Naofumi Iwatani, étudiant et otaku, est envoyé sans prévenir dans un autre monde en tant que héros au bouclier. Il y rencontrera trois autres héros, ayant chacun leur arme et qui auront pour objectif commun de contrer les vagues de calamités.

Dans sa galère, Naofumi n’a plus guère le choix et doit se trouver un camarade en achetant un esclave. Il choisira alors une jeune semi-humaine, Raphtalia, malade et traumatisée par son passé. Le jeune héros la prendra sous son aile.

Plusieurs jours ont passé, et Raphtalia a déjà l’apparence d’une jeune femme. Naofumi souhaite changer leurs équipements, car la prochaine vague de calamités approche à grands pas, et ce sera la première pour le héros au bouclier.

Les héros sont invités à un banquet pour fêter leur victoire à la vague de calamités. Motoyasu apprend que Raphtalia est l’esclave de Naofumi. Il décide alors de provoquer en duel le héros au bouclier.

Assez peu récompensés à la cour, Naofumi et Raphtalia retrouvent le marchand d’esclaves. Le héros au bouclier se prendra au jeu de la loterie et repartira avec un œuf dans lequel peut se trouver un dragon… ou un filorial.

Naofumi cache sa joie d’avoir un nouveau membre dans l’équipe : Le héros au bouclier profitera de son aventure pour se spécialiser dans le commerce. Filo est très surprenant...

Naofumi, Raphtalia et Filo se rendent dans un village ravagé par une mystérieuse plante. Celle-ci avait pour but, à la base, de sauver les villageois de la famine. Très vite, Naofumi prendra la situation en main.

Le trio arrive dans un village où une épidémie fait des ravages. En effet, les villageois souffrent depuis que le héros à l’épée a tué le dragon des alentours. Comme toujours, Naofumi flairera la bonne affaire.

Naofumi décide de partir pour la capitale afin de soigner Raphtalia de la malédiction qui la ronge. Sur leur chemin, ils rencontreront Melty, une jeune fille d’apparence noble, perdue et fan de filoriaux.

Au grand dam de Filo, Naofumi ne veut plus entendre parler de Melty. Des soldats souhaitent rejoindre le héros au bouclier dans sa quête, mais le jeune homme, lassé d’être trahi, ne donnera pas si facilement son accord.

Le groupe de Naofumi s’agrandit. Pas de temps à perdre, la nouvelle vague de calamités est imminente et risque d’être bien plus compliquée que la précédente, surtout que les autres héros n’en feront qu’à leur tête.

Les héros, et notamment Naofumi, ont à peine vaincu le dévoreur d’âmes de la vague qu’ils font la rencontre de Glass. Cette femme obscure se présente comme leur ennemie et va faire preuve d’une puissance hors-norme.

Melty échappe de peu à une tentative d’assassinat, coup monté pour faire porter le chapeau au héros au bouclier. Naofumi récupère donc la princesse en second et n’a d’autre choix que de quitter Melromarc.

Pour débusquer le groupe du héros au bouclier, Myne provoque un immense feu de forêt. Naofumi et ses camarades continueront leur cavale et arriveront sur les terres d’un seigneur que Melty connaît bien et apprécie.

Raphtalia a retrouvé le seigneur qui l’avait réduite en esclave, tout comme ses camarades. Poussée par la douleur, elle se souviendra comment sa vie a été chamboulée suite à la première vague, et comment elle a perdu son amie Liphana.

Dans sa chute, le seigneur Idle a invoqué un monstre ancestral qui ravage déjà la ville. Naofumi et Melty se rendent compte que l’immense dragon est attiré par Filo et élaborent un plan pour essayer de s’en débarrasser.

