Δεκαετίες αφότου ο Σιν Χάγιατα έγινε ένα με τον Ούλτραμαν, μαθαίνει για μια νέα απειλή για τη Γη. Ο γιος του, Σίντζιρο, δείχνει επίσης σημάδια υπερφυσικής δύναμης.

Φορώντας στολή, ο Σιν τραυματίζεται βαριά, καθώς σώζει τον Σίντζιρο από την επίθεση του Μπέμλαρ. Απελπισμένος, ο Σίντζιρο επιστρέφει για να σώσει τον πατέρα του.

Με τον Μπέμλαρ να ανοίγει τον δρόμο για επιθέσεις άλλων εξωγήινων στη Γη, ο Έντο της ΕΕΕΟ ζητά από τον Σίντζιρο να αναλάβει τον ρόλο του Ούλτραμαν.

Ο Σίντζιρο αναλαμβάνει μια αποστολή να εξοντώσει έναν εχθρικό εξωγήινο, αλλά ο στόχος του διαφεύγει μέσα στην πόλη, θέτοντας σε κίνδυνο χιλιάδες πολίτες.

Αφού ανακαλύπτει ενδείξεις εξωγήινης εμπλοκής σε μια σειρά περίεργων φόνων, ο Μορόμποσι, πράκτορας της ΕΕΕΟ, επικοινωνεί με έναν πληροφοριοδότη σε έναν θύλακα εξωγήινων.

Η απροθυμία του Σίντζιρο να εκτελέσει επικίνδυνους εξωγήινους προβληματίζει τον πράκτορα Μορόμποσι. Ο Σιν λέει στον γιο του τι σημαίνει πραγματικά να είσαι ο Ούλτραμαν.

Εκεί που ο Σίντζιρο δυσκολεύεται στη μάχη του εναντίον ενός εχθρικού εξωγήινου, ενεργοποιεί μια κρυμμένη δύναμή του. Η Ρένα ετοιμάζεται για μια μεγάλη συναυλία.

Στη συναυλία της Ρένα, ο εξωγήινος πράκτορας Αντάντ ζητά να συναντήσει τον Ούλτραμαν. Τα πράγματα πηγαίνουν από το κακό στο χειρότερο, όταν παρεμβαίνει ο Μπέμλαρ.

Ο Σέιτζι ονειρεύεται τη μέρα που οι εξωγήινοι θα είναι αποδεκτοί στη Γη. Ελπίζοντας να παλέψει για αυτόν τον σκοπό, ζητά από την ΕΕΕΟ να τον προσλάβουν.

Ο Σέιτζι διαφωνεί με τον Σίντζιρο και τον Μορόμποσι για τον τρόπο που χρησιμοποιεί τις δυνάμεις του. Η Ρένα ζητά από τον Σίντζιρο να δώσει στον Ούλτραμαν ένα μήνυμα.

Ο Μορόμποσι, ο Σίντζιρο και η ΕΕΕΟ αποφασίζουν να στηρίξουν τον Σέιτζι στην αποστολή του να τιμωρήσει τους υπεύθυνους μιας αεροπορικής τραγωδίας πριν από 12 χρόνια.

Οι τρεις Ούλτραμαν δυσκολεύονται στη μάχη εναντίον των μισθοφόρων, αλλά εκεί που φαίνεται να χάνεται κάθε ελπίδα, οι αδρανείς δυνάμεις του Σίντζιρο αφυπνίζονται.