深夜，宋皇闯入宋慈的院内大呼：“宋慈，快来救驾”，随之一支利箭射进宋皇胸内。一声惊叫，宋慈从梦中醒来。宋皇下旨召宋慈进京复职。在回京的路上，宋慈智破了一民间命案，而英姑也在破案中“从天而降”。宋慈刚刚到京，宫中内侍传旨召宋慈深夜进宫。

御史王儒璋私访湖州，发现护洪堤长期失修，汛期险情危危，他决定追查朝廷给湖州的五十万缗修堤资金，同时，新任湖州知府曹墨也开始追究五十万缗的下落。一场洪水冲淹了湖州，洪水中一具尸骨露天现世，知县姜汝成水举尸骨上留下的玉佩，狂呼：“难道老天真要亡我大宋吗”，随后中风倒地。

曹墨自担了五十缗失踪之责，被押解进狱，临行时，他将玉佩交给妻子玉娘，让她将其交给宋慈。玉娘夜闯提刑司，将玉佩交给宋慈。于是，一场追查“皇室谜案”开始了序幕。

宋慈狱中夜访曹墨，宋慈告知曹墨玉佩为皇室之物，此案要上奏皇上，深查远究。户部尚书伍德告诉宋皇：不要因区区五十万缗鸿毛之案，乱了王朝安危的泰山之重。王儒璋深夜狱审曹墨，曹墨宁死不吐五十万缗真情，并要出狱三日，办完灾后之事，而后愿受朝廷罪惩。

一个皇室贵胄的遗体埋在荒山野外，在史册上应有记载，宋慈来到史馆查寻记载，让宋慈惊讶地是史册上的皇子皇孙生时卒年的史册却被人撤去了几页，还导致一位史官丧命。宋慈推断：这是一场蓄意谋杀。

宋皇决定让曹墨带罪去完成湖州灾后之事，曹墨皇街上跪谢圣恩。户部侍郎李佑淳告知伍德圣上放了曹墨，并不意味五十万缗专银案结案了。而是有着更大的案底会揭出。让伍德“小心”。宋慈来到天目山寻访当年的太子太傅阚愚直，宋慈将玉佩展示在阚老先生面前时，二十年没有言语的老先生唤出了一声：“起风了”。

英姑告诉宋慈这玉佩之案很可能是皇室相残之案，请他不要过深追查，而宋慈却坚定地说：此案是关大宋安危，不揭开这个谜底，消除王朝的隐患，宋某于心何安哪。宋慈来到中风的姜汝成家，下药留钱给姜治病，他要让姜汝成醒来，揭开这皇室谜案。为了阻止宋慈不陷入皇室谜案中，玉贞搬来了婆母，可婆母却支持宋慈深查此案。宋慈在史官裴时安家看到了当年裴老史官抄下的皇子皇孙生卒时表，揭开了现今皇上不是先皇亲生之子的秘密。

宋皇认出那块玉佩是当年太子随身之物，并告诉宋慈当年太子已死于一场火灾中，可这块玉佩又怎么出现在一个荒山野外的尸骨上呢？那现在皇陵中的太子又是何人呢？宋皇深夜私进提刑司辨认太子尸骨，为了证实哪具是当年的太子尸骨，宋慈跪求开皇陵验尸。

根据大宋法律，惊动皇陵诛灭九族。宋母带全家数口受缚在皇陵外的刑台上，等待着宋慈开棺结果。宋慈手捧尸骨告诉宋皇陵内不是济王尸骨而是一具怀胎十月的女尸，宋皇及众人惊呆了。宋家数口躲过了这场灭族之灾。

皇陵验尸使太子谜案大白天下。史官裴时安告宋慈此案可以终结了，可宋慈却从丢失的史册上血手印发现了新的线索和疑点，他认为太子失踪与史料被窃有着相密之联。于是，宋慈再进宫奏见圣上。

宋慈奏请圣上尸骨不能入殓下葬，济王如何致死，又怎么会埋在荒山野外，仍是未解之谜。宋皇告诉宋慈他已下旨为济王举行四十九天的皇家祭礼，他命宋慈在四十九天内查清济王死因，不然后果自负。

　曹墨回到湖州办理灾后事宜。王儒璋私访湖州看到百姓赞敬曹墨之功德，他深感曹墨这样一位清官不可能贪吞专银，他决定去面见曹墨再查真由。王儒璋的门生邹少卿夜潜曹墨府，告知曹墨御史大人在湖州查专银案，请他小心行事。王儒璋晨访曹府，可曹墨却昨夜飞马进京了。

曹墨欲见圣上，却被御林军推出宫去。他来到提刑司面见宋慈，向宋慈讲述了：要想真正揭开济王生死之谜，只有让姜汝成开口说话。英姑将尸骨头颅偷出提刑司，请摸古先生鉴摸其骨，推测人像，结果使她心惊魂呆。此时，宋慈也用尸体的脚骨塑出一个与济王朝靴无法相配的“人脚”。

