连续两届总大理大臣上任半年就下台，民政党支持率落入历史最低点，陷入战后第三次政权交替危机。在这样的危机时刻，总裁候选人武藤泰山借助党内元老城山和彦的力量，终于登上总理宝座。在赤坂高级俱乐部，泰山和多年盟友狩屋孝司、公派第一秘书贝原茂平举杯庆祝，贝原叮嘱泰山千万别被儿子翔的事拖了后腿。武藤翔对于地位、权力没有兴趣，讨厌不顾家庭的泰山，自从上了大学后就不再回家，而是借住在开在鱼龙混杂之地的餐馆暗云屋厨房。泰山前往探视，却看到翔和半裸的女人手拉手。翔对于父亲成为总理一事无动于衷，泰山叮嘱他别惹事后离开。第二天早上，泰山就接到了产经大臣江见失言的报告。城山要让江见辞职，泰山很为难,时他本来就疼的臼齿越发疼起来。另一方面，翔在暗云厨房与两个黑道对峙。原来，店主暗云渡借了钱却不能偿还。正在这时，翔暗恋的前辈南真衣与后辈村野绘理香来到店里，翔本想打发走追债人，却意外被平底锅砸到，感到一阵剧痛。清醒过来的翔发现自己站在预算委员会大厅正中间，环顾周围全是表情严肃的大叔。翔不明所以，而在周围的人眼中，他就是总理泰山。感到事有蹊跷的委员长宣布休息。翔趁此机会向总理私邸跑去。这时，本应在预算委员会的泰山却在暗云厨房醒了过来，被真衣、绘理香等陌生人围在当中。思考回路完全停止工作的泰山慌忙跑到镜子前，镜中映出的却是儿子的面容。泰山大惊失色，冲向私邸，却遇到了以自己的身体出现的翔。原来两人发生的灵魂互换。泰山和翔成功地让狩屋和贝原相信了此事，但是，为什么会互换、该不该去医院、要不要让国防大臣了解这件国家头等大事，面对这一连串问题，不知如何才能恢复原状的泰山父子首先为应付明天的局面开始练习。第二天，贝原陪泰山到暗云厨房，帮暗云解决财务问题。与此同时，在办公室与精神崩溃的江见大臣谈过话后，翔面对记者做了出人意料的发言。而在银行面试上，泰山侃侃而谈，把面试官和银行高层教训了一番后扬长而去。

　　灵魂互换后,没正经好好学习过的翔刚一履行总理大臣的职务,就因为连连念字而招致议员们的嘲笑，藏本和政治评论家小中寿太郎在电视节目中大肆抨击武藤总理，民间则管武藤总理叫“无能总理”。武藤内阁才成立18天便面临解散的危机。就在武藤阵营陷入背水一战的境地时，乌兹拉斯克斯坦总统加德纳造访日本。为了谈成某金属的进口合同以扭转败局，武藤内阁要以VIP的规格招待加德纳。虽然很厌恶这种政治把戏，翔仍不得不加紧学习外交技巧，以便与加德纳谈判。但是，双方刚一见面，翔把“How are you”错说成了“Who are you”，造成重大外交失误，国民支持率急剧下降。饱受泰山等人指责的翔越发讨厌当总理了，干脆躲进房间不出来。为了提高翔的士气，茂平提出让南真衣来当实习秘书。果然，翔中了茂平的巧计，只好心不甘情不愿地参与“招待乌兹拉斯克斯坦总统”的计划，泰山也以随员的身份合程陪同。在偶像演唱会、相扑道场，翔三番两次出错，令加德纳对他的印象越来越差。然而谈判之前，在寿司店，翔所拿的有卡通人物“蓬蓬菌”图案的手帕勾起了加德纳对童年往事的回忆，形势出现逆转。就在泰山、茂平、狩屋庆祝金属进口合同顺利达成时，警视总监小峰义郎派来的新田报告了一个重要情报，令众人大吃一惊。

