとする。しかし、そこには一番話の通じなそうな元康が待ち構えていた。問答無用で襲いかかってくる元康。かつてないほどの殺意が意味するものとは……。

教皇が有するのは四聖武器の力を備えた究極の武器。その刀身から放たれる「裁き」と強大な魔力障壁を前に、尚文たちは為す術がなかった。窮地に陥る中、偽勇者として裁かれる側となった元康が驚きの行動に出る。

教皇の「大聖堂」に囚われながらも、攻撃の手を休めない尚文たち。しかし、神聖な領域において呪いの盾は無効化され、あと一撃が届かない。尚文は新たに解放された呪いの盾を使おうとするが、竜の怒りに心を蝕まれて……。

ミレリアのおかげで一命を取り留めた尚文は、彼女から勇者召喚の真実と盾の勇者が迫害される理由を聞かされる。そして、尚文の冤罪を晴らすというミレリアによって、オルトクレイとマインの弾劾裁判がはじまる。

紆余曲折ありながらもクラスアップを果たした尚文たち。三勇者とともに祝賀会という名の会談に参加し、いわゆる「ボーナスステージ」の存在を知る。一方その頃、ラフタリアは祝賀会場で揉め事を起こしていた。

カルミラ島に向かう船の中で再びラルクに遭遇し、尚文はペースを崩されながらも、気さくな彼と徐々に打ち解けていった。経験値稼ぎに、賑やかな食事。この世界にきて初めてと言えるくらい充実した時間が流れていく。

海上で波を迎え撃つため、メルロマルクは大艦隊を編成する。女王自ら指揮を執るが、三勇者は相変わらず役に立たず、尚文たちが孤軍奮闘するばかり。尚文はラルクとテリスの協力を得て波に対抗するのだが……。

グラスは異世界の勇者を名乗るラルクの仲間だった。尚文は強烈な連携攻撃を耐え凌ぎ、一騎打ちでグラスに肉薄するのだが……。本当にこの世界を守りたいのか、尚文はグラスとの戦いの中で己の覚悟を問われる。