宋慈奏报圣上：尸骨不是济王，而是一位船夫，使宋皇大怒。他命宋慈在中秋月圆之日查清济王生死真相。济王生死之谜震惊了朝廷上下，就在此时，三朝老臣杜汝圭向刑部尚书讲出了当年奸臣废太子立现今圣上为帝的真情。

宋慈奏请圣上：三天内下旨于他去查济王生死案，可三天已快期近，圣上仍未下旨，宋慈焦急不安。英姑劝宋慈不要再查了，免得再引九族之祸。宋慈也准备三天期到没有圣旨，就辞职归故。伍德劝宋皇尽快下旨让宋慈查济王案，以便安稳众臣之心，并告圣上，宋慈有天大本事也无从查明真相，因为知情人已如同死人，这个人就是姜汝成。

宋皇下旨让宋慈在一个半月内查清济王生死案，如不能按期破案，将重罪惩办宋慈。王儒璋向圣上举荐曹墨为百姓楷模，重用其人。宋皇决定暗访湖州。

宋皇湖州密见曹墨，曹墨向圣上讲出了五十万缗专银被贪真情，为了朝廷之安他愿自己承担其罪，曹墨的忠臣之举深感宋皇，宋皇向曹墨点示了户部侍郎李佑淳被人参奏私心之重，并嘱咐专银之事，曹墨心领圣意，拜谢圣上走进御史府。

曹墨向王儒璋揭发了李佑淳吞贪五十万缗专银之事，王儒璋下令抓捕李佑淳，当官兵推开李府大门时，李佑淳已躺在血泊之中。王儒璋请宋慈现场验查李佑淳死因，宋慈却给一个不明不白的查验结果，使王儒璋大生疑惑。

吏、户、刑三部尚书都来到了李佑淳案发现场，并声称李是自杀，并将李佑淳行礼于他们的行为讲给了御史王儒璋。王儒璋在李府书房发现了用血写的“奏”字，他来到提刑司怒训宋慈为何不给李佑淳的死因下准确结论，并将血“奏”字交给宋慈。

王儒璋夜查李府案发现场，突然见李佑淳又转活“人间”，使他魂飞天外，原来这个“活李佑淳”是宋慈所扮。宋慈为王儒璋现场演示了李佑淳的案发经过，结论是他杀李佑淳，而现场是经过慎密的“设置”。

宋皇在宫中宴请王儒璋、杜汝圭、吕盟臣、宋慈、酒席间宋皇假称多酒醉了，回了后宫。几位大臣开始了追查谋杀李佑淳的凶手之论。王儒璋推理是曹墨杀了李佑淳，众臣大惊失色，而宋慈告知众人：经现场查验杀人者是右手握刀，而曹墨却是个断了右臂的残人。

王儒璋来到提刑司责备宋慈在验尸报告上写得是悬息而亡，怎么又出来个右手持刀杀人之由，宋慈告王儒璋是下官善意的谎言，以免王大人步入歧途。因为谋杀李佑春的凶手与十年前谋杀史官的凶手是同出一人。

英姑在暗访中得知了李佑淳妻儿下落，同时，李佑淳妻儿突然闯进御史府，向王儒璋呈上了一份秘密。宋慈断定阚氏父子与现存太子党人密切联络，于是派张堂监视天目山的一切活动。

杜汝圭和吕蒙臣在密巷里谈论着如何躲开李佑淳之案，突然王儒璋出现在他们面前，告知他们李佑淳是畏罪自杀，并准告假休息。宋慈与英姑正准备化妆去婺州暗访，御史府差人送来王儒璋丁优之信，英姑要去找王儒璋责他是个怕事小人，可宋慈却自信地告诉英姑：我们可以不去婺州了。

侍奉姜汝成的宋嫂在给姜喂药时，一只无力的手拉了她一下，原来姜汝成醒了。她兴奋地报告了曹墨，曹墨来到姜家，可姜汝成与过去一样：仍是“死人”。曹墨走了，姜汝成又醒了，他示意宋嫂不要把他醒来之事告诉任何人。

曹墨再次来到姜家看姜汝成是否醒来了，宋嫂支吾着回应曹墨，曹墨似乎感悟到了什么。英姑也来到姜家，可姜汝成却不在床上，屋内乱成一片，英姑拉响了叫宋嫂的铃铛，与此同时，宋家响起奇怪的声音，英姑飞奔宋家。英姑奔进宋家，室内也是一片纷乱，宋嫂的丈夫死在床上，与此同时，姜家传来人声，英姑在床下发现了已醒来的姜汝成。

英姑在姜家和宋家现场演示了凶手杀人经过，告诉曹墨凶手的目的是杀姜汝成，可却错杀了多年病床不起的宋嫂丈夫。而这个凶手不是别人，正是你曹墨。曹墨承认是他让邹少卿杀人，但他的目的是为了大宋江山、为了圣上，更是为了宋慈，英姑对曹墨讲的现实无语可对。