　　公安部门传来情报，有人利用世界最尖端的科学技术武器制造了泰山和翔的“灵魂”互换事件。防卫省的技术本部检查的结果是，二人体内被植入了能操控脑电波的芯片。而泰山和翔一周前曾在同一间牙科诊所拔过智齿。很快对丸山田齿科的情况调查表明，这间诊所已经关门，丸山田院长家也是人去楼空。同时，丸山田偿还了巨额赌债，令人不禁怀疑有某个大组织在幕后操纵此事。而由于一旦强行拔取芯片可能引起爆炸，所以泰山和翔只能暂时维持现状。这时，泰山（灵魂是翔）收到参加某人气辩论节目的邀请。一听说辩论的对手就是宪民党的藏本志郎，泰山立刻怀疑一系列怪异事件的幕后黑手就是藏本。他推测藏本是要趁武藤父子灵魂互换之机在公开节目上驳倒泰山，从而达到夺取政权的目的。泰山团队决定假装中了藏本的圈套，然后出其不意一举打败藏本，并请南真衣协助为总理设计新选型。在节目现场，戴着耳机由秘书和父亲场外遥控的翔精疲力尽，一直相信泰山是天生的政治家的狩屋孝司鼓励他坚持下去。接下来的直播中，在场遥控的泰山失言，令翔陷入困境。摘掉耳机的翔利用自己熟悉底层青年生活现状的优势，让藏本哑口无言，获得了观众的支持。另一方面，翔（灵魂是泰山）为了取得学分来到大学。在那里，他遇到了村野绘理香，对方邀请他参加当晚举行的生日派对。被绘理香的美貌迷住的翔（灵魂是泰山）高高兴兴地跑去赴约。他与绘理香的追求者发生冲突，新田理现身替他解围。新田理报告，藏本的秘书真锅曾在聚会上出现。正当翔（灵魂是泰山）欲与绘理香亲热时，对方一语道破了泰山父子“灵魂”互换的秘密。

从CIA盗取脑波替换技术的人落网，但那人也是被收买的。根据有关部门掌握的情报显示，在武藤泰山和武藤翔体内植入芯片的丸山牙科院长曾和某人接触过。那个人就是名为“蓝花槛”的免费学校的理事长黑川正吉。听说过去南真衣曾邀请翔加入“蓝花槛”的志愿者后，泰山以翔的名义与真衣联络，让她准备武藤总理视察免费学校的事宜。在“蓝花槛”免费午餐会当天，泰山有意实施监禁并审问黑川的野蛮计划。但是，根据新田理的调查，黑川和丸山田从小就是朋友，他和脑波互换事件并无关系。而且，“蓝花槛”因为资金困难不久后即将关闭。为了在“蓝花槛”看到的孩子们，翔觉得无论如何也得让它经营下去，去找泰山和茂平商量。但是，他们告诉翔，国家财政困难，再加上援助不固定的免费学校组织在现行法律上定位模糊，因此政府无能为力，翔对此完全不能接受。当被翔质问“如果连眼前有困难的人一点也帮不上，那算什么政治？”时，泰山等大人无言以对。另一方面，泰山代替翔到求职的第一志愿公司“agri fraditional”接受面试。在得知儿子想进这家公司的动机是“听说这是一家守护日本古老优秀的饮食文化传统的公司”后，泰山为帮他达成心愿在面试中使出浑身解数。然而，听面试官说出了与翔想像的一样的公司现状后，泰山又忍不住当场教训起面试官来。泰山和翔以各自的立场和方法，为了蓝花槛的存续行动起来。在拯救免费学校的过程，泰山也重新体会到了自己当年投身政界的初心。然而，就是在他们看不到的地方，一个撼动世界的大阴谋正在悄然进行中。

