הצוות מקבל דרישה מוזרה לחקור תאונת דרכים, אך ככל שנחשפים יותר פרטים מתברר שמדובר במקרה שונה מאוד ממה שחשבו בתחילה.

הצוות חוקר היעלמות של מורה בתיכון ונחשף לאלימות של כנופיות הרחוב ולשרירותיות של מערכת האכיפה והמשפט.

הצוות מודאג לאחר שכריסטן נפצעת בתפקיד ומאושפזת בבית חולים במצב קשה. גבר עשיר שהואשם בתקיפות מיניות נרצח ברכבו והצוות חוקר אם הוא נרצח ע"י אחת מקורבנותיו.

בנו של סוכן אף-בי-איי שיצא לגמלאות נחטף. בהתחלה הצוות סבור שהסיבה היא עסקיו המפוקפקים של הנער, אך ככל שהחקירה מתקדמת מתברר שמדובר בעניין סבוך בהרבה.

בתו של מיליארדר נחטפת ליד ביתה. תחילה הצוות סבור שמדובר בחטיפה לצורך קבלת כופר, אבל מתברר שהמניע לחטיפה שונה לחלוטין.

לאחר עזיבתה הזמנית של מגי, או-איי עובד עם צוות לכידת נמלטים של ג'ס לקרוס במטרה לתפוס גבר ניאו נאצי שלקרוס עצר בעבר, וכעת חטף אוטובוס עמוס ילדים. במרדף להצלת הילדים נחטפת גם ביתו של לקרוס והסכנה גוברת. ספיישל בשני חלקים שהמשכו ב-"אף-בי-איי: המבוקשים ביותר".

פרק סיום עונה. גופתו של צעיר בעל חזות אסיאתית שעבר עינויים קשים מתגלית בפארק. לצוות החקירה מצטרפת היילי אפטון ממשטרת שיקגו, שמצוותת לעבוד עם או-איי.

עונה שלישית לדרמת החקירות העוקבת אחרי מה שקורה בתוך האף-בי-איי בניו-יורק. יחידת העילית ישתמשו בכל היכולות, הכישרונות, החכמה והמומחיות שבידיהם כדי לשמור על תושבי העיר והמדינה.

גופות של 3 נשים נמצאות, ובחקירה מתגלה הדנ"א של הרוצח, אך מה שמוזר הוא שהדגימה תואמת אדם שהורשע ברצח ויושב בכלא כבר 8 שנים. מגי לא יודעת איך לספר לאו-איי על החבר החדש שלה.

לאחר ירי בשוטר, הצוות עוצר סוחר סמים כבד ומבוקש, אבל השמחה קצרת מועד כשהסוכנים מגלים שאנשיו של ראש הקרטל הצליחו לחדור לחצר האחורית שלהם.

שני סוכני מכס נרצחים במהלך שוד מכלית אמוניה ממחסן בניו יורק. במהלך החקירה מתברר כי השוד קשור לכנופיות סמים בעיר, אך עם התקדמות החקירה נראה שהסכנה גדולה בהרבה משנדמה לחוקרים בהתחלה.

חבר קונגרס לבן נרצח בפרוור עשיר וצעיר שחור נרצח בשכונת עוני באותה צורה. תחילה נדמה לצוות שאין קשר בין המקרים, אך ככל שהחקירה מתקדמת הדברים מתחברים והצוות צריך לפעול מהר למניעת הרג נוסף.

הצוות חוקר פיצוץ מכונית תופת ובודק כיוון של פיגועי טרור של ארגון אסלאמי, אך או-איי מתקשה להפריד בין החקירה לרקע האישי שלו, והדבר מפריע לו בתפקידו.

עיתונאית צעירה נחטפת באמצע הרחוב. צוות החקירה אובד עצות בהתחלה, אך לאט לאט מתגלים פרטים הקושרים את החקירה לשחיתות ולעולם התחתון. בנוסף, לאחד החשודים בפרשה קשר רומנטי עם מנהלת צוות החקירה.

הצוות חוקר את מותו של מאבטח שנהרג במהלך שוד מזוין, ומגלה שהשוד דומה לסדרת מעשי שוד שבוצעו זמן קצר קודם לכן באזור אחר בעיר. טיפאני מתמודדת עם דילמה מול חבריה לשעבר במשטרה.

בעקבות התפוצצות חבילת נפץ בבית, הצוות מתחיל לחקור כיוון של טרור מקומי, אך עם התקדמות החקירה מסתבר שהמניע לפשע שונה לגמרי. ארין, אחותה הצעירה של מגי באה ללמוד בניו יורק, אך מגי מרגישה שמשהו לא בסדר.

רופאה נחטפת מחוץ לבית החולים שהיא עובדת בו. הצוות פותח בחקירה, אך כשנחטף רופא נוסף, החוקרים מנסים למצוא קשר בין האירועים. תוך כדי ניהול האירוע ג'ובל מקבל חדשות מדאיגות על בנו.

