総理大臣になった泰山(遠藤憲一)は、失言した大臣を辞任させるというプレッシャーのためか、国会での答弁中、痛んでいた歯がさらに痛みを増す。一方、息子の翔(菅田将暉)の頭上にフライパンが激突し、二人の心と体が入れ替わっていた。突然総理大臣になってしまった翔は、父に代わって国会での答弁に対応するため、秘書の貝原(高橋一生)らと立ち居振る舞いを正す特訓をする。

心と体が入れ替わった泰山（遠藤憲一）と翔（菅田将暉）。泰山は、国会の予算委員会で漢字の読み間違えを頻発し、世間から“ムノー総理”というレッテルを貼られる。そんな中、ウズラスキスタン国大統領が来日。あいさつから失態を犯した泰山を見かねた翔は、翌日のおもてなし外交にかばん持ちとして同席する。

入れ替わりの原因を突き止めようとした泰山（遠藤憲一）と翔（菅田将暉）は、ある共通点に気付く。そんな中、泰山に人気番組「夜まで生ニュース」への出演依頼が舞い込む。テレビ討論の相手が蔵本（草刈正雄）だと知った翔は、政権奪還をもくろむ蔵本が入れ替わりを計画したと考え、たたきつぶそうとする。

突然、真衣（本仮屋ユイカ）が泰山（遠藤憲一）の秘書を辞めたいと言いだす。真衣の会社から紹介したシングルマザーが急に解雇通告を受けたため、力になりたいという。焦った泰山から問題を解決してほしいと頼まれた翔（菅田将暉）は、シングルマザーが働く会社を訪れるが、親身にならない翔に真衣が絶交を言い渡す。

泰山（遠藤憲一）と翔（菅田将暉）に遠隔操作で爆破できるチップを埋め込んだ歯科医が、ジャカランダ・フリースクールの理事長と接触したことが判明。その理事長が真衣（本仮屋ユイカ）の知り合いだと知った翔は、泰山をフリースクールの視察に向かわせる。理事長に不審感を抱く翔は、新田（山内圭哉）に調べさせる。

インターネットの拡散力を利用した泰山（遠藤憲一）に対するネガティブキャンペーンが展開され、支持率や株価にまで悪影響が出てしまう。しかも、情報源は身内からのリークである可能性が高いことが判明。そこで翔（菅田将暉）は、狩屋（金田明夫）らに仕掛け人を捜させ、緊急記者会見で弁明しようとする。

新田（山内圭哉）は、泰山（遠藤憲一）と翔（菅田将暉）の体を完全に元に戻すよう、脳波ジャックのオペレーターに命じるが、パスワードが書き換えられていた。なんとしても黒幕にたどり着きたい翔は、ある人物と関係があり、この状況で得をする共和党党首・冬島（猪野学）を疑い、事務所に忍び込み証拠をつかもうとする。