Kristen absolviert ihren ersten Einsatz als Agentin im Feld. In Queens detoniert ein Sprengsatz – ein Fall mit persönlicher Komponente für O.A., denn er ist in der gleichen Nachbarschaft aufgewachsen. Noch komplizierter wird die Sache, als sich herausstellt, dass einer der wichtigsten Zeugen tatsächlich ein Undercover-Ermittler des FBI ist.

Der Sohn einer Bloggerin wird entführt, was für die Beamten rund zwei Millionen Verdächtige mit sich bringt. Genau so viele Follower hat die Frau online nämlich. Während die Ermittler das Leben der Familie auf den Kopf stellen, stellen sie einige Ungereimtheiten fest. Kristen gewöhnt sich unterdessen immer mehr an ihre neuen Aufgaben, während Maggie sich fragt, ob sie mit dem Tod ihres Ehemanns bisher ganz falsch umgegangen ist.

Nur knapp überlebt eine Kongressabgeordnete einen Mordanschlag. Eine Autobombe sollte die Anwärterin auf die US-Präsidentschaft töten. Die Suche nach dem Attentäter wird für das FBI-Team zu einem Wettlauf gegen der Zeit, zumal recht schnell feststeht, dass die Motive für den Anschlag nicht nur politischer Natur sind.

Hat das FBI fahrlässig die Drohungen einer rassistischen Organisation ignoriert? Diese Frage drängt sich auf, nachdem ein Weißer in einem hauptsächlich von Schwarzen besuchten Nachtclub das Feuer eröffnet. Kurz darauf gesteht ein Teenager die Tat, aber Maggie glaubt nicht, dass er der tatsächliche Schütze ist. Kristin gerät während der Arbeit an dem Fall in einen Gewissenskonflikt.

Ein LKW-Fahrer wird entführt und die FBI-Beamten finden in seinem persönlichen Umfeld und ins einer Vergangenheit zunächst kein Motiv für die Tat. Dann stellt sich aber heraus, dass seine Ladung wohl etwas anders war, als gedacht. Jubel steht vor einer schwierigen Entscheidung bezüglich seiner geschiedenen Frau und seiner Kinder.

Ein Mann wird von einem Jogger tot aufgefunden. Der Unbekannte entpuppt sich schließlich als Whistleblower, der die Börsenaufsicht wegen illegalen Insider-Geschäften kontaktiert hatte. Den Ermittlungen kommt Scolas wissen als früherer Börsenmakler zu Gute. Gemeinsam mit Kristen ermittelt er in dem verschwiegenen Dickicht des Finanzparketts.

O.A. wird auf die Probe gestellt, als ein Mitglied seiner Familie ihn um einen Gefallen bittet, der ihn zum Lügen zwingen würde. Nach dem Mord an dem Aufsichtsratsmitglied einer Pharma-Firma stellt sich für die Ermittler die Frage, wer am meisten von dem Verbrechen profitieren würde.

Ein vermeintlich unbescholtener Fotograf wird getötet. Doch hinter dem vermeintlichen Autounfall verbirgt sich ein Anschlag, in den sowohl CIA als auch russische Spione verstrickt sind. Haben es die Täter auf Schläfer-Agenten abgesehen? Für das FBI läuft die Zeit davon, genau diese Männer und Frauen ausfindig zu machen. Unterdessen erhält Maggie eine interessante Einladung von einem Mann, der aus Versehen ihr Auto demoliert hat.

Ein Highschool-Lehrer verschwindet nach einer Auseinandersetzung mit einem seiner Schüler. So versuchen die FBI-Beamten natürlich festzustellen, wer in der Schule Grund für einen Rachefeldzug hätte. Als sich schließlich bei Maggie ein wichtiger Zeuge meldet, tut sie alles um ihn zu schützen.

Die Tochter des Polizeipräsidenten wird ermordet. Das FBI übernimmt die Ermittlungen um einen Gewissenskonflikt zu vermeiden. Schon bald steht aber fest, dass hier ein Serienkiller am Werk ist, der bereits mehrere Frauen erwürgt hat. Die Konfrontation mit dem Täter hat für Kristin schlimme Folgen.

