울트라맨에 동화되어 괴수를 물리친 지 수십 년. 하야타 신은 지구를 노리는 새로운 위협을 깨닫는다. 그리고 그의 아들 신지로가 범상치 않은 능력을 보이기 시작한다.

신지로를 구하는 대신 치명적인 공격을 당하는 신. 프로토슈트의 힘은 여기가 한계인가? 위기의 그 순간, 신지로가 아버지를 구하기 위해 미지의 강적 앞에 뛰어든다.

과특대의 일원이 된 제튼 성인, 에드. 그가 신지로에게 충격적인 진실을 들려준다. 베무라를 필두로 강력한 외계인들의 표적이 된 지구. 신지로가 선택의 갈림길에 선다.

식인 외계인을 말살하는 작전에 투입되는 신지로. 하지만 적이 번화가로 도망치고, 수많은 시민이 위험에 처한다. 새로운 울트라맨은 자신의 실수를 만회할 수 있을까?

끔찍한 살인 사건이 연달아 발생한다. 현장에서 발견되는 기묘한 흔적. 과특대와 경찰의 수사가 진행되는 가운데, 모로보시는 신지로와 함께 외계인의 마을을 방문한다.

울트라맨으로 싸운다는 것은 무엇을 의미할까. 신지로가 살인 외계인을 죽이는 일을 주저하자, 모로보시는 더욱 차가워진다. 신은 고민에 빠진 아들에게 조언을 들려준다.

말살 대상 외계인과 벌이는 일전. 막다른 궁지에 몰린 신지로가 잠재된 능력을 각성한다. 경찰이 연쇄살인 사건을 계속 추적하는 사이, 레나는 대규모 콘서트를 준비한다.

레나의 콘서트에 아다드라는 외계인이 난입, 울트라맨에게 대결을 신청한다. 순식간에 아수라장으로 변하는 현장. 그 와중에 베무라까지 등장하며 상황은 더욱 복잡해진다.

마침내 세이지의 정체가 드러난다. 외계인과 인간이 공존하는 지구라는 꿈, 어디까지 믿어야 할까? 의심이 가시지 않는 가운데, 세이지가 과특대에 한 가지 제안을 한다.

울트라맨의 힘을 두고 신지로, 모로보시와 정면충돌하는 세이지. 어떻게 써야 진정한 정의란 말인가? 고민에 빠진 신지로 앞에 레나가 나타나 한 가지 메시지를 전한다.

12년 전의 비행기 폭파 사건, 그 이면의 놀라운 진실이 드러난다. 복수심을 불태우며 적진에 뛰어드는 세이지. 과학특수대와 울트라맨들이 그를 보호하기 위해 출동한다.

지금까지와는 차원이 다르다. 강력한 외계인 용병 부대에 울트라맨들이 고전하고, 신지로는 힘의 차이를 절감한다. 과연 그는 또 한 번 자신의 한계를 뛰어넘을 수 있을까?