L’ex agent de la C.I.A. Erica Shepherd, l’une des plus grandes traîtresses des Etats-Unis, est exfiltrée d’une prison de haute sécurité pour aider l’agent Keaton à traquer Mikhail Vassily Tal, le commanditaire d’une série d’attentats coordonnés.

Après le meurtre d’un ancien agent de la CIA, Keaton engage Shepherd pour l’aider à recueillir des informations visant à faire plonger Tal.

Plusieurs bateaux de patrouille appartenant à la DEA sont les cibles de violentes attaques en Amérique du Sud. Le FBI soupçonne l'ambassadeur des Etats-Unis de vendre les plans de navigation des patrouilleurs au Cartel Morales, et que cet argent sert ensuite à financer les actes terroristes de Tal.

Une information que Shepherd avait obtenue en prison s'avère liée à une attaque imminente sur le sol américain. L'équipe de Keaton se lance alors dans une chasse à l'homme afin de retrouver Serhan Aksoy, un terroriste.

Shepherd révèle à Keaton qu'elle a tendu un piège à Anna Cruz afin de la démasquer. De son côté, Anna Cruz a tenté d'accéder à des fichiers qui auraient contenu la liste des informateurs rémunérés du FBI, dans le cadre de l’enquête sur Tal. Intrigué, Keaton rend visite à Anna à son domicile. Il a la surprise de découvrir qu'elle habite un appartement presque vide de tous souvenirs, qui ressemble plus à un décor qu'à un véritable logement...

Après l'explosion d'une bombe dans le New Jersey, Kate repère un pic d'activité au sein du réseau maillé de Tal. Cela lui permet d'orientier Keaton vers celui qui organise son réseau de communication...

Le FBI intercepte du matériel informatique volé à la NSA, qui était destiné à Tal. Keaton s'empare de cette occasion pour passer à l'offensive. Il envoie Shepherd, sous couverture, livrer la technologie au destinataire initialement prévu, un génie de l'informatique, âgé tout juste de 19 ans. Keaton doit choisir entre capturer Tal et sauver la vie d'un adolescent innocent...

Des flashbacks révèlent les événements désastreux qui ont conduit Erica Shepherd, la directrice adjointe de la CIA, à trahir son pays, ainsi que le déroulement de l'enquête qui en a découlé...

Erica Shepherd retourne à Langley pour tenter de retrouver un agent important de Tal, qui a échappé à la CIA. Avec l'aide de Will Keaton, elle y voit l'occasion d'espionner l'agence.

Des sous-traitants au service de la CIA sont assassinés à bord de leur avion affrété. De son côté, l'ex-mari de Shepherd apprend que Hannah lui a menti.

Un agent de Tal détenu par le FBI parvient à s'échapper, et trouver refuge dans l'ambassade de Suisse. Chargés de cette mission, Keaton et son équipe doivent agir dans le plus grand secret. Cette opération de contre-espionnage, qui débute en douceur, évolue rapidement en prise d'otages sous haute tension...

Grâce à des informations sensibles récupérées auprès d'un contact de Tal, Keaton et son équipe peuvent intervenir et empêcher l'assassinat d'un membre très influent du Congrès. Keaton demande à Shepherd d'interroger la politicienne qui avait utilisé la trahison d'Erica comme tremplin dans sa carrière...