הצבים מגלים על חבורת רשעים שפועלת בעיר הנסתרת כאשר הם רואים אותם רודפים אחרי כלב קטן ברחוב. יחד הם מנסים לחשוב כיצד להיכנס למעבדה הסודית ולעצור בעדם.

אפריל עורכת מסיבת יום הולדת לילד בפיצריית אלברטו. כשהמצב מסתבך, היא מבקשת מדוני עזרה. ווארן סטון רוצה שהצבים יכירו בו כאויב הגדול ביותר שלהם, אך מתקשה לגרום להם להתעניין בו.

דוני ומייקי יוצאים לעשות עבודת גבייה עבור מוטנט שפגשו כדי לקבל ממנו רכב, אך מסתבר שבעל החוב נחמד מדי בשביל שיהיו קשוחים איתו. ספלינטר חולה והצבים מנסים לשרוד את השפעת ולנצל את המצב לטובתם.

רפאל מחבר את הצבים ליחידה אחת כדי להתאמן על עבודת צוות, והם צריכים לנצח את הרעים במוזיאון האומנות. אלברטו הרובוט הרשע מעיר רובוטי אלברטו נוספים מסניפי רשת המסעדות ומשתלט על אלברטו-לנד.

ליאו מזלזל במתאבקים בקרב היאבקות. הוא מתפרץ אל הזירה כדי להוכיח שהוא יוכל לנצח אותם. ליאו מכניס את הצבים למבוך מסוכן במטרה להוכיח שהוא הטוב ביותר.

הצבים מנסים לצפות בתחרות סקייטבורד וגם לעצור פשע בו-זמנית. אפריל והצבים מתמודדים מול מזימה חדשה של היפנו-פוטאמוס ומנסים להציל את בית הספר.

הצבים רוצים להיות גיבורים. הם יוצאים לעצור גנבי עיתונים מסתוריים. דוני נותן לכולם מתנות, המצאות שלו שאמורות לעזור להם, אך בעצם רק מפריעות להם ומונעות מכל אחד ליישם את התכונות והיכולות שלו.

לאונרדו, מיכאלנג'לו ואפריל חוקרים רוח רפאים מסתורית שרודפת חנות של פחיות שימורים. אפריל אוניל והצבים מאלצים את רפאל להתמודד עם הפחד הכי גדול שלו: ארנבת חמודה מתכנית טלוויזיה לילדים.

דוני בונה את "טנק הצב" ועומד להציג אותו בפני שאר הצבים, אך מגלה שהטנק נגנב. מסתבר שספלינטר הוא הגנב. הצבים רוצים לקנות חלוק חדש בשביל ספלינטר, אך בדרך נקלעים לקרב לא צפוי.

דונטלו מנסה להרשים את "הדרקונים הסגולים" כדי להתקבל למועדון שלהם ולזכות בג'קט סגול אופנתי הצבים יוצאים ליהנות משבוע הפיצה ומגלים שכל הפיצריות האהובות עליהם נהרסו בידי מוטנטיות.

צבי הנינג'ה נלחמים יוצאים לאימונים, מתמודדים מול כל אויביהם, ומגלים את זהות אביהם הביולוגי.

דונטלו הופך את שאר הצבים לחכמים בדיוק כמוהו כדי שיוכלו לסיים את המשימות שלהם כפי שהוא רוצה.

הצבים יוצאים לתפוס את דרקסום ולהרחיקו מניו-יורק לתמיד ומסתירים את זה מספלינטר, שיוצא גם הוא למשימה סודית.

ספלינטר שולח את הצבים למשימה בניו יורק, להחזיר עבורו את הדי ווי די ששאל מחנות הסרטים. הצבים פוגשים את פקיד הקבלה שהפך לשור כשנעקץ על ידי השרפתושים במלון של ביג מאמא.

לאונרדו מבקש את עזרתו של סניור חואסו והם יוצאים להציל את האחים שאולי נחטפו על ידי פיראטים מהעיר הנסתרת. לאפריל יש יום הולדת והצבים יוצאים לבלות איתה אבל הדברים הכי רעים קורים.

דונטלו ממציא את שלדון, רובוט שעושה את כל מטלות הבית במקום הצבים. הצבים קונים משחק וידאו באינטרנט, ומיכאלנג'לו יוצא למשימת הסולו הראשונה שלו ומנסה לאסוף את המשחק מהחנות מבלי להתגלות.

אפריל מנסה לעבור יום נורמלי אחד בחייה, ולאונרדו ודוני מנסים לעזור לה למרות שהם חושבים שהיא פשוט מושכת אליה מוזרים. רפאל מוצא חבר חדש למשחקי ההיאבקות שלו ומסתיר זאת מפני אחיו.

דוני ומייקי מנסים את התוכנית שלהם כדי להשיג את החתיכה האחרונה של השיריון האפל, אבל ראף וליאו לא סומכים עליהם. אפריל והצבים מבלים את יום השלג בפארק, ודוברוח מנסה להרוס להם את הכיף.

סניור הואסו צריך את מיכאלנג'לו ולאונרדו כדי שיעזרו לו לשמור על המסעדה שלו מפני שתי קבוצות מאפיונרים. דרקסום מנסה לעלות בסולם הדרגות של שבט הרגל, ובכך להשיג את היכולת להשתמש בשריון האפל.

