뉴욕의 한 아파트에서 폭탄 2개가 차례로 폭발하는 사고가 발생한다. 아파트에 살던 갱단 조직원이 표적이었다는 것이 밝혀지고 사건을 맡은 FBI의 특수 요원 매기 벨과 OA 지단은 조직 내부의 세력 다툼으로 추정하고 수사한다. 하지만 유력한 용의자도 폭탄 테러로 살해되고, 연이어 또 다른 폭탄이 발견되며 범인의 정체는 미궁에 빠지는데...

뉴욕 한복판에서 독이 든 샐러드를 먹은 사람들이 무더기로 쓰러져 죽는다. 독을 뿌린 용의자는 10대 여자아이로 밝혀지지만 같은 중독 증세로 곧 사망하고, FBI는 용의자가 테러단 ISIS 신병으로 모집됐다는 사실을 밝혀내는데...

흉기에 찔려 온몸이 피투성이인 10대 소녀가 가까스로 구조된다. 혈흔을 좇아 발견한 범행 현장에는 18명이 암매장되어 있었다. 피해자들은 모두 성매매 여성으로 밝혀지고, 낙인이 찍혔던 신체 부위는 훼손되어 있었다. 생존한 소녀는 우크라이나에서 미국으로 입국한 뒤 감금되어 성매매를 강요받은 사실을 털어놓는데...

뉴욕 한복판, 고층 건물을 나오던 사람들이 느닷없는 총격에 목숨을 잃는다. 범인은 총알 세 개로 정확히 세 명의 이마를 명중했다. FBI가 피해자 간 연결 고리를 찾는 와중에 또다시 무차별 총격이 발생하고, 이번에는 한적한 아파트 앞에서 6명이 사망하는데...

'애로포인트' 원자력 발전소에서 모의 훈련이 있던 날, 방사선에 오염된 시신이 한 구 발견된다. 매기와 OA는 이 사건을 수사하면서 발전소에 더 큰 비밀이 있다는 걸 알게 된다. 한편, 매기는 피해자 캐머론에 대해 수사를 하면서 사고로 목숨을 잃은 전남편 제이슨을 떠올리는데...

선거 준비에 여념이 없던 개리 린치는 아내와 선거 운동을 마치고 집으로 돌아온 후에야 딸인 그레이시가 보모와 함께 없어진 사실을 알게 된다. 때마침 그레이시의 영상과 함께 거액의 몸값을 요구하는 협박 문자가 오고 문자 속 유괴범은 경찰과 언론에 절대 알리지 말라고 하는데...

현금 수송차에 괴한들이 급습해 현금을 들고 달아난다. FBI는 범인들이 수송차 이동 경로를 알고 있던 점으로 미뤄 내부자의 소행으로 추정한다. 현금 수송 업체 내부 공모자의 정체를 밝혀내지만, OA는 참전 군인이었던 공모자에게 동질감을 느끼며 돌발 행동을 하는데...

망명한 러시아 화학자가 러시아 총영사관을 나서자마자 납치된다. 화학 무기를 개발한 전력이 있기에 국가 안보 위협과 직결되는 상황. 용의자는 반연방주의를 주창하는 과격파로 드러나는데...

'하이로 카르텔'에 불리한 증언을 하고 증인 보호 프로그램에 들어갔던 데이먼이 암살당하자 FBI는 연방보안관과 함께 수사를 시작한다. 하이로 카르텔을 중심으로 수사하던 도중 전혀 관계없는 또 다른 증인이 살해당한 채 발견된다. 이에 매기와 OA는 증인 보호 프로그램의 정보가 유출됐단 사실을 알고 혼란에 빠지는데...

세계 최대의 무기상, 마틴 빅커스를 잡기 위해 OA가 브로커로 위장한다. OA의 특별수사대 파트너는 콴티코에서 교관으로 만났던 퀸. 매기는 OA와 퀸 사이에 훈련소에서부터 이어진 앙금이 남았음을 눈치채고 두 사람은 거래를 마무리하기 위해 빅커스의 호텔을 찾는데...

연방 법원 판사가 딸과 함께 법정 근처에서 살해당하는 사건이 벌어진다. 판사의 행적을 추적하던 중, 매기는 한 클럽에서 절친한 친구이자 FBI 잠입 요원인 지나와 마주친다. 지나를 통해 클럽 사장들이 마약 밀매상인 걸 알게 되고 마침 피해자의 시신에서 클럽 사장의 DNA가 검출되자 OA와 매기는 지나와 함께 검거 작전에 들어간다. 하지만 지나의 행동이 어딘지 수상하기만 한데...

