Die ehemalige CIA-Agentin Erica Shepherd ist inzwischen bekannt als eine der berühmtesten Verräterinnen der amerikanischen Geschichte. Shepherd wird von FBI-Agent Will Keaton aus dem staatlichen Supermax-Gefängnis geholt, um bei den gefährlichsten Fällen von Spionage mit ihren speziellen Fähigkeiten zu helfen und die Vereinigten Staaten vor Feinden zu schützen, die das Land von innen heraus zerstören wollen.

Ein ehemaliger CIA-Geheimagent wird ermordet. Der FBI-Agent Will Keaton verpflichtet die ehemalige CIA-Agentin Erica Shepherd, um wertvolle Informationen sicherzustellen, die Tal endgültig zugrunde richten können. Doch trotzdem bleibt ungewiss, ob Shepherd wirklich vertrauenswürdig ist.

Nachdem ans Licht gekommen ist, dass ein amerikanischer Botschafter geheime Informationen an ein kolumbianisches Kartell verkauft hat, entwickelt Shepherd einen Plan, um den Botschafter dingfest zu machen. Doch der Plan bringt Keaton an seine moralischen Grenzen. Und dann führt Keaton ein neues Mitglied ins Team ein.

Shepherd bekommt während ihres Aufenthalts im verrufenen ADMAX-Gefängnis Wind von einem bevorstehenden Angriff auf amerikanischem Boden. Keaton und das Cointel-Team machen sich an die Arbeit, um einen tödlichen, international agierenden Agenten dingfest zu machen. Keaton stellt sich der Herausforderung und hinterfragt seine eigenen Vorstellungen von Loyalität und Verrat, als es um Anna Cruz und den Vater seiner verstorbenen Verlobten geht.

Shepherd schafft es endlich, Keaton davon zu überzeugen, dass Anna Cruz der Maulwurf innerhalb des FBIs ist und eigentlich für Tal arbeitet. Keaton beschließt, seine Feinde in seiner Nähe zu behalten, wo er sie im Auge behalten kann. Das Team spioniert nun also in den eigenen Reihen – in der Hoffnung, dass Cruz sie zu Tal führt.

Nach einem Bombenanschlag in Jersey City schafft es das Cointel-Team, den Strippenzieher des Anschlags, Sam Fathi, zu fangen. Fathi kann das Team zu Tal führen, dem Mastermind hinter den Anschlägen. Doch es stellt sich heraus, dass Sam schwer zu knacken ist. Shepherd überzeugt Keaton davon, einen ehemaligen ägyptischen Agenten anzuheuern, der bei Sams Fall aushelfen soll. Dann muss das Team einen weiteren Bombenanschlag verhindern.

Dem FBI gelingt es, gestohlene NSA-Software abzufangen, die eigentlich an Tal gehen sollte. Keaton nutzt die Situation, um in die Offensive zu gehen und schickt Shepherd undercover los, um die Software dem Adressaten, einem 19-jährigen Computergenie, zu übergeben. Keaton muss nun eine schwerwiegende Entscheidung treffen: Will er Tal endlich schnappen oder einem unschuldigen Teenager das Leben retten?

Blicke in die Vergangenheit zeigen die verhängnisvollen Ereignisse, die dazu führten, dass CIA-Deputy Director Erica Shepherd ihr Land verriet sowie die darauf folgenden Untersuchungen, die zu einem Aufeinandertreffen mit Will Keaton führten.

Nachdem einem Agenten von Tal die Flucht aus dem CIA-Gewahrsam gelungen ist, wendet sich Shepherd erneut an Langley, um den Flüchtling wieder gefangen zu nehmen. Als Shepherd und Keaton herausfinden, dass die CIA wichtige Informationen aus dem Fall „Tal“ nicht herausgeben will, bekommen die beiden die Möglichkeit, selbst die CIA auszuspionieren, um herauszufinden, was der Geheimdienst über den russischen Verbrecher weiß.

Als ein sehr cleverer Tal-Agent aus dem FBI-Gewahrsam entkommt und in die Schweizerische Botschaft flieht, müssen Keaton und das Cointel-Team undercover ermitteln. Was als simpler Gegenspionage-Einsatz beginnt, wird schnell zu einer gefährlichen Geiselnahme.

Keaton und sein Team bekommen einen wichtigen Hinweis von einem Gefangenen, der mit Tal in Verbindung steht. Daraufhin kann das Team den Angriff auf eine prominente Kongressabgeordnete verhindern. Keaton sorgt dafür, dass Shepherd die Abgeordnete verhören kann. Die hatte damals Shepherds Fall genutzt, um ihre politische Karriere in die Wege zu leiten. Bei dem Verhör kommen überraschende Fakten über Tals Ursprung ans Licht.

Tals Kampf gehen die CIA weitet sich auf eine zweite Front aus. Keaton und das Cointel-Team müssen das innerstaatliche Ziel finden, bevor Chigorin einen Alles-oder-Nichts-Sturmangriff auf ahnungslose Unschuldige startet. Shepherd überzeugt Keaton davon, sie nach Kuba gehen zu lassen, um einen Angriff auf Siearra Maestra zu verhindern. Shepherds wechselnde Loyalität lässt Keaton im Zweifel, ob sie Tal aufhalten oder sich ihm anschließen möchte.