Paul Watson, fondateur du groupe environnemental radical Sea Sheperd, part empêcher les pêcheurs japonais de tuer les baleines en Antarctique avec son équipage "d'éco-pirates".

Deux volontaires de Sae Sheperd partent remettre une lettre sur le navire harpon Yushin Maru II ordonnant de cesser de tuer des baleines. Leur mission s'avère vite dangereuse.

Ben et Giles, deux volontaires de Sea Sheperd, sont toujours retenus prisonniers sur un baleinier japonais. Paul contacte la presse pour attirer l'attention sur cette situation.

Après trois jours de captivité, Ben et Giles sont relâchés, au soulagement de tous. Mais celui-ci est de courte durée car l'équipage découvre qu'il est suivi par un navire espion.

L'équipage doit renoncer à suivre le baleinier japonais et retourne à Melbourne pour réparer deux moteurs endommagés. Cependant, leur voyage est perturbé par une tempête.

De nouveaux volontaires grossissent les rangs des Sea Sheperds. Cette fois, ils affrontent un baleinier japonais à l'équipage exclusivement féminin. Tension et danger à venir...

L'équipage du Sea Sheperd a localisé le navire principal de la flotte de baleiniers japonais. Malgré les avertissements du Nisshin Maru, les activistes s'apprêtent à l'aborder.