サラリーマン、三上悟は通り魔に刺されて死んだ。暗闇の中で意識が戻ると三上はなんとスライムになっていた！ 何もすることがないので薬草と鉱石を食べて暇を潰すスライム三上。そのうち、300年前にこの地で勇者によって、スキル“無限牢獄”で封じられた暴風竜ヴェルドラと遭遇してしまう。最初は怯えていたものの、話していくうちにスライム三上は、ずっとひとりぼっちのヴェルドラと友達になってしまう。 スライム三上はヴェルドラから自分が、この世界でも珍しい＜転生者＞であることを聞く。

スライム三上は暴風竜と友達になり、互いに名前を送り合う。かくしてスライム三上はリムルと名乗ることになった。 リムルはヴェルドラを封印から解放しようと試みるが、それは周辺諸国に大きな衝撃を与えることになる。

洞窟を出たリムルが出会ったのは、 牙狼族 の襲撃に追い詰められた ゴブリン たちだった。なりゆきでゴブリンの村を助けることになるリムル。その夜、牙狼族がゴブリンの村を再び襲撃する。しかし、リムルの スキル を生かした作戦が功を奏し牙狼族が次々と倒れていく。ボスをやられ、リムルの圧倒的な力に屈した牙狼族は、リムルの配下になることを誓う。リムルは自らを慕うゴブリンと牙狼族に 名前をつけ 、ゴブリンは ホブゴブリン と ゴブリナ 、牙狼族は 嵐牙狼族(テンペストウルフ) へと進化する。

リムルたちは、 ゴブリン と 嵐牙狼族(テンペストウルフ) の衣食住を支える技術者を求めて ドワーフ の王国・ 武装国家ドワルゴン を訪れる。ところが、入国の際の事件でリムルたちは牢獄に繋がれてしまう。獄中での機転がプラスに働きなんとか牢を出ることができたリムルたちは、警備隊長のカイドウに、腕のいい鍛冶屋としてカイジンを紹介される。しかしカイジンは難題に頭を悩ませていた。魔鋼を使った ロングソード 20本をあと5日で王に届けなくてはいけないという。

リムルの スキル のおかげで無事に ロングソード を王に届けることができたカイジン。ふたりは祝杯をあげに エルフ の店へと繰り出す。そこで始まった余興の水晶玉占い。リムルの運命の人が占われると、そこには日本人らしい女性の姿が映し出される。彼女は一体……。そこへカイジンに難題を課した大臣のベスターが現れる。リムルをバカにしたベスターにカイジンは手を上げてしまう。この争いは 武装国家ドワルゴン の王ガゼルの御前で行う裁判に持ち込まれることになってしまった。

シズは夢を見ていた。彼女を空襲に燃える東京から召喚した魔王レオン・クロムウェル。彼によって上位精霊イフリートを憑依させられたことによる悲劇と絶望。シズはかつて爆炎の支配者と讃えられた伝説の英雄として知られていた。だが今、イフリートが暴走を始め、シズの体は乗っ取られてしまう。物理攻撃を受け付けないイフリート。そこに単身挑むリムル。イフリートの炎化爆獄陣（フレアサークル）がリムルをとらえ、巨大な炎が巻き上がる。

魔王レオンのもとにいたシズを救い出したのはある勇者だった。その勇者のことを胸に、長い間、人々を救うために働いてきたシズ。イングラシア王国では、異世界から来た子供たちの指導者も務めた。そしてシズは今、最期の時を迎えようとしていた。リムルに最期の願いを伝える。「私を――、君の中で眠らせて……」。願いを受け入れ、スキル捕食者を発動するリムル。そしてリムルは、シズによく似た人間の姿を手に入れることになった。

