Den före detta CIA-agenten Erica Shepard blir utsläppt från ett federalt fängelse för att hjälpa till att stoppa några av USA:s farligaste spioner.

En tidigare CIA-agent blir mördad och Keaton tar hjälp av Erica Shepard för att fånga in Tal en gång för alla. Men frågan är om Shepard går att lita på?

Det upptäcks att en amerikansk ambassadör säljer hemligstämplad information till en colombiansk kartell. Shepherds plan att få fast honom tvingar Keaton att tänja på sina moraliska gränser.

Underrättelseinformation införskaffad av Shepherd under hennes tid i ADMAX-fängelset kopplas till en kommande attack på amerikansk mark.

Shepherd lyckas övertyga Keaton om att Anna Cruz är en mullvad som egentligen jobbar för Tal. Keaton och teamet börjar spionera på Cruz i hopp om att hon ska leda dem till Tal.

En bomb exploderar i Jersey City, och teamet lyckas fånga in Sam Fathi, som kan leda dem till Tal. Men Sam är svår att knäcka, och snart blir tiden knapp för att förhindra ytterligare en explosion.

FBI tar del av stulen mjukvara. Keaton utnyttjar situationen och skickar ut Shepherd på undercover-uppdrag för att överlämna teknologin till dess tilltänkta mottagare, ett 19-årigt datorgeni.

Genom tillbakablickar avslöjas de ödesdigra händelser som ledde till att Erica Shepherd förrådde sitt land, och den utredning som satte henne i kollisionskurs med Will Keaton.

Efter att en viktig Tal-agent flyr från CIA:s förvar återvänder Shepherd till Langley för att spåra den flyende agenten. Shepherd och Keaton upptäcker att CIA gömmer viktig information om Tal.

När en grupp entreprenörer anställda av CIA blir mördade ombord på sitt flygplan, upptäcker Keaton och hans team att CIA undanhåller information om Tal för FBI.

Keaton och teamet får avgörande information från en tillfångatagen Tal-kontakt, som hjälper dem stoppa ett mord på en viktig kongresskvinna.

Shepherd övertalar Keaton till att låta henne åka till Kuba för att förhindra Tals attack mot Sierra Maestra, CIA:s hemliga fängelse.