Fitoria n’a qu’un leitmotiv : éliminer les quatre saints ancestraux si Naofumi refuse de se réconcilier avec les trois autres. Pour appliquer ses menaces, la reine des filoriaux s’en prend dès lors à Melty…

Naofumi et les filles arrivent à la frontière. Prêt à enfin s’expliquer avec ses consorts, comme le souhaite Fitoria, le héros au bouclier tombera en premier sur Motoyasu et sa bande, ce qui ne l’enchantera que très guère.

Les groupes de Naofumi et Motoyasu sont pris dans le piège du Pape et ses fidèles. L’Église ne veut faire qu’une bouchée des deux héros restants et usera de son arme secrète, parfaite réplique de celles des quatre héros.

Piégés dans la Cathédrale, le sort le plus puissant du Pape, les quatre héros et leurs camarades seront vite à court d’idées. Naofumi ne voit qu’une solution : le bouclier du courroux. Toutefois, il en connaît aussi les conséquences…

Suite à son attaque contre le Pape, Naofumi est mal-en-point. La reine lui propose alors de la rejoindre au château, dans le seul et unique but de laver l’honneur du héros au bouclier et d’étaler la vérité au grand jour.

Fort de sa nouvelle notoriété, Naofumi en profite pour faire monter de classe Raphtalia et Filo. La reine de Melromarc attend maintenant de pied ferme le héros au bouclier pour lui proposer une réunion avec les autres héros.

Sur le trajet en bateau pour les îles Carmila, Naofumi et les filles font la rencontre de Lark et Tellis, des aventuriers particulièrement puissants. Sur place, tous n’auront qu’un objectif : augmenter leurs niveaux.

Après avoir découvert un sablier du dragon dans un temple sous-marin non loin des îles Carmila, Naofumi se dépêche de prévenir qui de droit : la prochaine vague de calamités est pour dans deux jours seulement.

Lark, Tellis et Glass sont en fait des héros venant d’un autre monde, et par conséquent, les ennemis des quatre saints ancestraux. Naofumi et ses camarades vont devoir les affronter s’ils veulent sauver les leurs.

Naofumi est aujourd’hui le seigneur du village de Raphtalia. Petit à petit, le héros au bouclier parvient à se faire un nom. Et si les vagues sont attendues par les héros invoqués, un tout autre désastre s’apprête à frapper les terres où ils vivent.

Un conseil de guerre se réunit pour réfléchir à une stratégie pour arrêter Reiki, la tortue spirituelle. Une femme mystérieuse croisera le chemin de Naofumi et jouera très certainement un rôle clé dans ce conflit.

La tortue spirituelle se remet en marche. Les royaumes unifiés sont prêts à faire front commun face à cet immense ennemi. La présence du héros au bouclier viendra par ailleurs motiver les troupes.

Liscia raconte son histoire aux filles et pourquoi elle est tant attachée au héros à l’arc. Lors du dernier conseil de guerre, il a été décidé que Naofumi et son groupe se rendent directement sur le dos de la tortue spirituelle…

A l’intérieur de Reiki, Naofumi rencontre Lark, Tellis et Glass. Une trêve sera indispensable, les trois ennemis n’étant pas là pour s’en prendre au héros au bouclier. Tous n’auront qu’un objectif : trouver qui tire les ficelles de ce maléfice.

Kyo n’aura aucune pitié pour ses adversaires, quels qu’ils soient. Maintenant que tous savent finalement le rôle d’Aust par rapport à Reiki, la situation n’en deviendra que plus compliquée. Pourtant, dehors, la tortue spirituelle recommence à se déchaîner.

Naofumi, Liscia et Raphtalia se retrouvent propulsés dans une autre dimension. Tous de retour au niveau 1, ils explorent les environs à la recherche de Filo. Une rencontre inattendue viendra leur sauver la mise.

Naofumi, Kizuna, Raphtalia et Liscia retournent enfin dans le monde où ils ont été transportés. Naofumi souhaite continuer les recherches pour retrouver Filo, mais il faudra avant tout que le groupe s’équipe et se mette à l’abri.