הצוות חוקר רצח של בעל חברת השקעות בוול סטריט על מדרגות בניין הבורסה. ידיעותיו של הסוכן סטיוארט סקולה שעבד בוול סטריט לפני שהצטרף לאף-בי-איי תורמות לחקירה.

הצוות פותח בחקירת ירי במסעדה אפריקנית. תחילה הכיוון הוא ירי על רקע גזעני או ירי המוני, אך החקירה מובילה לכיוונים אחרים. אליס, שעובדת בחדר המבצעים ועברה טראומה בעבר, מתקשה להתמודד עם הלחץ.

פרק סיום העונה. חמישה גברים אמידים נרצחים במהלך משחק פוקר. כיוון החקירה הראשוני הוא שוד, אולם עם התקדמות החקירה מסתבר שהמניע הוא אחר. לאיזבל יש הזדמנות לסגור חשבון ישן.

עונה רביעית לדרמת החקירות העוקבת אחרי מה שקורה בתוך האף-בי-איי בניו-יורק. יחידת העילית ישתמשו בכל היכולות, הכישרונות, החכמה והמומחיות שבידיהם כדי לשמור על תושבי העיר והמדינה. פרק קרוסאובר עם "אף-בי-אי: המבוקשים 3 - פרק 1".

צוות החוקרים במרוץ נגד הזמן למצוא האקר שהשתלט על מערכת בתי החולים לילדים בעיר והשבית את כולם, כולל בית החולים בו מאושפז בנו של ג'ובל.

חברי הצוות חוקרים שני פיגועים במבנים ממשלתיים והחקירה מובילה אותם למועדון של חיילים משוחררים שמתוסכלים מהמערכת שנטשה אותם עם שחרורם.

הצוות מחפש אחר רוצח סדרתי שרוצח גברים צעירים וחסרי בית. החקירה מסתבכת כשנדמה שאחד החשודים קרוב לאחד החוקרים.

הצוות במרוץ נגד הזמן כדי להציל אישה שנחטפה מביתה. במקביל, בעקבות לחצים מצד מונה, עומאר מתלבט לגבי עתידו בסוכנות.

היחידה מתחילה לחקור אירוע ירי בשוטר. כאשר שוטר נוסף נורה, הם חוששים כי מדובר ברוצח סדרתי.

לאחר חטיפת ילדה קטנה ממעון ביתי, הצוות במרוץ נגד השעון להשבתה להוריה. במקביל מגי מתמודדת עם בעיה אישית.

לאחר רצח של יצרן פצצות, הצוות מגלה שפצצה הגיעה לידיהם של חברי ארגון סוציאליסטי קיצוני שאחד מהם קשור לאלמנה של קורבן מפיגועי 11.9.

לאחר שמישהו יורה ברינה ופוצע אותה קשה, הסוכנים מגלים שמישהו החליט לרדוף אחר הצוות כולו ומשפחותיהם.

הצוות חוקר סדרת מעשי שוד שהסלימו לרצח. הם מגלים כי מעורב בהם נער בן 16 שמנסה לשרוד בתוך מערכת האומנה.

לאחר שמדווח על חטיפתה של בחורה בת 19, הצוות יוצא למרוץ נגד הזמן במטרה למצוא אותה לפני שיהיה מאוחר מדי.

מגי חודרת כסוכנת סמויה לבר במטרה למנוע פיגוע של פעילים קיצוניים כנגד מטרות ממשלתיות.

הצוות חוקר אפשרות פשע שנאה כנגד שני אחים פקיסטניים ואיי-או מוצא את עצמו בין האימאם של המסגד שלו ובין סוכן נוסף ממוצא מוסלמי שמסוכסך עם האימאם.

הצוות מבין שיש להם רוצח סדרתי חוצה מדינות על הידיים; למקרה יש קשרים עם אביה של איזובל, רוברט, והמלון שלו, מה שהוביל לגילויים על מערכת היחסים השבורה שלהם.

לאחר שסוכן הגירה נורה למוות במשחק הוקי, הקבוצה מנסה למצוא את היורה, שלדעתם מכוון גם לחבר הקונגרס קרטיס גראנג', שהיה באותו משחק.

כאשר זוג צעיר נמצא נרצח בפארק בעיר ניו יורק לאחר שחזר מחופשה, הצוות מחפש אחר חשוד הקשור לסחר בסמים. כמו כן, סקולה פותח דף חדש בכל הנוגע למערכות היחסים שלו.

או-איי נאלץ להתמודד עם אחד הפחדים הגדולים שלו כשהצוות מגלה שייתכן שגז סארין קטלני נמכר לטרוריסטים.

כשמארחת תוכנית בוקר נרצחת בתוך ביתה, הצוות עוקב אחר הרוצח, והם מבינים שהוא מכוון לנשים חזקות. כמו כן, הדברים הופכים למסורבלים עבור סקולה כאשר הסוכנת המיוחדת נינה צ'ייס הופכת לחלק מהצוות במהלך ההחלמה של מגי.

רצח של סוכנת של רשות אבטחת התעבורה מוביל את הצוות לצוד רוצח שמעביר סמים דרך שדות התעופה. כמו כן, או-איי נאבק עם יום השנה ה-10 למותו של חברו לצבא באפגניסטן.