ムルたちの村の開発は着々と進んでいた。カイジンたちがさまざまな道具や住居を建設し、ゴブリン・キングに任命されたリグルドのもとゴブリン・ロードが村を治める。順調に進む村の様子を見ながらリムルは、シズから受け継いだスキルを試しに、ひとり洞窟へと向かった。そこにランガから思念伝達で救援要請が入る。リムルが駆けつけると、そこには6人の大鬼族（オーガ）がいた。大鬼族（オーガ）のひとりがリムルに告げる「正体を現せ、邪悪な魔人め」。ジュラの大森林になにが起きているのか。

６人の大鬼族（オーガ）たちは、豚頭族（オーク）の軍勢に襲われた生き残りだった。豚頭族（オーク）たちは身鋼鎧（プレートメール）で武装し、道化の仮面をつけた謎の魔人者も同道していたという。リムルは大鬼族（オーガ）たちに自分の部下にならないかと持ちかける。「豚頭族（オーク）の首魁を倒すまで」という条件で受け入れる大鬼族（オーガ）。そこでリムルは６人に名前を授ける。その頃、豚頭族（オーク）の軍勢は、シス湖周辺の湿地を領地とする蜥蜴人族（リザードマン）に対し侵攻を始めていた。蜥蜴人族（リザードマン）首領は息子ガビルにあることを命じる。

大鬼族（オーガ）のベニマルたちを迎え入れ、さらに仲間が増えたリムルの村。そこに、リムルの村の噂を聞いた蜥蜴人族（リザードマン）のガビルがやってくる。ガビルはジュラの大森林を巡り、豚頭族（オーク）の侵攻に怯える様々なゴブリンの村をどんどん配下に従えていたのだ。挑発的な態度のガビルに対峙したランガは、ゴブタに勝てたら話を聞いてやろうと条件をつける。ガビルとの勝負に挑むコブタ。果たして勝敗の行方は。

リムルの前に現れた樹妖精（ドライアド）のトレイニー。大森林の管理者である彼女は豚頭帝(オークロード)の脅威を知りリムルに討伐を依頼しに来たのだ。強力なスキルを持つ豚頭帝(オークロード)とその貪欲な力に突き動かされる20万の豚頭族（オーク）は森を席巻しつつあった。蜥蜴人族（リザードマン）と同盟を結び豚頭帝(オークロード)と戦うことを決意するリムル。そのころガビルのもとに、謎の魔人・ラプラスが現れ、ガビルに部族の首領の座を奪うようにそそのかしていた。

蜥蜴人族（リザードマン）と同盟を結ぶため湿地帯を目指すリムルたち。道中、リムルたちは豚頭族（オーク）に襲われていた蜥蜴人族（リザードマン）を助ける。それはガビルの妹だった。ガビルの妹はガビルが謀反を起こし、先走って豚頭帝（オークロード）に戦いを挑んだことを打ち明ける。その上で、ガビルと一族を助けて欲しいとリムルに懇願するのだった…。一方ガビルは豚頭族（オーク）の大軍と戦っていた。ユニークスキル飢餓者（ウエルモノ）の力を目の当たりにしてガビルは驚愕する。

ついに魔人ゲルミュッドが姿を現す。ゲルミュッドの真の狙いは豚頭帝（オークロード）を豚頭魔王（オークディザスター）へと進化させ、ジュラの森を支配させることだった。ゲルミュッドに名付けられたガビルは、その計画を知り動揺する。さらにゲルミュッドは役に立たなかったガビルを処分しようとするが、リムルによって阻まれる。ゲルミュッドの真意を感じ取った豚頭帝（オークロード）はその野望を叶えるためにゲルミュッドを食い、豚頭魔王（オークディザスター）へと進化してしまう…。

豚頭族（オーク）との戦いは終わった。戦後処理の席でリムルは豚頭魔王（オークディザスター）・ゲルドと交わした最期の約束を打ち明ける。それはリムル自身がオークの罪を背負い、残った豚頭族（オーク）を受け入れるというものだった。驚くべき内容だが、蜥蜴人族（リザードマン）、大鬼族（オーガ）は度量を見せてそれを受け入れる。続けてリムルは、多種族が共生する国家の建設を提案。そして、ここにジュラの森大同盟が成立することになる。

