Kristen riceve il suo badge e inizia il suo primo giorno come agente sul campo. Il caso diventa personale per OA quando una bomba esplode in un ristorante nel Queens non lontano da dove è cresciuto. Sebbene i colpevoli vengano catturati, le cose si complicano ancora di più quando uno dei testimoni si rivela essere un agente dell'FBI sotto copertura.

Il figlio di una nota blogger viene rapito, costringendo la squadra ad indagare tra i suoi due milioni di follower. Nel frattempo, Kristen continua ad adattarsi alla vita come agente sul campo e Maggie rivaluta il modo in cui ha affrontato la morte di suo marito.

Una donna del congresso in corsa per la presidenza sopravvive a un'autobomba e Maggie e OA devono scoprire se ci sono altre minacce. Mentre la squadra corre contro il tempo per trovare l'autore, scoprono che il motivo del tentativo di assassinio potrebbe non essere del tutto politico.

Un uomo bianco apre il fuoco in una discoteca frequentata prevalentemente da afroamericani, uccidendone uno e ferendone altri, e sembra che l'FBI abbia ignorato le precedenti minacce al locale da parte di un gruppo suprematista bianco. Kristin riflette sul suo dovere di agente dell'FBI e sulle sue responsabilità nei confronti della comunità nera.

Un camionista con un record immacolato e senza nemici viene rapito, ma l'FBI non può determinare il motivo per cui è stato preso di mira finché non si rendono conto che stava trasportando qualcosa in più nel suo camion. Jubel deve prendere una decisione difficile riguardo alla moglie e ai figli divorziati.

Un uomo viene trovato morto in un parco e la squadra indaga sul lato oscuro dell'insider trading quando scoprono che era un informatore che aveva contattato la SEC per un accordo illegale. Le conoscenze interne di Scola come ex trader si rivelano utili quando lui e Kristen passano in rassegna un sospetto pool di banchieri e trader di investimento dalle labbra cucite.

Il team indaga sulle cause di un incidente d'auto che ha posto fine alla vita di un fotografo. Maggie è solidale con la moglie della vittima.

Dopo un alterco con uno studente, l'insegnante Patrick Miller scompare, portando la squadra a indagare su tutti coloro che avrebbero potuto avere rancore nei suoi confronti. Un testimone chiave nel caso si fa avanti per aiutare e Maggie fa tutto il possibile per garantire la sua sicurezza.

Un'ex vittima di rapimento è legata a una serie di omicidi che include la figlia di un detective della polizia. Kristen inizia a dubitare della sue abilità di agente dopo che un errore commesso durante un'esercitazione la lascia scossa.

Un uomo d'affari con precedenti per molestie sessuali viene assassinato. Le indagini della squadra si concentrano principalmente su chi lo aveva denunciato.

Una banca viene assaltata, ma non per svuotarne le casse. Nel frattempo, Kristen viene dimessa dall'ospedale e messa a lavorare alla Centrale Operativa.

Il figlio di un agente dell'FBI in pensione viene rapito e la squadra sospetta si possa trattare di un atto di vendetta. Isobel affronta un momento difficile quando emergono informazioni dal passato.

Un Procuratore Distrettuale viene trovato morto vicino al cadavere di una escort: la squadra deve capire se le due vittime sono collegate tra loro e se si tratta di un'aggressione casuale o di un attacco pianificato...

Un camion carico di proiettili perforanti e fucili automatici viene assaltato. Tutto riconduce a Sulaiman Mansor, leader dell'NIA. Kristen torna finalmente sul campo.

Un uomo alla ricerca della figlia scomparsa si rivolge alla Polizia la quale archivia il caso frettolosamente. Nello sconforto, l'uomo rapisce la figlia di un miliardario, certo del fatto che il suo gesto avrà la giusta risonanza.

La squadra indaga su un attentato avvenuto durante una manifestazione ambientalista. A Maggie viene proposto dal Vicedirettore un importante incarico sotto copertura.

Ventisei bambini a bordo di uno scuolabus vengono rapiti. Per l'indagine la squadra riceve il supporto della Fugitive Task Force dell'FBI guidata dall'agente speciale Jess LaCroix.

Il crossover continua in FBI: Most Wanted 1x09 "Il risveglio" (II).

Indagando sull'omicidio di uno studente indiano, l'FBI risale ad un traffico di droga gestito da una gang latinoamericana. Nel frattempo, la Detective della Polizia di Chicago Hailey Upton si unisce alla squadra.