כשסוכן לשעבר של מנהל לאכיפת סמים נרצח באמצע הרחוב, הסוכנים מנסים לגלות אם לרצח יש קשר כלשהו לעברו

הצוות מסתובב כאשר פעולת העוקץ שלהם לאבטחת פצצה מסיבית ממתווך לא חוקי מובילה אותם לגלות שהמכשיר כבר נמצא בידיים הלא נכונות. כמו כן, הבטחתו של ג'ובל להיות נוכח במסיבת יום ההולדת של בנו עומדת למבחן כשהמקרה ממשיך להתחמם.

הסוכנים חוקרים רצח של שוטר ובעל בית עבוט בהלך שוד. החקירה מובילה אותם לבחור צעיר, תלמיד מצטיין שמוכן לעשות הכל למען האהבה.

כשהצוות חוקר שוד קטלני שגרף מטמון של כלי נשק אוטומטיים עבור הרוצחים, הם מגלים שאחד המבצעים הוא חבר לכיתה של בנו של ג'ובל, שלא מתלהב לשתף פעולה עם המקרה.

או-איי נופל קורבן לשוד ברחוב. הצוות חוקר מקרה אונס ורצח ועולה חשד שיש עוד קורבנות, וקושי נוסף צץ דווקא מצד קורבן שהצליחה להתחמק מהפושע.

הצוות עובד על חילוצו של ילד בן חמש שנחטף. סקולה חושד שהאם אינה דוברת אמת ואינה מספרת להם מדוע דווקא בנה היה המטרה.

מגי חוזרת לעבודה וכל הצוות מנסה לגלות מי רצח שני צעירים בפארק באמצע הלילה. או-איי חושש שמגי עוד לא מוכנה לחזור לעבודה בשטח.

כשנהג משאית נרצח ומהמשאית שלו נגנב אמוניום חנקתי שיכול לשמש לבניית פצצה, הצוות חוקר ומגלה כי השוד קשור לקבוצת טרוריסטים.

סוחר סמים זוטר גונב תיק מלא סמים מהבוס שלו ונתון בסכנת חיים. הבן שלו מנסה לעזור לו וחובר לאף-בי-איי

חטיפתה של אישה צעירה מובילה את הצוות חזרה למקרה קר מלפני 18 שנה.

הצוות נכנס לפעולה כאשר אחד משלהם נלקח כבן ערובה.

לאחר שנשק ביולוגי מסתורי משאיר שני עובדי תחבורה ציבורית מתים ואחד פצוע, הצוות ממהר לקבוע מי עומד מאחורי המתקפה ואת מיקומו של היעד הבא שלהם, ג'ובל מתמודד עם קושי אישי.

הצוות חוקר רצח של סייען אחרי שגופתו נמצאה מחוץ למפעל נטוש.

במהלך ניסיון לעצור חשוד. מאבטח במחלקת המדינה נורה ונהרג. הצוות מנסה להבין מדוע המאבטח ניסה לעצור את אותו החשוד, ומה הקשר שלו אליו, אך נתקל בחומה בצורה אל מול מחלקת המדינה, שלא מנדבת פרטים.

הצוות מחפש רוצח שירה ורצח סוהרת בבית כלא פדרלי במה שנראה כמו רצח ממוקד. טיפאני מתמודדת עם בעיות אישיות הקשורות לאחיה.

הפרק ממשיך את עלילת אף.בי.איי: אינטרנשיונל עונה 2 פרק 16. ג'ובל חוזר מרומא לאחר שנודע לו שלנקוב הגיע לארה"ב. סקולה, שעובד כסמוי, מנסה לגלות מי הלקוח של הסי-4 כדי למנוע פיגוע גדול בעיר. המשך הפרק עונה 4 פרק 16 של אף.בי.איי:"המבוקשים ביותר".

לאחר שאל"מ בחיל האוויר נחטף, הצוות חייב לפעול במהירות כדי למצוא אותו ותחמושת שנגנבה מהבסיס. סקולה שוקל את עתידו המקצועי בסוכנות.

כשנהג משאית נרצח לאחר שחצה את הגבול מקנדה, כל הסימנים מצביעים על חשוד שמופיע ברשימת האנשים המבוקשים ביותר של האף-בי-איי.

ארין, אחותה של מגי, חוזרת לחייה ונשבעת שהיא נקייה מסמים, אבל עד מהרה שואבת אותה לתיק מסובך ורווי סמים.

הצוות חוקר את חטיפתה של בתו של סנטור ומגלה כי ייתכן שהאירוע קשור לחטיפה נוספת שאירעה שלושה ימים לפני כן.

כשחברי הצוות מוצאים קבוצת בני נוער שנטלו מנת יתר ומתו, הצוות מחפש את הסוחר שסיפק להם את הסמים המסוכנים.

When a prominent doctor is found dead in a ritualistic slaying, the team must race against time to hunt down a religiously motivated serial killer. Also, Scola faces a life-or-death decision.