Naofumi, Liscia et Kizuna ont été téléportés en laissant contre leur gré Raphtalia entre les mains de l’ennemi. Le héros au bouclier ne veut maintenant plus perdre une minute pour retrouver ses coéquipières.

Raphtalia est retenue dans la prison du déclin, en Rayble. Elle y retrouve Lark, Glass et Tellis, eux aussi enfermés. Les anciens ennemis vont devoir coopérer s’ils espèrent pouvoir sortir de ce lieu maudit.

Le groupe rejoint Lark, Tellis et Glass, qui retrouvent enfin Kizuna après des années de séparation. La prochaine vague approche, et pourtant, les héros de chaque monde doivent encore affronter Kyo.

Kyo a provoqué une vague de calamités plus tôt que celle prévue initialement. Naofumi doit rapidement rejoindre le laboratoire de l’ennemi s’il veut stopper sa folie. Hélas, Kyo ne se laissera pas faire si facilement.

De retour dans leur monde, Naofumi et ses camarades sont déjà en route pour de nouvelles aventures. Pendant leur voyage, ils se remémorent les moments passés avec Kizuna. Cette dernière raconte ses périples à Yomogi.

De retour dans leur monde après le succès de la mission concernant Reiki, Naofumi et ses camarades se préparent à l’arrivée du Phœnix. Toutefois, les trois autres saints ancestraux semblent avoir disparu, et les tensions règnent entre les pays.

Toujours dans l’anonymat, Naofumi et son équipe enchaînent les victoires dans le sombre Colisée, ce qui augmente leur cote de popularité. Le héros retrouve par ailleurs la mystérieuse Nadia, qui combat également dans l’enceinte secrète.

Naofumi suit le marchand d’esclaves dans ses galeries. Il y rencontrera Fohl, dont l’espèce est réputée. Le jeune semi-humain tentera le tout pour le tout pour que le héros au bouclier le choisisse avec sa sœur.

Si la vie reprend dans le village de Lurolona, la nouvelle indiquant la présence de Motoyasu en Melromarc force Naofumi à revoir ses priorités. Le héros à la lance tente tout pour retrouver ses camarades.

À peine se sont-ils débarrassés de Motoyasu que Naofumi, Raphtalia et Filo se font attaquer par des inconnus aux pouvoirs très puissants. La mystérieuse S’yne jouera un rôle clé et dévoilera son identité réelle.

Le héros à l’épée subit la déchéance de son statut de héros. Lui aussi malmené et manipulé par Myne, une malédiction viendra lui apporter des pouvoirs supplémentaires, mais pas à n’importe quel prix.

L’éveil du Phœnix approche petit à petit. Naofumi met tout en œuvre pour que tout soit prêt d’ici là. Toutefois, l’arrivée d’une alchimiste dans le village viendra quelque peu troubler son élan.

Gaelion est devenu incontrôlable depuis qu’il a ingéré l’éclat de pierre du Dragon Empereur. Un plan d’urgence doit être élaboré, mais malheureusement, Filo semble gravement impactée par la situation.

Mis en difficulté face au dragon démoniaque, Naofumi et ses camarades sont sauvés de justesse par Atla. L’équipe devra rapidement mettre une stratégie en place si elle souhaite arracher Filo des griffes de l’ennemi.

De retour au village, la vie reprend son cours. Filo et Melty partent gagner des niveaux. S’yne revient et apprend alors au groupe qu’un mystérieux archer fait parler de lui au Colisée.

C’est au tour d’Itsuki d’être manipulé par Myne. Le héros à l’arc est persuadé de combattre au nom de la justice. Son ancienne coéquipière, Liscia, tentera de le raisonner dans un affrontement acharné.

Les héros sont enfin réunis. Naofumi en profite pour travailler les veines du dragon avec l’ensemble du village. L’objectif est d’être prêt pour affronter le Phœnix quand il se réveillera.