L'équipe mène une opération d'infiltration afin de s'assurer qu'une bombe ne finisse pas entre de mauvaises mains. Une course contre la montre est lancée.

Alors que l'équipe enquête sur un vol meurtrier qui a permis aux tueurs de se procurer une cache d'armes automatiques, ils découvrent que l'un des criminels est un camarade de classe du fils de Jubal, qui est peu enclin à coopérer.

L’équipe enquête sur une série d’assauts brutaux tandis que OA cache des informations sur l'agression qu'il a lui-même subie. Le détective Chavez du NYPD traque également les auteurs de l'attaque contre OA.

Lorsqu'un riche comptable est abattu pour avoir témoigné secrètement contre un baron de la drogue notoire, l'enquête conduit Tiffany à demander l'aide d'un ami qui était auparavant avec le NYPD.

Alors que l’équipe essaye de secourir un enfant de 5 ans kidnappé, Scola suspecte la mère du garçon de ne pas tout leur dire quant à la raison pour laquelle son enfant a été pris pour cible.

Maggie revient d'un congé de maladie à temps pour aider l'équipe à enquêter sur deux homicides : un étudiant en droit sur le point d'aller à l'Académie du FBI et un jeune homme avec de possibles liens avec un gang. De plus, une révélation par inadvertance de Maggie fait craindre à OA qu'elle ne se précipite trop rapidement dans le travail.

Lorsqu'un cambriolage meurtrier arme les tueurs avec suffisamment de nitrate d'ammonium pour construire une énorme bombe, l'équipe découvre un lien avec un groupe terroriste que Maggie s'efforce d'infiltrer.

Un adolescent se présente au siège du FBI avec un gros sac de fentanyl, demandant la protection de l'équipe contre les hommes qui ont tué son père. Par ailleurs, Nina vient voir Scola avec une proposition qu'il hésite à accepter.

L'enlèvement d'une jeune femme ramène l'équipe à une affaire classée remontant à 18 ans, ce qui pousse Isobel à renouer avec son ancien partenaire Jake Reed pour tenter à nouveau de résoudre l'une de ses premières affaires au Bureau.

L'équipe se met en action lorsque Kelly Moran, analyste du JOC, est prise en otage.

Après qu'une mystérieuse arme biologique a fait deux morts et un blessé parmi les employés du métro, l'équipe se précipite pour déterminer qui est derrière l'attaque et l'emplacement de leur prochaine cible. Par ailleurs, les démons du passé de Jubal commencent à faire surface lorsque l'affaire sous haute pression coïncide avec la dernière alerte médicale de Tyler.

L'équipe enquête sur le meurtre d'un informateur professionnel après qu'il a été retrouvé mort devant une usine désaffectée à Red Hook. De plus, Maggie renoue avec un ancien collègue et mentor.

Après une série de vols à main armée visant diverses entreprises, l'équipe enquête sur un suspect qui les mène à quelque chose de beaucoup plus grand. De plus, OA s'inquiète pour son avenir lorsque ses investissements commencent à se dégrader.

Lorsqu'un agent de sécurité diplomatique qui n'était pas en service est tué par balle à New York alors qu'il tentait d'appréhender quelqu'un, l'équipe enquête pour savoir s'il y a un lien avec son temps de travail en Croatie.

La fusillade d'un agent correctionnel fédéral conduit l'équipe à un ex-Marine qui est devenu un voyou depuis son retour d'Afghanistan. La sœur de Tiffany se tourne vers elle pour obtenir des conseils lorsque leur jeune frère commence à se déchaîner.

Pour aider Scola dans sa mission d'infiltration pour trouver les terroristes soupçonnés d'être à l'origine de l'attaque imminente à New York, Maggie fait appel à Remy , dont le bien connecté un informateur d'un cas antérieur peut être essentiel pour faire avancer l'opération. Partie 2 d'un crossover avec FBI International S02E16 et FBI : Most wanted S04E16.

Lorsque le commandant adjoint d'une base de la Garde nationale aérienne est kidnappé et contraint de donner des codes d'accès, l'équipe doit travailler rapidement pour retrouver le suspect ainsi que les munitions volées. De plus, Scola remet en question sa propre sécurité à la suite d'une récente expérience traumatisante.

Lorsqu'un camionneur est abattu après un voyage de routine depuis le Canada, tous les signes indiquent à l'équipe un criminel notoire figurant sur la liste des terroristes les plus recherchés du FBI. De plus, Jubal se retrouve a travailler avec un vieil ami et collègue, le détective Jack Lombardo.

Un trafiquant de drogue est abattu dans un parc fédéral et l'équipe part à la recherche de son assassin. La sœur de Maggie revient à New York et complique l'affaire.

Tous les yeux sont tournés vers l'équipe lorsqu'ils tentent de découvrir qui a kidnappé l'enfant unique d'un sénateur américain de premier plan. L'enlèvement révèle également un lien potentiel avec une affaire similaire qui a été mise de côté par les autorités locales.

Après avoir trouvé un groupe d'adolescents morts d'une overdose de drogue, l'équipe se précipite pour trouver le dangereux revendeur et son fournisseur. Pendant ce temps, OA se demande où il en est dans sa foi.

Lorsqu'un médecin éminent est retrouvé mort lors d'un meurtre rituel, l'équipe doit courir contre la montre pour traquer un tueur en série aux motivations religieuses. De plus, Scola fait face à une décision de vie ou de mort.