עשרות שנים אחרי שהתמזג עם אולטרמן, שין האיאטה שומע על סכנה חדשה שמאיימת על כדור הארץ. בנו שינג'ירו מגלה גם הוא סימנים של כוחות על-אנושיים.

שין, שעוטה את חליפת האב, נפצע אנושות בניסיון להגן על שינג'ירו מפני תקיפתו של במולאר. שינג'ירו הנואש חוזר להציל את אביו.

כשבמולאר סולל את הדרך לחייזרים נוספים שמבקשים לתקוף את כדור הארץ, סוכן הצחמ"ם אדו מבקש משינג'ירו להיכנס לתפקיד אולטרמן.

סוכן הצחמ"ם מורובושי מגלה הוכחה למעורבות חייזרית בשרשרת של מקרי רצח מוזרים ופונה למודיע שגר בעיר של חייזרים.

הסתייגותו של שינג'ירו מחיסולם של חייזרים קטלניים מדאיגה מאוד את הסוכן מורובושי. שין מסביר לבנו את המשמעות האמיתית של תפקיד אולטרמן.

במהלך קרב נגד חייזר עוין, שינג'ירו מגלה נחישות ומפעיל כוח חבוי. רנה מתכוננת להופעה גדולה.

בהופעה של רנה, חייזר שמציג את עצמו כסוכן בשם אדד דורש להתעמת עם אולטרמן. והמצב רק מידרדר כשבמולאר נכנס לתמונה.

שינג'ירו חושש שתלמיד כיתה ט' חשף את הכיסוי שלו, ומופתע כשחקיין של אולטרמן נחלץ לעזרתו בקרב.

סג'י חולם על יום שבו החייזרים יתקבלו בזרועות פתוחות בכדור הארץ. בתקווה להילחם למען מטרה זו, הוא מבקש להצטרף לצחמ"ם.

סג'י נקלע לעימות מתוח עם שינג'ירו ועם מורובושי לגבי השימוש בכוחותיו. רנה מבקשת משינג'ירו למסור הודעה לאולטרמן.

מורובושי, שינג'ירו וכוח של הצחמ"ם נשלחים להגן על סג'י שיצא לנקום באחראים לפיצוץ טרגי של מטוס לפני 12 שנים.

שלישיית אולטרמן מפסידה בקרב נגד שכירי החרב, אבל בדיוק כשהמצב נראה אבוד, כוחו הרדום של שינג'ירו סוף סוף מתעורר.