עונה רביעית לדרמת החקירות העוקבת אחרי מה שקורה בתוך האף-בי-איי בניו-יורק. יחידת העילית ישתמשו בכל היכולות, הכישרונות, החכמה והמומחיות שבידיהם כדי לשמור על תושבי העיר והמדינה. פרק קרוסאובר עם "אף-בי-אי: המבוקשים 3 - פרק 1".

צוות החוקרים במרוץ נגד הזמן למצוא האקר שהשתלט על מערכת בתי החולים לילדים בעיר והשבית את כולם, כולל בית החולים בו מאושפז בנו של ג'ובל.

חברי הצוות חוקרים שני פיגועים במבנים ממשלתיים והחקירה מובילה אותם למועדון של חיילים משוחררים שמתוסכלים מהמערכת שנטשה אותם עם שחרורם.

הצוות מחפש אחר רוצח סדרתי שרוצח גברים צעירים וחסרי בית. החקירה מסתבכת כשנדמה שאחד החשודים קרוב לאחד החוקרים.

הצוות במרוץ נגד הזמן כדי להציל אישה שנחטפה מביתה. במקביל, בעקבות לחצים מצד מונה, עומאר מתלבט לגבי עתידו בסוכנות.

היחידה מתחילה לחקור אירוע ירי בשוטר. כאשר שוטר נוסף נורה, הם חוששים כי מדובר ברוצח סדרתי.

לאחר חטיפת ילדה קטנה ממעון ביתי, הצוות במרוץ נגד השעון להשבתה להוריה. במקביל מגי מתמודדת עם בעיה אישית.

לאחר רצח של יצרן פצצות, הצוות מגלה שפצצה הגיעה לידיהם של חברי ארגון סוציאליסטי קיצוני שאחד מהם קשור לאלמנה של קורבן מפיגועי 11.9.

לאחר שמישהו יורה ברינה ופוצע אותה קשה, הסוכנים מגלים שמישהו החליט לרדוף אחר הצוות כולו ומשפחותיהם.

הצוות חוקר סדרת מעשי שוד שהסלימו לרצח. הם מגלים כי מעורב בהם נער בן 16 שמנסה לשרוד בתוך מערכת האומנה.

לאחר שמדווח על חטיפתה של בחורה בת 19, הצוות יוצא למרוץ נגד הזמן במטרה למצוא אותה לפני שיהיה מאוחר מדי.

מגי חודרת כסוכנת סמויה לבר במטרה למנוע פיגוע של פעילים קיצוניים כנגד מטרות ממשלתיות.

הצוות חוקר אפשרות פשע שנאה כנגד שני אחים פקיסטניים ואיי-או מוצא את עצמו בין האימאם של המסגד שלו ובין סוכן נוסף ממוצא מוסלמי שמסוכסך עם האימאם.

הצוות חוקר קבוצת נשק קיצונית לאחר שהופצץ בניין של קרן שמקדמת חוק נגד נשק; ובאשר מציעה לאו-איי אפשרות לקידום

הצוות מבין שיש להם רוצח סדרתי חוצה מדינות על הידיים; למקרה יש קשרים עם אביה של איזובל, רוברט, והמלון שלו, מה שהוביל לגילויים על מערכת היחסים השבורה שלהם.

לאחר שסוכן הגירה נורה למוות במשחק הוקי, הקבוצה מנסה למצוא את היורה, שלדעתם מכוון גם לחבר הקונגרס קרטיס גראנג', שהיה באותו משחק.

כאשר זוג צעיר נמצא נרצח בפארק בעיר ניו יורק לאחר שחזר מחופשה, הצוות מחפש אחר חשוד הקשור לסחר בסמים. כמו כן, סקולה פותח דף חדש בכל הנוגע למערכות היחסים שלו.

או-איי נאלץ להתמודד עם אחד הפחדים הגדולים שלו כשהצוות מגלה שייתכן שגז סארין קטלני נמכר לטרוריסטים.

כשמארחת תוכנית בוקר נרצחת בתוך ביתה, הצוות עוקב אחר הרוצח, והם מבינים שהוא מכוון לנשים חזקות. כמו כן, הדברים הופכים למסורבלים עבור סקולה כאשר הסוכנת המיוחדת נינה צ'ייס הופכת לחלק מהצוות במהלך ההחלמה של מגי.

רצח של סוכנת של רשות אבטחת התעבורה מוביל את הצוות לצוד רוצח שמעביר סמים דרך שדות התעופה. כמו כן, או-איי נאבק עם יום השנה ה-10 למותו של חברו לצבא באפגניסטן.

כשסוכן לשעבר של מנהל לאכיפת סמים נרצח באמצע הרחוב, הסוכנים מנסים לגלות אם לרצח יש קשר כלשהו לעברו