Die Ärzte kämpfen im Krankenhaus um Kristins Leben. Das Team steht noch unter Schock, muss aber dennoch die Ermittlungen im Mord an einem Geschäftsmann aufnehmen. Nachdem er von zahlreichen Mitarbeiterinnen der sexuellen Belästigung beschuldigt worden war, hatte er seinen Job verloren. Wurde er also von einem seiner früheren Opfer getötet?

Eine Bank wird überfallen, es wird aber nichts gestohlen. Der Schlüssel zur Lösung dieses Rätsel könnte in einem Schließfach liegen, dessen Inhalt für die nationale Sicherheit von Bedeutung und einem bekannten Cyber-Kriminellen in die Hände gefallen ist. Kristen nimmt ihren Dienst zunächst am Schreibtisch wieder auf. Ihre Kollegen fragen sich, ob sie tatsächlich bereit für den nächsten Einsatz ist, wie sie selbst glaubt.

Als Jake Osborne eines Morgens auf dem Schulweg verschwindet, ist die Aufregung beim FBI groß, denn Jake ist der Sohn von Dan Osborne, einem pensionierten, hochdekorierten FBI-Agenten; und auch Freund und ehemaligen Mitarbeiter von Isobel aus ihrer Zeit beim Drogendezernat. Die Vermutung liegt nahe, dass Jakes Verschwinden etwas mit der beruflichen Vergangenheit seines Vaters zu tun hat.

Die Medien überschlagen sich, nachdem die Leiche eines Generalstaatsanwalts in unmittelbarer Nähe von einer toten Prostituierten gefunden wird. Das FBI muss herausfinden, was tatsächlich zwischen den beiden Opfern geschehen ist. Dabei stoßen die Beamten auf einen Rapper, der zu Publicity-Zwecken einer Gang beigetreten ist.

Kristin nimmt ihre Arbeit als Ermittlerin im Felde wieder auf. O.A. wird von seiner Vergangenheit heimgesucht, als Sulaiman Mansor wieder auftaucht, der Anführer einer Terrorzelle, von dem er glaubte, er sei vor zwei Jahren getötet worden. Der damalige Luftschlag wurde von einem alten Freund von O.A. ausgeführt – doch tatsächlich hatte der keine Bestätigung für den Aufenthalt Mansors in dem Gebäude eingeholt.

Stecken politische Motive hinter der Schießerei bei einer Demonstration? Tatsächlich stellt sich heraus, dass es sich um einen Racheakt handeln könnte, nachdem ein 16-Jähriger dank mutmaßlich falscher Beweise zu einer Gefängnisstrafe verurteilt wurde. Die Beziehung zwischen O.A. und Mona erhält weitere Risse. Maggie erhält ein interessantes Job-Angebot, für das sie aber New York verlassen müsste.

Ein Schulbus mit 26 Kindern wird entführt. Er ist spurlos verschwunden. Am Ort der Entführung finden sich die Leiche des Busfahrers und die zerstörten Handys der Kinder. Ein Kind hat den Überfall gefilmt, das Video ließ sich rekonstruieren. Es führt die Ermittler letztendlich auf die Spur eines gewissen Sam Givens. Da dieser vor 10 Jahren schon einmal von Jess LaCroix von der „Fugitive Task Force“ hinter Gitter gebracht wurde, unterstützen dieser und sein Team das New Yorker FBI-Büro bei diesem Fall.

Das Crossover wird gesetzt bei „FBI: Most Wanted“ 1x09 („Kaltblütig“).

Omar lernt eine vorübergehende neue Partnerin kennen, Hailey Upton vom Chicago P.D.; und beide erwischen einander erst einmal auf dem falschen Fuß. Trotzdem müssen sie zusammenarbeiten, denn es erwartet sie gleich ein neuer Fall: der indischer Student Aman wurde offenbar gefoltert, danach erschossen und im Park abgelegt.