Chihiro Kamina mène une vie paisible, partagée entre le dojo de sa famille adoptive et ses études à l’université. Mais un jour, une catastrophe d’origine inconnue s’abat sur Tokyo, changeant à jamais le quotidien du jeune homme…

Le père de Kotetsu a été changé en monstre par un homme mystérieux capable de reproduire le son de la Grande Résonance. Grièvement blessé, Chihiro n’a d’autre choix que de se battre contre son maître pour survivre…

L’université Jôkei est attaquée par des monstres au service de l’homme mystérieux aux lunettes noires. Alors que Chihiro refuse d’utiliser son pouvoir par peur de tuer Kotetsu, ce dernier se jette à corps perdu dans la bataille.

Après avoir trouvé des réponses à ses questions auprès des membres de l’Église Saint-Maldius, Chihiro accepte de détruire Tokyo pour permettre l’avènement d’un nouveau monde où règne l’espoir. Pour ce faire, il doit détruire la barrière qui isole la ville.

Suite à l’embuscade des agents du Chaos, les Élus Écarlates décident de remettre à plus tard leur prochaine mission. Pendant ce moment de répit, le doute s’installe dans l’esprit de Chihiro : l’espoir peut-il vraiment naître de la destruction de Tokyo ?

Afin de comprendre les paroles de Yûri, Chihiro essaie d'obtenir des réponses aux questions qu’il se pose sur son passé. Pendant ce temps, Jun cherche à assassiner le jeune homme, qu’il tient pour responsable de la mort d’Inuki.

Après avoir réussi à sauver Kotetsu avec l’aide de Yûri, Chihiro se rend compte qu’il peut changer le cours du destin. Pour assurer la survie des Élus écarlates, il propose aux Gardiens de l’État de rejoindre sa cause.

Isshin Kakihara décide de reprendre l’enquête que menait Marie Kurokami sur AVAL suite à la mort de celle-ci. Ayant vu le journaliste mourir dans un de ses rêves, Chihiro Kamina cherche à le protéger.

Alors que la fondation AVAL s’apprête à déclencher la deuxième Grande Résonance à l’aide des générateurs de barrière artificielle, les Élus écarlates préparent leur contre-attaque. L’heure de la bataille pour la survie de Tokyo a sonné !

Les Élus écarlates ont réussi à empêcher la seconde Grande Résonance en détruisant le dernier générateur de barrière. Mais la Fondation AVAL n’a pas dit son dernier mot, et compte bien mettre un nouveau plan à exécution.

Alors que le professeur Grumman dirige une expérience visant à transporter la ville de Tokyo dans une autre dimension, Chihiro et ses amis se lancent à l’assaut du Q.G de la Fondation AVAL. Les Élus écarlates parviendront-ils à sauver le monde, et à quel prix ?