Après qu'une jeune femme ait été tuée sur le chemin du retour d'une somptueuse fête sur un yacht, l'équipe enquête pour savoir qui elle était et comment elle s'est retrouvée à cet événement, auquel participaient certaines des personnes les plus influentes du monde. Maggie fait également appel à Crosby après que le suspect du meurtre ait été identifié comme un vétéran ayant participé à plusieurs opérations militaires avec ce dernier. Partie 1 d'un crossover avec FBI : Most Wanted (S03E01) et FBI : International (S01E01).

Maggie, OA et l'équipe doivent arrêter un pirate informatique qui désactive des équipements vitaux dans plusieurs hôpitaux de New York, tout en exigeant une enquête complète sur les patients récemment décédés d'un établissement psychiatrique local. Le fils de Jubal Valentine est en attente d'une intervention chirurgicale importante dans l'un des hôpitaux concernés, et Jubal tient à rester impliqué dans l'affaire malgré les réserves d'Isobel.

Après que l'équipe ait découvert un lien entre des attentats à la bombe perpétrés dans des agences gouvernementales et un club privé d'anciens combattants à New York, Isobel demande à OA de recruter son ancien camarade de l'armée, Chris Zapata, pour obtenir des informations puisqu'il passe du temps au club. Cependant, connaissant les difficultés que rencontrent souvent les soldats comme Chris pour retourner à la vie civile, OA hésite à suivre les ordres.

L'équipe chasse un tueur en série qui s'en prend à de jeunes hommes sans abri. Pendant ce temps, Tiffany et Scola ne sont pas d'accord sur la façon de gérer l'affaire et sur la différence entre partenaires et collègues.

Après l'enlèvement d'une banlieusarde à son domicile, l'équipe se penche sur les ébats des deux côtés d'un mariage apparemment parfait. De plus, OA ressent la pression de Mona pour faire des changements dans son parcours professionnel.

L'équipe doit traquer un tireur qui vise des officiers du même commissariat et de la même unité, tout en faisant face à une tension croissante de la part du NYPD. De plus, Tiffany découvre que ses origines au sein de la police de New York peuvent influencer sa vision de la situation.

Après l'enlèvement d'une jeune fille dans sa garderie, l'équipe doit aider ses parents à s'acquitter d'une dette envers un gang meurtrier de leur quartier. De plus, Maggie a du mal à se concentrer sur l'affaire lorsque sa sœur, Erin, revient de cure de désintoxication.

L'équipe tente d'obtenir des informations clées d'une veuve vulnérable du 11 Septembre, Hannah Thompson, qui est choquée que son nouveau petit-ami soit le chef manipulateur d'un groupe terroriste qui prépare un attentat. De plus, Scola se souvient de la mort de son frère le 11 Septembre et Tiffany s'inquiète de ses choix émotionnels pendant l'enquête.

Après que Rina ait été grièvement blessée alors qu'elle se rendait au travail avec Jubal, l'équipe découvre avec effroi que c'est Vargas, vengeur, qui a orchestré la fusillade derrière les barreaux et qui continue de s'en prendre aux autres membres de l'équipe et à leurs proches.

Alors que l'équipe enquête sur une série de braquages de bijouteries qui culmine avec un double meurtre, elle découvre un lien avec un garçon de 16 ans qui tente de survivre dans le système de placement en famille d'accueil. En outre, Tiffany s'investit personnellement après avoir appris l'éducation malheureuse de ce garçon.

Alors que l'équipe recherche une étudiante enlevée, Jubal s'efforce d'obtenir des informations vitales du père de la précédente victime du ravisseur. De plus, ce dernier continue à se débattre avec les conséquences de l'état de Rina, ce qui provoque une rencontre tendue avec sa mère.

Maggie travaille sous couverture dans un bar pour enquêter sur un groupe anti-gouvernemental qui s'y réunit régulièrement et dont plusieurs membres sont soupçonnés d'une série d'attentats à la bombe. L'affaire ouvre de vieilles blessures pour elle lorsqu'un père célibataire à la périphérie du groupe commence à craindre de devenir un dommage collatéral.

Lorsqu'un étudiant musulman et son jeune frère sont assassinés, l'équipe prend contact avec l'imam outré de l'ancienne mosquée d'OA, qui affirme que les victimes ont été ciblées à tort comme terroristes. OA doit également reconsidérer sa loyauté lorsqu'il travaille avec un agent antiterroriste musulman déterminé à résoudre l'enquête par tous les moyens.

L'équipe se rend compte qu'elle a un tueur en série international sur les bras, après qu'un autre corps a été retrouvé attaché avec le même nœud sophistiqué que leur victime locale. De plus, l'affaire a des liens avec le père d'Isobel, Robert, et son hôtel, ce qui conduit à des révélations sur leur relation fracturée.

Après la mort d'un agent de l'ICE lors d'un match de hockey opposant l'ICE à la DEA, l'équipe tente de trouver le tireur qui, selon elle, pourrait également viser le membre du Congrès Curtis Grange, qui assistait au même match.

Lorsqu'un jeune couple est retrouvé assassiné dans un parc de New York au retour de vacances, l'équipe recherche un suspect lié au trafic de drogue. Par ailleurs, Scola tourne une nouvelle page en ce qui concerne ses relations.

OA est contraint d'affronter l'une de ses plus grandes peurs lorsque l'équipe découvre que du gaz sarin mortel pourrait avoir été vendu à des terroristes.

Lorsqu'une animatrice d'émission matinale est assassinée chez elle, l'équipe traque le tueur, qui s'attaque aux femmes puissantes. De plus, les choses deviennent gênantes pour Scola lorsque l'agent spécial Nina Chase fait partie de l'équipe pendant la convalescence de Maggie.

Le meurtre d'un agent de la TSA conduit l'équipe à traquer un tueur qui utilise des mules de drogue pour exploiter les points de contrôle de sécurité des aéroports. De plus, OA doit faire face aux conséquences de l'exposition au gaz sarin et au 10e anniversaire de la mort de son ami militaire en Afghanistan.

Lorsqu'un agent de la DEA à la retraite est abattu à l'extérieur d'une boulangerie, l'équipe cherche à déterminer si les affaires passées de la victime ou son emploi actuel de videur sont liés au meurtre. De plus, Nina et Tiffany s'opposent sur l'utilisation d'un informateur alors qu'elles sont en binôme pendant l'enquête.