在空崎市，存在着一支只由少女组成的神秘特工组织“月影”。为守护城市的和平，她们进行着各种机密作战，同时抵御邪恶犯罪组织“魍魉”对城市的入侵。机缘巧合下，平凡无奇的女高中生源桃被“月影”选中成为其中一员。她师从前辈成员半藏门雪，与同伴一同踏上对抗邪恶、守护城市的成长之路。

源モモは空崎市に住む女子高生。平凡な日々を過ごしていた彼女はとある事から私設情報機関「ツキカゲ」にスカウトされる。ツキカゲはどこの国にも属さず平和を影から守る正義のスパイ組織だった。若い女性にしか効かないが能力を上昇させる特製スパイスをはじめ数々の秘密道具、鍛え上げた心身を武器に彼女達は戦う。素人だったモモの面倒を見るのは高校の先輩でもある半蔵門雪。ツキカゲは師弟制度があり先輩が後輩を鍛えて技術を継承していくのだ。今、大都市である空崎には犯罪組織「モウリョウ」がその魔手を伸ばしていた。モモは自分を取り巻く家族や友人、商店街の人達を守るため、仲間たちと力をあわせて悪を討つ。