백인 남성 우월주의자로 혐오 발언을 쏟아내는 대중 연설가가 대학에서 강연 후 방화로 숨진다. 매기는 OA 동생 아미라의 도움을 받아 교내 급진좌파 단체에 잠입한다. 너무 깊게 잠입한 아미라가 테러 활동에 말려들고 마는데...

마스크를 쓴 무장 강도가 은행을 습격하는 사건이 발생한다. 우연히 현장에 있던 경찰은 범인을 제압하려다 총에 맞아 사망하고 FBI는 NYPD의 도움을 받아 강도 사건을 수사한다. 동료가 죽자 격분한 NYPD를 진정시키며 수사하던 도중 범인들에 대한 예상치 못한 사실이 밝혀지는데...

폭로 기사로 유력자들의 심기를 건드리던 스타 기자 롭 맥캔이 공원에서 살해된다. 매기는 같은 기자였던 제이슨이 생각나 사건에 감정을 이입하고 OA와 데이나는 매기를 불안하게 지켜본다. 범인의 주도면밀함 때문에 수사는 난항을 겪지만 크리스틴의 활약으로 용의자의 신원을 찾아내는 데 성공한다. 매기는 용의자의 얼굴을 보더니 제이슨이 죽던 날 찍은 동영상을 찾아 보는데...

월가의 유명 투자 은행에서 폭탄 테러 사건이 일어난다. 범인이 노린 표적이 은행의 여성 CEO로 밝혀지자 FBI는 여성에 적대감을 가진 주변 인물을 조사한다. 그러나 전혀 예상치 못한 곳에서 2차 테러가 벌어진다. 한편, 부장이 보낸 프로파일러 스펜서 브릭스는 사사건건 데이나와 부딪친다. 3차 테러가 닥친 절체절명의 순간, 두 사람은 또다시 팽팽한 신경전을 벌이는데...

고등학교 3학년 우등생인 엘리자베스가 납치된다. 가십지를 운영하는 아버지 탓에 사건은 금세 이슈가 되고, 수사는 난항을 겪는다. 그러다 드러난 용의자는 다름 아닌 같은 또래 고등학생으로 밝혀지는데...

맨해튼에서 얼굴에 기이한 화장이 입혀진 채 살해당한 소녀의 시신이 발견된다. 3개월 사이 세 번째 시신이 발견되자 연쇄 살인으로 추정하여 FBI가 수사 지휘를 맡는다. 수사를 진행하면서 피해자가 셋뿐이 아니라는 게 밝혀지고 범인의 정체가 드러나면서 상황은 더 복잡해지는데...

아내와 두 자녀를 살해하고 잠적, 도주한 토머스 길먼을 잡기 위해 수배자전담반이 출동한다. 주발과 옛 동료였던 라크루아 반장은 최신 기술보다는 직감을 이용한 수사를 시작한다. 길먼은 이민단속국의 추방관으로 10년 동안 일했기 때문에 FBI는 추적에 애를 먹는다. 허탕만 치던 수배자전담반은 수배자가 충분히 국경을 넘을 수 있는데도 국내에 머무르는 것을 의아해하는데...

외교관 살인 사건과 마약 밀수입의 배후로 나이지리아 갱이 지목된다. 주발은 갱의 정보를 얻기 위해 자신이 스폰서를 하는 마약 중독자 친구 모리스를 찾아간다. 얼마 후 외교관 살인 용의자가 갑작스럽게 살해당하고 그 주변에서 모리스의 노란 택시가 발견되자 주발은 당황한다. 주발은 모리스를 보호하려다가 데이나와 갈등을 빚는데...

심장 이식을 앞둔 이집트 장군의 경호를 맡은 FBI. OA는 장군이 이집트에서 저지른 만행 때문에 악감정이 있지만, 경호팀에 합류해 임무를 수행한다. 병원으로 이동하던 중, 엘 마사리가 탄 차량이 총격을 받고, 요원이 총상을 당하는데...

FBI 요원이었던 그렉 케네디가 살해당하는 사건이 발생한다. 그렉이 수사하던 클럽 주인인 지미 라미레즈에게 화살이 돌아가지만 알리바이가 확인되며 용의 선상에서 제외된다. 이때 누구도 예상치 못한 사실이 밝혀지면서 사건은 새로운 국면을 맞이하는데...

매기의 남편 제이슨이 죽기 전에 만났던 안젤라 페레즈가 괴한에 납치된다. 안젤라는 이내 싸늘한 시신으로 발견되고, 납치범은 마약 카르텔의 전문 킬러로 밝혀진다. 데이나는 매기가 감정에 이끌릴까 봐 우려하지만, 매기의 간곡한 부탁에 수사를 맡긴다. 그러나 중요한 순간, 매기는 쉽게 방아쇠를 당기지 못하고 사건을 파헤칠수록 제이슨의 죽음 뒤에 숨어 있던 진실이 드러나는데...