為瞭解開“拉帝安”的謎團，賽特展開了嶄新的冒險旅程。他的目標是魔法師騎士團之都.卡斯蘭馬林。賽特乘坐在阿魯瑪的飛行船上，與阿魯瑪及成為阿魯瑪助手的波斯曼、吉吉一起朝向希凡提爾大陸飛行。另一方面，異端審問官隊長.德拉古諾夫在多爾克將軍的命令下造訪了異端審問所的聖地。德拉古諾夫雖然已經做好接受處刑的覺悟，然而……

在與阿魯瑪道別後，賽特獨自降落至希凡提爾大陸。在那裡，他與為尋求大陸資源而來到這裡的商人男爵集團意外接觸。身為魔法師的賽特被他們視為敵人，並且在商人男爵們的猛烈攻勢下陷入了絕境。在古利姆的幫助下，賽特總算順利脫逃。不久後，賽特終於抵達了城市。看見魔法師與非魔法師們和平共存的模樣、以及眼前受到眾人仰慕讚揚的魔法騎士，賽特不禁大開了眼界。

賽特與梅莉及杜克再次重逢，然而梅莉的態度卻顯得十分冷淡，並且默默地從賽特眼前離去了。賽特為了尋找拉帝安的線索而來到城內，結果卻吃了閉門羹。正當賽特傷透腦筋時，眼前出現了一位自稱是米爾的怪異老人。米爾帶著賽特來到了魔法師騎士團的廄舍。在廄舍內，賽特遇見了正準備出擊殲滅涅梅西斯的魔法騎士志願者少女奧可霍。被奧可霍誤認為新人的賽特就這樣被帶往戰場……

賽特想要保護被戰鬥破壞得一團糟的田地中的作物。對賽特感到敬佩不已的奧可霍和他合作使出了防禦魔法，然而之後奧可霍卻因為違反命令而遭受指責。不過，女王布蒂卡對奧可霍像傳説中的魔法師馬林般保護大地的行動讚賞有加。根據農民們的説法，自從史佩克托爾.涅梅西斯出現之後，就開始有垂著腦袋的妖精.杜拉罕在夜晚出沒……

梅莉冷漠地拒絕了造訪旅館登門道歉的賽特。賽特不希望自己無法控制的力量傷害到自己的夥伴因而選擇獨自踏上了旅程；而梅莉則是希望能以夥伴的身份獲得賽特的信賴，兩人的想法恰恰相反。之後，奧可霍拜託無處可去的賽特協助她一起鍛鍊。做為交換條件，奧可霍表示願意幫她在城堡內調查拉帝安的情報。賽特雖然對於結交夥伴感到猶豫，不過……

由於奧可霍調查拉帝安遲遲沒有進展，於是賽特決定自己一個人潛入城堡的書庫。然而，賽特明明應該是第一次來到這裡，但他卻在夢境中看過城內的模樣。他沿著在夢境見過的通道前進，並且抵達最深處。那裡出現了涅梅西斯和一位神秘的青年。青年看見賽特的角後大為驚恐，並且將賽特關在防護罩之中。然後，被抓住的賽特的所有行動，全都和襲擊地面的史佩克托爾.涅梅西斯同步了……

擁有賽特外型的涅梅西斯在地面上出現了，而這正是潛伏在城堡地下的神秘男子搞的鬼。他就是讓史佩克托爾.涅梅西斯出現的幕後黑手。潛入城堡地下的賽特遭受到涅梅西斯的攻擊而喪失了意識、被封閉在不可思議的世界中。在賽特的意識世界之中，賽特開始回顧自己過往的記憶。然而，因為某些原因，導致賽特在失控的狀態下甦醒了。

認識彼歐東的神秘男子對失控的賽特感到畏懼，於是將他轟出至城堡之外。梅莉等人為了找尋音訊全無的賽特，沿著幻想的痕跡進入了據説一旦進去就再也無法出來的凱魯多森林之中。穿越不可思議的森林，梅莉等人與將賽特藏匿以來的米爾及米爾的妻子吉兒相遇。困在意識的世界“席多”之中無法脫身的賽特害怕自己的力量，不願離開這裡……

奧可霍和梅莉因為在不久前的戰鬥中做出違反命令的行動而遭到指責。不過，莫德雷德向女王進言、指出一切都是源自於布朗葛瓦爾指揮上的過失，使得奧可霍和梅莉因此得救了。另一方面，賽特為了控制住自己的力量，留在凱魯多森林持續進行修行。在米爾與吉兒的幫助下，賽特學會了與幻想之間進行調和的方法。然後，賽特開始試圖駕馭自己體內的黑暗，然而……

