某天驅除完體內雜菌的白血球，遇見了把帽子戴反的血小板--戴反帽妹妹。戴反帽妹妹為了成為強壯的血小板，瞞著大家偷偷的做訓練。但是隨著突然發生的地震，體內世界陷入強烈的搖晃。故事舞台是在你的身體當中。體內細胞擬人化動畫，眾所期盼的第二季，開播！

來自外界的使者，世界的終結。如同記憶細胞夢境看到的內容，體內出現身份不明的敵人！記憶細胞不僅擁有過去的記憶，甚至還有預知未來的能力！ ？究竟是否如記憶細胞的預知一樣，這個世界將走向毀滅！ ？

在表皮附近出現有害物質反應！肥大細胞按照工作手冊完成工作，卻遭到一群受害細胞上門抱怨。因此自暴自棄的肥大細胞大發脾氣…就在此時，發生某個物體刺破血管，把血球們吸走的事件……！

體內有狀況！免疫細胞及時趕到擊敗遭病毒感染的細胞！一般細胞一臉無趣的觀看這日常光景。一般細胞心想「哪怕是一次也好，希望有人能對我說謝謝你救了我」。就在此時謎樣的細菌出現在一般細胞面前……！ ？

某個細胞的抗原情報外洩了。聽到NK說的話，白血球(嗜中性球)的表情立刻改變。護送乳酸菌回夥伴的旅程，終於來到了大腸。由於害菌釋放有毒氣體，導致大腸環境變得混亂，白血球等一行，在此遇見了原為殺手T細胞，後來變更身份的 ...

癌細胞終於復活，再加上被害菌肆虐的腸內環境。體內正遭受前所未有的危機襲擊。為了保護這個身體，白血球(嗜中性球)們，正面臨一場攸關世界命運的浴血之戰。

“打敗癌細胞——!!!”，為了守護身體，白細胞們與癌細胞對抗。但是，阻擋在與癌細胞戰斗的他們面前的，是控制性T細胞!? 這時，以決死的決心拯救乳酸菌的一般細胞也受到了有害菌的魔爪——!! 到底，這個身體，以及等待細胞們的命運是——!?