英姑回到提刑司向宋慈讲了不要为此案过于铤而走险，宋慈感到英姑情绪怪异。同时，张堂又截获了天目山信鸽的书信：“臣磕首泣呼，圣上万莫错过天赐良机”。宋慈见后即要闯宫面圣。英姑阻拦宋慈进宫，告诫他：这是一场皇权之争，您还能查下去吗？宋慈毅然地说，国无二主，大宋　　王朝要乱哪。说完急闯宫门面圣。

英姑将姜汝成藏在城外民居，姜汝成向英姑讲述了当年火烧太子府的真情，并请求见宋慈。在刑部杜汝圭向吕蒙臣和宋慈讲了当年宰相石开元废太子、立现今赵闳为帝的经过，但如何篡改的遗诏却不知详情。王儒璋假丁优真暗访，他找到了当年侍奉济王的女子妙姑，获得了当年宰相为何废除太子的原由。

妙姑向王儒璋讲了当年她与济王生一个女儿，名叫桑月，十八岁选进宫中，现在不知下落。王儒璋来到提刑司告知宋慈：伍德原名叫石天来，是宰相石开元的侄子，也是后来妙姑的丈夫。宋慈来到姜汝成的藏身之处，姜汝成向宋慈讲出了石开元废太子，篡改遗诏和太子仍活在世的真情。

宋皇得知伍德是石开元家侄，当其面告知从今以后不要再以篡位之事要挟朕，并让宠嫔桑月讲述了当年伍德抛弃他们母女的罪恶之为。宋慈为彻底揭开太子失踪之谜，只身闯伍德府“打草惊蛇”。

宋慈在伍府彻底揭开了伍德阴谋杀害史官裴世济，贪专银杀害李佑淳，用篡改的遗诏要挟圣上的罪恶，使伍德心惊魂破。姜儒成断气前告诉宋慈济王在天台山，于是，宋慈开始了天台山寻济王。

当年太子太傅突然明白太子传来的信为何是白纸，阚老先生大呼：太子变心了，这十八年的等待如东去流水，此时，宋慈突然来访，向阚氏父子揭出了伍德身世，并劝其下山迎回济王，为了大宋安危，让济王与圣上畅述兄弟之情。

阚氏父子去迎济王返京，而济王却无心返朝，阚愚直恢心之下服毒自尽。阚必昌为报父仇持刀欲杀济王，济王突然转意愿随必昌下山进京。宋慈泪别老母，上天台山求见济王，不想，济王却早步下山进京，宋慈深感不妙，急奔返京救济王。

济王与阚必昌下山秘密住在城南潮明寺客栈，由此，客栈来了许多“不速之客”。济王进宫面圣，却被拦在宫外。济王只好回客栈侯召，与此同时，一场阴谋也随之而来。

济王和阚必昌同时死在了客栈，必昌被杀坠落楼下，济王中毒死房内。客栈的“不速之客”们被宋慈封在了栈内，这其中也有双手沾满鲜血的妙姑也在其中，他在现场见到了前夫伍德。

栈内的妙姑双手沾满了鲜血；杜汝圭、吕蒙臣夜访济王与其争吵疯狂；曹墨、邹少卿夜闯济王住房；宋皇贴身太监何昚衣襟破损留下证据；伍德出现在济王被杀房内；谁是凶手？一场断案推理在小小客栈开始了。此时，唐知县急城内文房四宝店店主被杀，英姑急奔现场。

断案现场妙姑惊呼：你们都是凶手；杜、吕两人是为济王要以大宋安稳为重，劝说济王不要争抢圣座；曹墨、邹少卿是来谋杀济王，可没能得手，济王先死于他们下手之前；何昚衣襟破损证据留在远离济王住房的柴屋内；伍德是在济王中毒后才冲进房中，凶手究竟是谁？这时，英姑由文房四宝店查案归来，她向宋慈展示了现场发现的假遗诏檄文底印。

宋慈对现场查验断出济王是自毒死亡，而阚必昌却死于济王刀下。宋慈哭悼济王，并闯宫锤响了四十二年没人敢敲的登闻鼓，击鼓惊朝。

　宋慈闯惊驾，恳请圣上将太子谜案公示众臣，宋皇赐宋慈御酒一杯，并告宋慈四十二年前一臣击鼓惊朝，先帝赐了他一杯赐酒而死，你今天也同是如此。宋慈接过酒杯一饮而尽，酒后善言训斥圣上不该阻止济王进宫，失去他们兄弟解难之机。言后御酒仍未毒性发作，这时宋慈才发现御酒是用可试毒的银杯所装，宋皇感慨地说：不想失去一位忠诚的提刑官。也就在同时，宋母因未见儿子宋慈，出宫急气而死。宋慈披孝上朝，将二十年的“皇宫奇案”公示天下。