Het team draait om wanneer hun geheime operatie om een ​​enorme bom van een illegale makelaar te beveiligen, hen ertoe brengt te ontdekken dat het apparaat al in verkeerde handen is. Ook wordt de belofte van Jubal om aanwezig te zijn op het verjaardagsfeestje van zijn zoon op de proef gesteld terwijl de zaak steeds meer oplaait.

Wanneer een officier samen met de eigenaar van een pandjeshuis wordt doodgeschoten, probeert het team erachter te komen waarom een ​​jonge, recente Ivy League-drop-out betrokken is bij de misdaad.

Terwijl het team een ​​dodelijke overval onderzoekt die automatische wapens voor de moordenaars opleverde, ontdekken ze dat een van de daders een klasgenoot is van Jubals zoon, die niet graag meewerkt aan de zaak.

Het team onderzoekt een reeks brute aanvallen; OA verbergt informatie over zijn eigen overval.

Wanneer een rijke accountant wordt neergeschoten omdat hij in het geheim getuigde tegen een beruchte drugsbaron, leidt het onderzoek van het team ertoe dat Tiffany om hulp vraagt ​​van een vriend die vroeger bij de NYPD werkte en familie is van de gevaarlijke misdaadbaas.

Terwijl het team probeert een 5-jarig slachtoffer van een ontvoering te redden, vermoedt Scola dat de moeder van de jongen niet openhartig vertelt waarom haar zoon het doelwit was. Nina heeft ook moeite om zich open te stellen voor Scola over zaken in hun relatie.

Maggie keert op tijd terug van ziekteverlof om het team te helpen bij het onderzoeken van twee moorden: een rechtenstudent die op weg is naar de FBI-academie en een jonge man die mogelijk banden heeft met een bende. Ook zorgt een onbedoelde onthulling van Maggie ervoor dat OA zich zorgen maakt dat ze te snel weer aan het werk gaat.

Wanneer een dodelijke vrachtwagenoverval de moordenaars bewapent met genoeg ammoniumnitraat om een ​​enorme bom te bouwen, ontdekt het team een ​​link met een terroristische groepering die Maggie aan het infiltreren is.

Een tiener verschijnt op het hoofdkantoor van de FBI met een grote zak fentanyl, op zoek naar bescherming van het team tegen de mannen die zijn vader neerschoten; Nina gaat naar Scola met een voorstel dat hij aarzelt om te accepteren.

De ontvoering van een jonge vrouw leidt het team terug naar een cold case van 18 jaar geleden, wat Isobel ertoe aanzet om opnieuw contact te maken met haar oude partner Jake en nog een kans te wagen om een ​​van haar eerste zaken op het bureau op te lossen.

Het team komt in actie wanneer analist Kelly Moran wordt gegijzeld.

Nadat een mysterieus biowapen twee MTA-werkers dood en één gewond heeft gemaakt, haast het team zich om te bepalen wie er achter de aanval zit en de locatie van hun volgende doelwit; Jubals demonen uit het verleden beginnen naar boven te komen.

Het team onderzoekt de moord op een professionele informant nadat hij dood is aangetroffen buiten een verlaten fabriek in Red Hook. Ook komt Maggie weer in contact met een oude collega en mentor.

Na een reeks gewapende overvallen op verschillende bedrijven, onderzoekt het team een ​​verdachte die hen naar iets veel groters leidt; OA maakt zich zorgen over zijn toekomst wanneer zijn investeringen fout lopen.

Wanneer een diplomatieke veiligheidsagent buiten dienst wordt neergeschoten in New York City terwijl hij probeert iemand te arresteren, onderzoekt het team of er een verband is met zijn tijd in Kroatië.

Het neerschieten van een federale correctieofficier leidt het team naar een ex-marinier die sinds zijn terugkeer uit Afghanistan schurkenstaten is geworden; Tiffany's zus zoekt hulp bij haar als hun jongere broer begint uit te halen.

Om Scola te helpen bij zijn undercovermissie om de terroristen te vinden die vermoedelijk achter de aanstaande aanslag in New York City zitten, roept Maggie de hulp in van Remy, wiens goed verbonden informant uit een eerdere zaak de sleutel kan zijn om de operatie vooruit te helpen.

Wanneer een vrachtwagenchauffeur wordt neergeschoten na een routinereis vanuit Canada, wijzen alle tekenen het team naar een bekende crimineel op de lijst van meest gezochte terroristen van de FBI. Ook gaat Jubal aan de slag met een oude vriend en collega, rechercheur Jack Lombardo.

Een drugsdealer wordt neergeschoten in een federaal park en het team gaat op zoek naar zijn moordenaar; Maggie's zus keert terug naar New York en maakt de zaak ingewikkelder.

Alle ogen zijn gericht op het team wanneer ze proberen te achterhalen wie het enige kind van een prominente Amerikaanse senator heeft ontvoerd. De ontvoering legt ook een mogelijk verband bloot met een soortgelijke zaak die door de lokale autoriteiten aan de kant is geschoven.

Na het vinden van een groep tieners die dood zijn door een overdosis drugs, haast het team zich om de gevaarlijke dealer en zijn leverancier te vinden. Ondertussen vraagt ​​OA zich af waar hij staat in zijn geloof.

Wanneer een prominente arts dood wordt aangetroffen bij een rituele moord, moet het team een ​​race tegen de klok voeren om een ​​religieus gemotiveerde seriemoordenaar op te sporen. Ook staat Scola voor een beslissing op leven of dood.