הרס נתקע בתוך המראה והצבים הולכים לספריה כדי לנסות למצוא ספר כישוף מיוחד כדי להציל אותו. דונטלו מתמכר למשחק וידאו ובהמשך מתברר שהוא מסייע לחבורת האקרים להשמיד את העיר.

ראף הולך לאיבוד כשהצבים יוצאים ליום חופש בביוב. עכשיו הוא צריך ללמוד להסתדר לבד. האינטרנט רוצה לדעת מי גורם לכל הדברים המוזרים בעיר וגאון מרושע אחד מנצל את זה כדי להתנקם בצבים.

ספלינטר מתחיל להתגעגע לימי התהילה שלו בתור כוכב סרטי קונג פו, אז הוא מגייס את דוני ומייקי כדי לעזור לו לחיות אותם מחדש. ספלינטר מחליט שהגיע הזמן שהצבים ילמדו את דרכי שבט ההאמאטו.

אפריל וסוניטה מתנדבות לשמור על הבית של ספלינטר כשהוא והצבים יוצאים למחנה אימונים ביער, אבל הן לא נשארות להרבה זמן... הצבים יוצאים לכנס הגלקסיה כדי לפגוש את האליל שלהם - ג'ים ג'ופיטר.

הצבים שוכחים שהיום המשימה הגדולה של ספלינטר לגנוב את השיריון האפל ועכשיו הוא צריך ללמד אותם איך להיות נינג'ות אמיתיים. הצבים צריכים להציל את אפריל מהרכבת ולגנוב את השיריון האפל מהברון דרקסום.

הברון דרקסום רוצה שאפריל וספלינטר יביאו לו את החתיכה האחרונה של השיריון האפל ששבט ההאמטו שומר עליה במשך דורות. דרקסום משלים את השיריון האפל ועכשיו הצבים צריכים לעצור אותו מלהפוך לשרדר הרשע!

הצבים צריכים להילחם בשרדר הרשע. הצבים מבקשים את העזרה של ביג מאמא כדי להילחם בשרדר הרשע.

דג הזהב של ספלינטר חוזר כדי לנקום בצבים על זה שהם הורידו אותו באסלה בטעות. הצבים מארגנים טורניר תחרותי כדי לקבוע מי יזכה בפרס הגדול.

ג'ים ג'ופיטר מגייס עוזר חדש כדי להציל את שועלה אדומה. קפטן פיל חוזר לאח שלו כדי לבקש עזרה בג'וב אחד אחרון.

ספלינטר שולח את הצבים לסדנת הישרדות ביער עם טוד. הוגין ומונין נזכרים מה קרה להם עד עכשיו.

דונטלו מגלה איך זה להיות אבא כשאחת ההמצאות שלו מחליטה לברוח מהבית. הברון דרקסום מנסה לקבל את הכוחות שלו בחזרה והצבים מחליטים לעזור.

ליאו מקבל עבודה בתור קמע של קבוצת כדורסל מרושעת. אחד הנבלים מנסה להרעיל את כל בעלי המסעדות עם הפיצה הטעימה שלו.

אפריל וספלינטר מנסים למכור עוגיות כדי להציל את העצים. דרקסום זוכה בפרס מיוחד בתור איש אוכל מצטיין.

כל החבורה יוצאת להרפתקאות נפרדות בעיר הנסתרת.

הצבים, ספלינטר ואפריל מבקרים בעיר הנסתרת. דרקסום משתמש בצמיד הסוואה מיוחד, וכשהוא נלקח על ידי שוטר ספלינטר מנסה להציל אותו. ליאו מגיע למלון כדי לנפוש, אך הכניסה מותרת ל-"חברים" בלבד.

ספלינטר ואפריל יוצאים לסיור בניו יורק ומגלים שדוג׳ו בהנהלת כריסטוף השחצן השתלט על כל הדוג'ואים הקודמים. היפנו לוכד את הצבים בהיפנוזה אינסופית וגונב את היומנים הסודיים של הודיני כדי לשלוט במציאות.

ביג מאמא מקיימת את קרבות הנקסוס בעיר ניו-יורק. הצבים מוכרחים לשתף פעולה עם אחרים כדי להביס את אלופי הקרבות. בינתיים, שאר תושבי ניו-יורק תקועים בספינת תענוגות מוקפת במחסום קסום, בתוך כדור מיסטי.

דרקסום והצבים מנסים לגלות כיצד להביס את שרדר. בשביל לאתר את הסוד, הם צריכים לבקר בממלכת הדמדומים. קראיי מלמדת את הצבים נינג'יטסו מיסטי בשביל לגייס את כוחות שבט ההאמטו, אך שרדר תוקף את המחבוא שלהם.

הצבים מגיעים ליערות של ניו ג'רזי. אפריל וקראיי מתאחדות, ובינתיים שרדר מנסה לשאוב כוחות מספלינטר כדי להפוך לבלתי מנוצח. בזמן ששאר חברי השבט קלועים מתחת להריסות, שרדר מתכונן לשאיבת הכוחות מספלינטר.

Splinter teaches his sons the Art of Ninja Concealment.

The Turtles try to recover a piece of the Dark Armor from Repo Mantis' scrap yard.

A ferocious mutant tries to ruin April and the Turtles fun day in the snow.

April and Sunita search New York for Sunita's stolen cloaking brooch.

The Turtles meet their favorite sci-fi movie star, Jupiter Jim.

With the dark armor nearly complete, the Turtles decide to get serious and embrace their ninja heritage.

Splinter and the Turtles must prevent Baron Draxum from getting the final piece of the Kuroi Yōroi.