为募捐而举行的向着国会议事堂呼喊梦想的“黄帽子”活动在青年学生中广为流行，蓝花槛的资金困难问题也得以解决。看到武藤内阁的支持率上升，泰山总算能暂时放心了。而且，随着调查不断深入，新田理离找出制造脑波互换事件的真凶越来越接近了，翔也为事件向着好的方向发展而开心。不久，网络上突然出现了抹黑武藤内阁的舆论，恶意评论和邮件层出不穷，显然是被人操纵了。武藤内阁的支持率直线下降，股价也随之下跌，党内各位大佬极为不悦。泰山和狩屋等人为了找到恶评的幕后主使而竭尽全力，既怀疑如今休战结盟的政敌藏本志郎，又怀疑是内部有人泄露情报，大家疑心生暗鬼，搞得人心惶惶。就在此时，泰山和翔的身体和脑波突然恢复正常，众人欣喜若狂，新田理却指出，这只是暂时现象，无法预测何时会再次被互换。为了找到恶意报道和泄露情报的犯人，泰山等人全力出击。他们把南真衣锁定为重点怀疑对象，但翔坚持认为真衣不是犯人。在做好了以泰山的面目认真替父亲完成作为总理的职责的心理准备后，翔决定与真衣联系。泰山则将在电视直播中对全体国民发表演说，澄清谣言。正当翔向真衣说出重要的话，泰山在电视演说中向国民演讲之时，二人的脑波再次互换。因为翔的失态，电视直播草草收场。与此同时，泰山的怪异举止把南真衣吓得落荒而逃。通过追踪器，真田理找到了操纵脑电波的基地。就在南真衣质问利用她抹黑总理的记者村井美雪时，二人遭到狙击，泰山、翔、新田理等及时出现，但翔为了保护南真衣而中弹受伤。新田理控制了操纵脑电波的技术人员，可以让泰山和翔恢复正常，然而，翔生命垂危，如果此时换回身体泰山将有性命之忧。

翔为救南真衣中弹，生命垂危，而为了拯救濒临死亡的儿子，泰山决定操作脑波互换，回到自己的身体。狩屋和绫含泪见证这一过程，大家都做好了泰山可能死掉的心理准备。但是，对手似乎早有防犯，事先改变了脑波操纵装置的密码，泰山的努力以失败告终。就在众人绝望之时，翔奇迹般的苏醒了。听了真衣讲的向记者村井提供情报的前因后果，特别是村井的USB中存了大量与互换事件有关人员的姓名和银行帐号，泰山等人相信与民政党结盟的共和党议员中有可疑人物，于是，多方调查欲找出此人。不久，他们查到共和党党首冬岛一光与村井有亲密关系。泰山在藏本志郎、村野绘理香的陪伴下，潜入冬岛的事务所搜集证据。他们找到了冬岛与神秘政治组织珠穆朗玛会勾结、掉换泰山等人脑电波的证据，这时，冬岛及其手下突然出现，将证据抢回。就在冬岛自鸣得意之时，化妆潜伏的新田理将其抓获。另一方面，翔着手调查村井不得不向冬岛倒卖情报的理由。原来，身为记者辛苦工作的村井被掌握了她的弱点冬岛追求，正在那时，她的儿子遭遇重大事故，靠冬岛的关系才得以接受手术。手术虽然成功，但村井的儿子大地因为得不到母亲安慰而出现创伤后应激障碍。翔恳求父亲释放村井，让她们母子团圆。通过村井的事，泰山回想起了自己从政的初衷，向翔保证会尽全力改变充满不安因素的日本社会。首脑峰会即将举行，在为美国总统举行欢迎仪式时，翔和泰山、绘理香和藏本的脑波恢复正常。原来，新田理终于解开了密码。就在众人举杯庆祝时，贝原茂平宣布了令人意外的重大消息。

泰山父子终于恢复正常，但是，就在此时，秘书贝原茂平宣布他将追随城山和彦离党并重组新党，同时承认除南真衣之外第二个泄露总理情报的人，这让泰山阵营又陷入了绝境。脱离民政党的城山组建新党“前进党”，并马上提出对武藤内阁的不信任案。国会通过提案，泰山内阁面临要么在十日内总辞职，要么解散众议院重新进行总选举的两难决择。泰山有意选择进行总选举，向国民询问自己的信用状况，但是，遭到幕僚们的强烈反对，大家宁可总辞职。最后决定与城山以首相指名选举一决胜负。大家都为收集在党内和众议院内泰山到底能取得多少票的情报而奔走，但是正如预想的，票数没有增加。另一方面，城山很顺利地收集了选票，甚至连藏本志郎被他拉了过去。为了让内阁起死回生，泰山想出了一个计划，而明白父亲心意的翔也与南真衣一起帮助他。指名首相选举之日也是翔参加最终面试的日子，泰山父子各自为了理想而战。唱票结果公布，泰山获得半数以上选票，当选第101届总理大臣，然而，泰山随即宣布了一个出人意料的决定。