リムルを盟主とするジュラ・テンペスト連邦国は武装国家ドワルゴンとの間に同盟が成立した。そのまま穏やかな日々が訪れるかと思われたある日、リムルは、巨大な魔力の塊が接近するのを感知する。その魔力の塊は、異常な速度でリムルのいた場所へと正確に降り立つ。着地と同時に舞い上がった爆煙が晴れるとそこには人影があった。それはただひとりの竜魔人（ドラゴノイド）にして、破壊の暴君（デストロイ）のふたつ名を持つ魔王・ミリムだった。その強大な力の前に、ランガやベニマルたちは圧倒される。

ジュラの大森林には魔物たちが住む町とそこを治めるスライムがいる。自由組合支部長(ギルドマスター）・フューズはそれを確かめようと決意する、その頃、中央都市リムルは、魔王・カリオン配下の三獣士のうちのひとり、魔人フォビオの来襲を受けていた。だがフォビオはミリムの返り討ちにあい瞬時にノックアウトされてしまう。カリオンの命を受けたファビオは、豚頭族（オーク）に勝利した魔人たちをスカウトしに来たのだという。

ミリムへの怒りが収まらないフォビオ。その前に現れたのは中庸道化連の怒った道化（アングリーピエロ）のフットマンと涙目の道化（ティアドロップ）のティア。2人はフォビオに自ら魔王になって復讐すればいい、暴風大妖渦（カリュブディス）の力を使えばそれが可能になるとそそのかす。一方、ジュラ・テンペスト連邦国は、リムルたちから目をそらすため、ヨウムを「豚頭帝（オークロード）を倒した英雄」として旅に出す計画を実行していた。

封印を解かれた災厄級モンスター、暴風大妖渦（カリュブディス）は、空泳巨大鮫（メガロドン）を引き連れて、中央都市リムルを目指して進む。リムルたちはジュラ・テンペスト連邦国の総力を結集してこれを迎え撃とうとする。そこにガゼル王からの助太刀としてペガサスナイツ100騎も参戦する。だが、固有スキル「魔力妨害」とエキストラスキル「超速再生」を持つ暴風大妖渦（カリュブディス）は手強い。その時、リムルが新たなスキル・暴食者（グラトニー）を解き放つ。

暴風大妖渦（カリュブディス）の脅威は去った。その夜、リムルは夢を見る。それはシズがイングラシア王国で、召喚された子供たちの先生をやっている夢だった。シズの未練が見せた夢。リムルはシズの想いに応えるため、平和なジュラ・テンペスト連邦国をあとにし、イングラシア王国の王都を目指すことを決める。リムルはまず、自由組合（ギルド）を統括するユウキ・カグラザカに会うことにする。ユウキもまた召喚者でシズの教え子だった。

シズの教え子たちの先生となるリムル。しかし、一方的に召喚され、限られた寿命となった子供たちの胸中は複雑で、リムルにも反抗的な態度をとってくる。そこでリムルは、模擬戦をしようと子供たちに持ちかける。

自由学園の子供たちはやがて死ぬ運命にあった。だが、リムルは上位精霊を宿らせれば子供たちを救うことができると考える。そこでリムルは子供たちとともに、上位精霊がいるという「精霊の棲家」へと足を踏み入れる。

うまく精霊を呼び出すことができるのか。精霊の棲家の最深部にたどり着いた子供たちは、順番に光の台座の上で精霊を呼び出すことに挑戦する。それを見守るリムル。そして、子供たちに応えるように姿を現す精霊たち……。

これはリムルが転生してくる前の物語。フィルウッド王国が多くの冒険者を集めて、復活した悪魔の退治を依頼する。そこには「爆炎の支配者」の二つ名で知られるシズの姿もあった。だがこの依頼には大きな裏があった。