魔法師騎士團在布朗葛瓦爾卿與葛裡斯卿的指揮下動身前往討伐出現在農地的涅梅西斯。然而，卻只有奧可霍一個人察覺到那其實是涅梅西斯的集合體.艾可涅梅西斯。艾可涅梅西斯分裂成無數的個體、並開始四處破壞。奧可霍雖然向騎士團呼救，但聲音卻無法傳達到他們耳中。在無計可施的情況下，奧可霍決定再一次違背命令。然後，奧可霍使出了強力的吉索尼，從布朗葛瓦爾卿手中奪去了騎士團的指揮權……

賽特如今仍然無法控制失控時的自己。他雖然使盡全力試圖抑制，卻反被遭到吞噬而陷入危機。但是，賽特在這時感受到自己至今相遇的夥伴們之間的連繫，並在此時領悟將力量用於創造、而非破壞方面的方法。賽特瞭解到只要自己能正確運用孕育生命的力量，或許能讓過去充滿妖精的世界再次復活。於是，米爾決定將希望託付給賽特。

在冊封儀式將至，街上充滿了熱鬧的氣氛，但奧可霍這時瞞著其他人獨自外出了。長久以來就一直對她的行動感到懷疑的布朗葛瓦爾卿對奧可霍展開了襲擊。梅莉出手阻止了布朗葛瓦爾卿，但難以置信的是，奧可霍剛才竟然打算召喚史佩克托爾.涅梅西斯。趕到現場的賽特阻止了失去理智的奧可霍，然而奧可霍恢復神智後卻什麼也不記得了。事後，一行人得知奧可霍是受到了某人的操控。而那個犯人究竟是……？

控制奧可霍的人就是莫德雷德。莫德雷德告訴奧可霍女王布蒂卡正是與充滿謎團的可疑組織“隱士信徒”勾結的謀反者。如今奧可霍已經不曉得到底該相信什麼了，這個時候，她因為賽特的一番話而下定了決心。到了冊封儀式當天，奧可霍在眾人面前向女王提出質問，並將魔法騎士之中有謀反者存在的真相公諸於世。

冊封儀式被迫中斷。女王布蒂卡拒絕異端審問，展開徹底抗戰。魔法師騎士團因為突然無法使用魔法而陷入危機中。另一方面，潛入城堡內的賽特和迪亞巴爾再度相遇。迪亞巴爾表示他和賽特的關係就像兄弟一樣。然後，杜克在城堡的書庫發現了真實之書，然而……

迪亞巴爾為了逃離彼歐東的追趕，同時為了守護藏身之處而與“隱士信徒”攜手合作。賽特透過意識的空間“席多”得知地上陷入了戰爭狀態。當他連忙趕回地上時，卻發現梅莉已經被德拉古諾夫捉去當成誘餌了。另一方面，奧可霍發現莫德雷德等人居然降落在商人男爵的船上。

多爾克將軍告訴德拉古諾夫，表示本次行動的目的是要捉拿賽特，軍事介入並非這次計劃的本意。然而成功捉拿賽特後，異端審問所卻還是派出了軍艦對卡斯蘭馬林展開攻擊。德拉古諾夫為了阻止戰爭，決定違背命令。賽特則與阻卻了他的去路的桑德里展開了戰鬥。這個時候，有一名神秘的戰士突然降臨至戰場上。

神秘的戰士的真實身份是躲藏在鎧甲中的杜克以及“記憶之石”。戰士為了拯救女王疾馳於戰場，但卻遭到擁有石化能力的維洛奴阻饒。另一方面，賽特與桑德里展開了決戰。渴望享受戰鬥歡愉的桑德里試圖讓賽特失控，但卻引爆了賽特的怒火。奧可霍對上杜桑、梅莉對上莉潔洛蒂，三個人的怒火同時爆發了。

被奧可霍逼入絕境的商人男爵們終於露出了本性。眼看這場戰爭即將步入尾聲時，異端審問官烏爾米娜因為失去了桑德里，決定進一步朝森林投入哈莫尼烏姆以做為報復。幻想逐漸消失，受到烏爾米娜的強大奇蹟操縱的士兵們也逐漸逼近城牆。賽特趕至森林後，出現在眼前的是陷入絕望的米爾。

陷入絕望的米爾為了破壞一切開始四處大鬧，賽特也隨著米爾的怒火而失控，並且被烏爾米娜捉住了。在這空前絕後的危機當中，奧可霍向陷入絕望的女王布蒂卡提問其身為女王的資質。受到奧可霍的鼓勵而重新振作的女王為了破壞哈莫尼烏姆再度站了起來。另一方面，梅莉在德拉古諾夫與古利姆的協助下終於成功奪回了賽特。恢復理智的賽特為了阻止失控的米爾決定挺身而出。

賽特發現了吉兒留下的孩子，並阻止了米爾的失控。米爾在新生命的面前重新找回了希望。在這場戰爭過後，德拉古諾夫對異端審問所的正義產生了疑問，為了當面向多爾克將軍問個清楚，他決定要返回本國波姆。漫長的戰爭結束後，卡斯蘭馬林的人民齊聚一堂。女王布蒂卡當眾宣示要廢除舊有的陋習，並任命新一任的女王人選。