Het team verwelkomt een nieuw lid, special agent Tiffany Wallace, terwijl ze zoeken naar moordenaars die een massale schietpartij op een mediabedrijf hebben georkestreerd, en de persoonlijke band van OA met de zaak dreigt zijn oordeel te vertroebelen.

Het team haast zich om een actieve seriemoordenaar te stoppen nadat drie vrouwen verzwaard zijn gevonden op de bodem van een meer, en Jubal onderzoekt een oude gesloten zaak nadat er meerdere overeenkomsten zijn met de recente slachtoffers.

Wanneer de leider van een drugskartel en één van 's werelds meest gezochte mannen, Antonio Vargas, door het team wordt opgepakt, komt het hele hoofdkwartier van de FBI in gevaar wanneer zijn handlangers een terroristische dreiging onthullen om hem te bevrijden. Tijdens de onrust moet Isobel de moeilijke beslissing nemen of ze haar geweten of haar carrière wil opofferen.

Een schietpartij op een quinceañera laat twee doden vallen, maar het team gelooft dat dit misschien niet de beoogde doelen waren. Maggie zit ook vast tussen een rots en een harde plek terwijl het team de beste strategie bepaalt om een getuige te gebruiken om de verdachte neer te halen.

Terwijl het team op zoek gaat naar een jong meisje dat tijdens een familievakantie uit een hut is ontvoerd, ontdekken ze dat de ontvoering mogelijk te maken heeft met een skelet in de kast van haar familie. Maggie twijfelt ook aan haar relatie met Nestor als ze ontdekt dat hij niet helemaal eerlijk tegen haar is geweest.

Het team moet infiltreren in een drugshandelbende nadat bij de overval op een chemische fabriek twee douane-agenten om het leven zijn gekomen. Nestor biedt ook zijn hulp in de zaak, waardoor Maggie nieuw inzicht in zijn karakter krijgt.

Nadat een bom drie mensen om het leven heeft gebracht, zet het team een onwillige informant onder druk om informatie te verzamelen van zijn goede vrienden die verdacht worden. Ook vindt OA spanning in zijn relatie met zijn vriendin, Mona, wanneer ze botsen over waar de rechten van de informant liggen.

Wanneer een politieke verslaggever wordt ontvoerd en vastgehouden zonder dat er losgeld wordt geëist, moet het team in haar vroegere relaties graven om het motief van haar aanvaller vast te stellen. Ook komt de relatie van Isobel onder vuur te liggen wanneer de zaak een connectie maakt met haar vriend, Ethan.

Het team moet twee aanvallers opsporen die dierenmaskers dragen tijdens het plegen van gewapende overvallen, waarbij de laatste een buiten dienst zijnde 26 Fed-bewaker dood achterlaat. Ook twijfelen Tiffany en Scola over het al dan niet accepteren van het aanbod van de plaatselijke NYPD om te helpen bij het onderzoek.

Nadat een man is gedood door een explosief pakket dat naar zijn huis is verzonden, probeert het team de afzender te vangen en zijn laatste dodelijke pakket te onderscheppen. Ook probeert Maggie te vertrouwen dat haar jongere zus, Erin, echt uit de problemen blijft als nieuwe student in NYC.

Het team haast zich om twee artsen op te sporen die zijn ontvoerd door een wanhopige vader die alles wil doen om zijn zoon te redden. Ook heeft de onzekerheid van Jubal in zijn gezinsleven invloed op zijn oordeel tijdens de gijzeling.

Wanneer de CEO van een grote beursvennootschap wordt doodgeschoten terwijl hij wordt omringd door demonstranten, onderzoekt het team wie het meeste te verliezen had door de vermeende manipulaties van zijn bedrijf. Ook komen Scola's vorige Wall Street-carrière en de redenen die hij verliet aan het licht naarmate de financiële details van de zaak zich ontvouwen.

Tijdens het onderzoek van een incident met een groot aantal slachtoffers in een restaurant in New York City, probeert het team te bepalen of het racistisch gemotiveerd was en of er meer dan één schutter was. Ook begint Maggie verontrustend gedrag op te merken van haar collega, Elise.

Wanneer vijf prominente mannen worden vermoord in een trendy restaurant in New York City, brengt het onderzoek van het team hen in contact met een luitenant in het kartel van Antonio Vargas, wat leidt tot een langverwachte confrontatie tussen Isobel en Vargas.